pacbio 公司把三代測序常用軟件整合起來，做成了一個在線的分析軟件，類似於galaxy;

安裝過程如下，參考官網給的指導手冊

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf

1）首先下載安裝包：

wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run

2） 創建一個用戶，用於smrt 分析

useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis

3) 切換到新建的用戶，進行安裝

su smrtanalysis

4) 設置環境變量

在系統的配置文件中添加下面幾個環境變量， 編輯 /etc/bashrc 文件

SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/
SMRT_USER=smrtanalysis
SMRT_GROUP=smrtanalysis

修改完之後，記得 source /etc/bashrc

5） 安裝

bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run  --rootdir $SMRT_ROOT

在安裝過程中，會提示一系列需要修改的信息，比如IP地址， 端口號等，對應的選擇就好

6） 啟動服務

$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start
$SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start 

在瀏覽器中輸入對應的網址，記得加端口號， 比如我的網址是http://192.168.0.6:8080/ ， 如果看到下邊這個界面，就證明安裝成功了；

pacbio 官方的文檔還是特別的詳細的，按照官網的來基本不會有什麽問題

需要註意的是，很多smrt analysis 中集成的軟件是不提供獨立安裝的，只能通過安裝smrt analysis 軟件來獲取對應的軟件，比如HGAP

當我們想要通過命令行訪問對應的程序時，可以通過下面的方式

su  smrtanalysis
source  /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh

source 完之後，一些smrt analysis 集成的軟件就可以通過命令行訪問了，比如 h5dump 查看h5 文件的內容

smrt analysis 軟件安裝