從Github上輕松安裝R包—githubinstall包--轉載
1、綜述
越來越多的R包正在由世界上不同的人所創建，其中一部分原因是devtools包使得開發R包1變得更加簡單。devtools包不僅讓開發R包變得簡單，而且用於分發R包。
當開發者發布一個R包的時候，CRAN2一般是最常用的。使用install.packages()函數可以安裝發布在CRAN上的R包。例如，如下方法可以安裝dplyr包：
install.packages(‘dplyr‘)devtools包的install_github()函數用於從Github上安裝R包。
library(devtools)
install_github(‘hadlley/dplyr‘)因此，開發者可以分發正在Github上開發的R包。此外，有些開發者並沒有將自己開發的R包提至CRAN的意向。例如，Twitter，Inc在Github上提供的AnomalyDetection
devtools包輕松的安裝該R包：
library(devtools)
install_github("twitter/AnomalyDetection")install.packages()和install_github()函數所需的參數是不同的。install.packages()只需包名即可，而install_github()需要提供Github的倉庫名。這意味著當你想從Github上安裝一個R包的時候你必須準確的記得它的倉庫名稱。
麻煩的是，我們往往很難記住Github的用戶名。開發者在給R包命名的時候一般會考慮包的名稱，以便用戶方便記憶。然而，他們在給自己取一個Github用戶名的時候可能就沒那麽小心了。例如，ggfortify
githubinstall包提供了一種類似於install.packages()的方式，只需包名即可安裝R包。
#install.packages(‘githubinstall‘) #已發布至CRAN
library(githubinstall)
githubinstall(‘AnomalyDetection‘)Suggetion: - twitter/AnomalyDetection Do you install the package? 1: Yes (Install) 2: No (Cancel)
githubinstall()會從Github的倉庫中搜索相應的R包，並詢問你是否安裝。
此外，如果你只是模糊的記得包名也可以安裝成功，githubinstall包通過模糊的字符串會自動糾正包名。
githubinstall("AnomaryDetection")
githubinstall("AnomalyDetect")
githubinstall("anomaly-detection")2、安裝
從CRAN上安裝githubinstall包
install.packages(‘githubinstall‘)githubinstall包的源代碼在Github上可見https://github.com/hoxo-m/githubinstall
3、詳細資料
githubinstall包提供了若幹有用的函數：
- githubinstall 或者 gb_install_packages()
- gh_suggest()
- gh-suggest_username()
- gh-list_packages()
- gh_search_packages()
- gh_show_source()
- gh_update_package_list()
這些函數都有相同的前綴gh。githubinstall()是gh_install_packages()的別名。
在演示這些函數的用法之前，我們先加載下githubinstall包
library(githubinstall)3.1 從Github上安裝R包
給出包名即可，如果只是模糊的記得包名也沒關系。
githubinstall("AnomalyDetection")Suggestion:
- twitter/AnomalyDetection
Do you install the package?
1: Yes (Install)
2: No (Cancel)
Selection: 輸入"1"，按回車即可開始安裝R包。建議安裝的R包是通過Github上的R包列表給出的。該列表由Gepuro Task Views提供。
如果有多個候選項，輸入相應的數字即可。
githubinstall("cats")Select one repository or, hit 0 to cancel.
1: amurali2/cats cats
2: danielwilhelm/cats No description or website provided.
3: hilaryparker/cats An R package for cat-related functions #rcatladies
4: lolibear/cats No description or website provided.
5: rafalszota/cats No description or website provided.
6: tahir275/cats ff
Selection: 3.2 給出建議的倉庫
githubinstall()會提示你安裝建議的R包，但我們可能只想知道都有哪些建議。
gh_suggest()以向量的形式返回建議的倉庫名。
gh_suggest("AnomalyDetection")## [1] "twitter/AnomalyDetection"gh_suggest("cats")## [1] "amurali2/cats" "danielwilhelm/cats" "davidluizrusso/cats"
## [4] "hilaryparker/cats" "lolibear/cats" "rafalszota/cats"
## [7] "tahir275/cats"此外，如果你只是模糊的記得Github用戶名的時候，gh-suggest_username()函數非常有用。
gh_suggest_username(‘hadly‘)## [1] "hadley"gh_suggest_username("yuhui")## [1] "yihui"3.3 列出R包
gh_list_packages()函數以數據框的形式返回Github上R包的倉庫名列表。例如，你想知道謝大大（謝益輝，統計之都創始人）都開發了哪些R包，運行如下：
yihuiverse <- gh_list_packages(username = "yihui")
head(yihuiverse)
## username package_name title
## 1 yihui MSG Modern Statistical Graphics (my Chinese book)
## 2 yihui Rd2roxygen Convert Rd to roxygen documentation
## 3 yihui animation A gallery of animations in statistics and utilities to create animations
## 4 yihui crandalf Check all reverse dependencies of your R package on Travis CI
## 5 yihui formatR Format R Code Automatically
## 6 yihui fun Use R for Fun通過返回的結果，我們可以安裝謝大大開發的所有R包。
repos <- with(yihuiyverse, paste(username, package_name, sep="/"))
githubinstall(repos) 3.4 通過關鍵詞搜索R包
gh_search_packages()函數返回Github上所有標題包含給定關鍵詞的R包。例如，搜索所有包含lasso關鍵詞的R包，運行如下：
gh_search_packages(‘lasso‘)
## username package_name title
## 1 ChingChuan-Chen milr multiple-instance logistic regressi..
## 2 YaohuiZeng biglasso Big Lasso: Extending Lasso Model Fi..
## 3 huayingfang CCLasso CCLasso: Correlation Inference for ..
## 4 mlampros FeatureSelection Feature Selection in R using glmnet..
## 5 pnnl glmnetLRC Lasso and Elastic-Net Logistic Regr..
## 6 statsmaths genlasso Path algorithm for generalized lass..
## 7 vincent-dk logitsgl Fit Logistic Regression with Multi-..
## 8 vincent-dk lsgl Linear Multiple Output Using Sparse..
## 9 vincent-dk msgl High Dimensional Multiclass Classif..
## 10 vstanislas GGEE R Package for the Group Lasso Gene-..
## 11 zdk123 BatchStARS R package for Stability Approach to..
## 12 zdk123 pulsar R package for Stability Approach to..3.5 顯示Github上給定R函數的源代碼
gh_show_source()會在Github上查找指定R函數的源代碼，並在默認瀏覽器中顯示。
gh_show_source("mutate", "dplyr")如果加載了該函數所屬的R包，直接輸入函數名即可。
library(dplyr)
gh_show_source(mutate)該函數在Safari瀏覽器上可能有問題。
3.6 更新R包列表
githubinstall包通過Gepuro Task Views獲取Github上的R包列表。Gepuro Task Views每天都會爬取Github並更新信息。不過，你可能一直以來都是通過R界面來更新R包。gh_update_list()更新R包的方法如下：
gh_update_package_list()從Github上輕松安裝R包—githubinstall包--轉載