1） perl 模塊的創建

perl 模塊的後綴名為.pm, 其中的內容和一般的perl腳本相同， perl模塊中通常放置可重用的函數以及變量，

比如創建一個fasta.pm,裏面包含一個統計fasta序列中gc堿基個數的方法：

 1 #/usr/bin/perl 
 2 package fasta;
 3 use warnings;
 4 use strict;
 5 
 6 sub run {
 7     my $seq = shift;
 8     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;
 9 
10 }    
11 
12 1;

然後寫一個腳本檢測一下該模塊是否起作用：

#!/usr/bin/perl 
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

運行該腳本，輸出結果為7， 可以看出結果確實是GC堿基的個數；

這個測試的腳本和fasta.pm 是放在同一個目錄下的， 當腳本和模塊放置在不同的目錄時，

為了使用該模塊， 就必須指定模塊所在目錄；

2) 指定perl模塊目錄

比如fasta.pm 所在目錄為/home/xudl/perl

第一種方式： 設置環境變量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

然後source ~/.bashrc 使這個新修改的環境變量生效即可；

第二種方式， 在腳本中使用use lib

use lib "/home/xudl/perl"；

然後就可以使用

use fasta;

perl 模塊的創建以及制定perl 模塊的路徑