轉錄組中 實驗設計 的相關問題
1.單端測序還是雙端測序
2.測序的讀長是多少
3.是否建立鏈特異性庫
4.需要多少的測序數據量（即測序深度是多少）
5.設置多少個生物學重復比較好
6.如果我們做了生物學重復還要做技術重復嗎？
相關答案：
至少需要三個重復
測序深度對結果的改善不如增加生物學重復
轉錄組中 實驗設計 的相關問題
相關推薦
轉錄組中 實驗設計 的相關問題
改善 多少 重復 nbsp 做了 strong 深度 相關 fff 1.單端測序還是雙端測序 2.測序的讀長是多少 3.是否建立鏈特異性庫 4.需要多少的測序數據量（即測序深度是多少） 5.設置多少個生物學重復比較好 6.如果我們做了生物學重復還要做技術重復
轉錄組學習
ide man perf nal his mtools 學習 ast ini 參考：https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 轉錄組入門（1）: 工作環境準備 miniconda2 在裏面安裝各種工具 conda
轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因註釋
evel pin tps 下載安裝 剪切 坐標系 sem 2016年 ota 任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因註釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基
前言 轉錄組
部分 陣列 推斷 void 相同 所有 start 組成 oid 轉錄組 轉錄組（Transcriptome），廣義上指在相同環境（或生理條件）下的一個細胞、或一群細胞中所能轉錄出的所有RNA的總和，包括 信使RNA（mRNA）、核糖體RNA（rRNA）、轉運RN
aiway轉錄組pipline
finish .sh nbsp 分享圖片 bubuko san load info 配置 一） 安裝流程軟件 下載軟件，配置環境變量，這裏不做介紹 二)下載原始數據 2.1）建SRR_Acc_List.txt文件放置將要下載的SRR號(https://www.ncbi.nl
120分的轉錄組試題和答案
120分的轉錄組試題和答案 這個答案之前出過三份，最近整理了一份文字版，方便觀看，還請大家多多補充。 120分的轉錄組試題（第一份答案） 120分的轉錄組試題（第二份答案） 120分的轉錄組試題（第三份答案） 一、理論題目 1、說出至少5種高
轉錄組差異表達分析小實戰（一）
轉錄組差異表達分析小實戰（一） Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 讀文獻獲取資料 文獻名稱：AKAP95 r
轉錄組差異表達分析小實戰（二）
轉錄組差異表達分析小實戰（二） Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差
HISAT2,StringTie，Ballgown處理轉錄組資料
HISAT2,StringTie，Ballgown處理轉錄組資料 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie，Ballgown處理轉錄組資料思路如下： 資料質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools將sa
轉錄組分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用
轉錄組分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 轉載▼ 標籤： 生物資訊學 轉錄組
轉錄組分析綜述A survey of best practices for RNA-seq data analysis
轉錄組分析綜述 轉錄組 文獻解讀 Trinity cufflinks 轉錄組研究綜述文章解讀 今天介紹下小編最近閱讀的關於RNA-seq分析的文章，文章發在Genome Biology 上的A survey of
評估轉錄組從頭組裝準確度的新方法
[轉載]評估轉錄組從頭組裝準確度的新方法 已有 2304 次閱讀 2014-12-30 11:47 |個人分類:轉錄組測序|系統分類:科研筆記|關鍵詞:轉錄組denovo測序,轉錄組denovo組裝,裝錄組denovo組裝結果評估新方法| 轉錄組denovo測序,&nb
巨集基因組理論教程6巨集轉錄組
之前分享的加拿大生信網出品的《巨集基因組分析教程》，有1萬多位朋友閱讀，有近2000多小夥伴下載了課程PPT。 但不知有多少小夥伴真正仔細學習過。收藏是沒有用的，只有真正多學幾遍才有收穫。 對於英文原版教程，很多新人有看不懂，學不會的問題。巨集基因組團隊針對這套教程進了翻譯，同時
微生物組學數據分析工具綜述 | 16S+宏基因組＋宏病毒組＋宏轉錄組--轉載
tag rev .com key 頭腦風暴 報告 all bsp 模塊 轉載：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量測序基礎上的微生物群落研究，當前主要有三大類：基於16S/18S/ITS等擴增子做物
轉錄組拼接軟體Trinity使用安裝報錯錦集
由於要做無參轉錄組分析，所以就要使用trinity來做reads的拼接。 但是自己安裝trinity時遇見了一堆問題，最終一一解決，解決方案分享在下面。 最開始我去github看Trinity的wiki，它給出直接編譯的方案來安裝trinity，但是很不幸，我使用cmake的時候，系
總結實驗室對轉錄組及lncRNA資料分析的思路
繼師兄詳細地講述這個思路之後，我進行一個歸納總結（師兄說，首先要建立一個思想上的流程，再來糾結軟體、命令這些細節！！！！！！） 首先你得了解 raw_data / 參考基因組 .fa / 註釋檔案 .gtf / 索引檔案 indexes（通過hisat
三代轉錄組系列：使用Cogent重建基因組編碼區
儘管目前已測序的物種已經很多了，但是對於一些動輒幾個G的複雜基因組，還沒有某個課題組有那麼大的經費去測序，所以仍舊缺少高質量的完整基因組，那麼這個時候一個高質量的轉錄組還是能夠湊合用的。 二代測序的組裝結果只能是差強人意，最好的結果就是不要組裝，直把原模原樣的轉
微生物組學研究手段概覽2——巨集基因組和巨集轉錄組
原創： 林二狗 宇宙實驗媛 巨集基因組 巨集基因組測序是將環境總DNA提取出來，隨機打斷成300/500bp的小片段，然後在片段兩端加入通用引物進行PCR擴增測序，然後對測序資料進行質控，再將高質量序列拼接，根據資料庫
轉錄組分析流程
文章目錄 分析流程概述 下載測試資料 資料質量控制 Tophat –> Cufflink –> Cuffdiff 手動安裝相關軟體 流程程式碼 Subread -> featureCounts
轉錄組背景知識
文章目錄 RNA-seq 相關概念 RNA-Seq 轉錄組(transcriptome) RNA種類 可變剪下體(Alternative splicing isoform) junction reads Rea