P1140 相似基因

題目背景

大家都知道，基因可以看作一個堿基對序列。它包含了4種核苷酸，簡記作A,C,G,T。生物學家正致力於尋找人類基因的功能，以利用於診斷疾病和發明藥物。

在一個人類基因工作組的任務中，生物學家研究的是：兩個基因的相似程度。因為這個研究對疾病的治療有著非同尋常的作用。

題目描述

兩個基因的相似度的計算方法如下：

對於兩個已知基因，例如AGTGATG和GTTAG，將它們的堿基互相對應。當然，中間可以加入一些空堿基-，例如：

這樣,兩個基因之間的相似度就可以用堿基之間相似度的總和來描述，堿基之間的相似度如下表所示：

那麽相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因為兩個基因的對應方法不唯一，例如又有：

相似度為：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。規定兩個基因的相似度為所有對應方法中，相似度最大的那個。

輸入輸出格式

輸入格式：

共兩行。每行首先是一個整數，表示基因的長度；隔一個空格後是一個基因序列，序列中只含A,C,G,T四個字母。1<=序列的長度<=100。

輸出格式：

僅一行，即輸入基因的相似度。

輸入輸出樣例

7 AGTGATG
5 GTTAG

14



第一眼看到題，這不是最長公共子序列，然而我並沒有寫過，gg......
然後開始亂造，我覺得沒人會和我一樣用這麽蠢的寫法了......

 1 #include<iostream>
 2
 
 #include<cstdio>
 3 #include<cstring>
 4 #include<algorithm>
 5 using namespace std;
 6 int val[300][300];
 7 int len1,len2;
 8 char s1[110],s2[110];
 9 int f[110][110];
10 int main(){
11     ios::sync_with_stdio(false);
12     val[‘A‘][‘A‘]=val[‘C‘][‘C‘]=val[‘G‘][‘G‘]=val[‘T‘][‘T‘]=5;
13     val[‘
 
A‘][‘C‘]=val[‘C‘][‘A‘]=val[‘A‘][‘T‘]=val[‘T‘][‘A‘]=val[‘T‘][‘-‘]=val[‘-‘][‘T‘]=-1;
14     val[‘A‘][‘G‘]=val[‘G‘][‘A‘]=val[‘G‘][‘T‘]=val[‘T‘][‘G‘]=val[‘C‘][‘T‘]=val[‘T‘][‘C‘]=val[‘G‘][‘-‘]=val[‘-‘][‘G‘]=-2;
15     val[‘C‘][‘G‘]=val[‘G‘][‘C‘]=val[‘A‘][‘-‘]=val[‘-‘][‘A‘]=-3;
16     val[‘C‘][‘-‘]=val[‘-‘][‘C‘]=-4;
17     cin>>len1>>s1>>len2>>s2;
18     for(int i=1;i<=len1;i++) f[i][0]=f[i-1][0]+val[s1[i-1]][‘-‘];
19     for(int i=1;i<=len2;i++) f[0][i]=f[0][i-1]+val[s2[i-1]][‘-‘];
20     for(int i=0;i<=len1-1;i++)
21         for(int j=0;j<=len2-1;j++)
22             f[i+1][j+1]=max(max(f[i][j]+val[s1[i]][s2[j]],f[i+1][j]+val[‘-‘][s2[j]]),f[i][j+1]+val[s1[i]][‘-‘]);
23     cout<<f[len1][len2];
24     return 0;
25 }

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