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ML: 聚類算法R包 - 模型聚類

阿新 • • 發佈：2017-08-18
ref 獲取 rar 算法 users 分類樹 html hat _id

模型聚類

  • mclust::Mclust
  • RWeka::Cobweb

mclust::Mclust

EM算法也稱為期望最大化算法，在是使用該算法聚類時，將數據集看作一個有隱形變量的概率模型，並實現模型最優化，即獲取與數據本身性質最契合的聚類方式為目的，通過‘反復估計’模型參數找出最優解，同時給出相應的最有類別級數k

所需程序安裝包

install.packages("mclust")

函數示例代碼 

> library(mclust)
>  EM<-Mclust(iris[,-5])
>  summary(EM,parameters=T)
----------------------------------------------------
Gaussian finite mixture model fitted by EM algorithm 

 
----------------------------------------------------

Mclust VEV (ellipsoidal, equal shape) model with 2 components:

 log.likelihood   n df       BIC       ICL
       -215.726 150 26 -561.7285 -561.7289

Clustering table:
  1   2 
 50 100 

Mixing probabilities:
       1        2 
0.333332 0.666668 

Means:
                  [,
 
1]     [,2]
Sepal.Length 5.0060021 6.261996
Sepal.Width  3.4280046 2.871999
Petal.Length 1.4620006 4.905993
Petal.Width  0.2459998 1.675997

可以看到最優類別級數為2，各類分別含有50，100，

mclust::plot.Mclust(EM,what = "classification")

技術分享

mclust::plot.Mclust(EM,what = "density")

技術分享

RWeka::Cobweb

COBWEB是一種流行的簡增量概念聚類算法。它以一個分類樹的形式創建層次聚類，每個節點對應一個概念，包含該概念的一個概率描述，概述被分在該節點下的對象。使得該函數，需要安裝RWeka包，在安裝的過程中，可能出現如下的異常

** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for ‘rJava‘, details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry
ERROR: lazy loading failed for package ‘RWeka‘
* removing ‘C:/Users/zhushy/Documents/R/win-library/3.2/RWeka‘

安裝jre, 參考資料： http://blog.csdn.net/afei__/article/details/51464783

RWeka包未安裝成功，示例代碼未驗證，待確認

library(RWeka)

dcom=iris[,-5]
c1<-Cobweb(dcom)
c1
c1$class_ids
table(predict(c1),dcom$clas)

參考資料：

  • https://cran.r-project.org/web/packages/mclust/index.html
  • https://www.douban.com/note/495288321/

ML: 聚類算法R包 - 模型聚類

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