http://blog.csdn.net/zziahgf/article/details/72900948

$ sudo apt-get install libmatio-dev
或源碼安裝：  
# 下載 matio (https://sourceforge.net/projects/matio/)
$ tar zxf matio-X.Y.Z.tar.gz
$ cd matio-X.Y.Z
$ ./configure
$ make
$ make check
$ make install  # 安裝
$ export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/libmatio.so.2

# 在caffe 的 Makefile.config 中的INCLUDE_DIRS 中添加 matio 的 src路徑， LIBRARY_DIRS 中添加 src
 
/.libs，如：
#   INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include  /path/to/matio-1.5.2/src
#   LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /path/to/matio-1.5.2/src/.libs

# 參考： http://blog.csdn.net/houqiqi/article/details/46469981

fatal error: matio.h: No such file or directory