高斯(Gaussian)軟件linux下安裝
高斯(Gaussian）軟件的安裝方法
相對於其他的計算軟件，高斯軟件的安裝應該算是最簡單了。
首先下載到高斯的軟件包，然後解壓，最後配置環境變量就可以使用了。
高斯分為 03版本和09版本，每個版本還有小版本號，例如；A01,B01,C01,D01,E01等等。
linux下的版本，一般壓縮包的格式無非就是這麽幾種，tar，gz，tgz，tar.bz2,tar.gz,根據相應的命令進行解壓就可以了。
tar 解壓命令，tar -xf XXXX.tar gz 解壓命令，tar -zxf XXXX.gz tgz 解壓命令，tar -xf XXXX.tgz tar.bz2 解壓命令，tar -jxvf XXXX.tar.bz2 tar.gz 解壓命令，tar -zxvf XXXX.tar.gz
例如：g09_linux_x64_D01.tar.bz2 ，個人習慣，修改文件名稱，下面進行操作安裝
[[email protected] soft]$ mv g09_linux_x64_D01.tar.bz2 g09.tar.bz2
[[email protected] soft]$ tar -jxf g09.tar.bz2
解壓完成會在當前目錄多出一個“g09”的目錄。
我們可以把這個目錄放入到我們想要的路徑裏面做歸檔處理，例如在自己的home目錄創建一個soft目錄“soft”目錄我們可以放入我所有的軟件，這樣後期查找起來也比較方便。
我們的這個軟件放入到了如下目錄
[[email protected]
/home/dlqc/soft
現在我們處理環境變量
[[email protected] soft]$ cd #我們使用cd命令回到“用戶的根目錄”下面，編輯環境變量文件。
[[email protected] ~]$ vi .bashrc #.bashrc是設置本用戶的環境變量
[[email protected] ~]$ mkdir gstmp #創建一個高斯臨時文件存儲目錄，這裏面有個權限問題，如果這個高斯你自己使用，那麽不用去管，默認創建就可以了。
如果你的高斯是多人使用，那麽需要涉及到權限問題，這個後期在發文章。
打開以後添加如下內容：
註意：“~”linux裏面的這個符號，是表示用戶的根目錄，也就是和“/home/dlqc"等值。
註意：“$”linux裏面的這個符號，是表示變量值，後面可以接相應的單詞。
#Gaussian env
export g09root=/home/dlqc/soft
export GAUSS_SCRDIR=~/gstmp #所以~/gstmp和/home/dlqc/gstmp等值，寫哪個都可以。
source $g09root/g09/bsd/g09.profile #因為上面已經聲明了一個g09root變量了，所以這句話我們需要引用這個變量然後加上相應的目錄，來查找我們需要執行哪個文件，使其讓高斯的環境變量生效。
“$g09root”等同於/home/dlqc/soft
那麽第三句的完整寫法意思是：
source /home/dlqc/soft/g09/bsd/g09.profile
“$g09root”意思就是替代“/home/dlqc/soft”目錄。沒有其他什麽功能，就是大家默認的約定規定。
我們安裝高斯，只用上面的三句就可以了，其他都是我做的解釋，你們了解就行了。
設置完成環境變量，必須要讓他生效，使用命令：
source ~/.bashrc
不報錯誤，就可以了。
在終端直接輸入g09看看是否和下面的提示一樣，一樣的話，高斯就全部安裝完成了。
[[email protected] ~]$ g09
Entering Gaussian System, Link 0=g09
下面進行測試高斯是否好用。進入下面的目錄：
/home/dlqc/soft/g09/tests/com
隨便拷貝出來一個.com文件，這個文件可以打開，我們高斯的計算參數可以在這個文件裏面設置。
[[email protected] ~]# vi test300.com
%mem=6gb #可以申請多少內存進行作業計算，這裏我們是6GB
%nprocshared=2 #可以申請多少核心進行作業計算，這裏我們申請了2個核心。
可以把這兩個參數添加到文件的第一第二行
內容如下：
%mem=6gb
%nprocshared=2
#p cas(6,6)/d95 mp2 test iop(5/42=5) guess=cards
Gaussian Test Job 300:
Water localize Strongly occ (42=5)
r = re Full CI = -76.1579 SCF mp2 = -75.1493 cas mp2 = -76.1529
0 1
O
H 1 .975
H 1 .975 2 110.5
(4E20.8)
-1
0.5809834509E+00 0.4612416518E+00 -0.6437319952E-04 0.1724432549E-02
0.1282235396E-14 0.5417658499E-13 0.1639966912E-02 -0.9146282229E-15
-0.6407549694E-13 -0.4538843604E-03 0.6038992958E-04 -0.1131035485E-03
編輯完成以後，我們就可以開始運行測試了。
輸入命令：正常現在就應該開始計算了。
[[email protected] ~]# g09 test300.com
在目錄下面會出現.out的輸出文件，我們可以進行查看作業狀態。
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