目錄：
一、PHP中調用外部命令介紹
二、關於安全問題
三、關於超時問題
四、關於PHP運行linux環境中命令出現的問題


一、PHP中調用外部命令介紹
在PHP中調用外部命令，可以用，1>調用專門函數、2>反引號、3>popen()函數打開進程，三種方法來實現：

方法一：用PHP提供的專門函數（四個）：
PHP提供4個專門的執行外部命令的函數：exec(), system(), passthru(), shell_exec()
1）exec()
原型: string exec ( string $command [, array &$output [, int &$return_var ］ )
說明: exec執行系統外部命令時不會輸出結果，而是返回結果的最後一行。如果想得到結果，可以使用第二個參數，讓其輸出到指定的數組。此數組一個記錄代表輸出的一行。即如果輸出結果有20行，則這個數組就有20條記錄，所以如果需要反復輸出調用不同系統外部命令的結果，最好在輸出每一條系統外部命令結果時清空這個數組unset($output)，以防混亂。第三個參數用來取得命令執行的狀態碼，通常執行成功都是返回0。
<?php
exec("dir",$output);
print_r($output);
?>

2）system()
原型: string system ( string $command [, int &$return_var ] )
說明: system和exec的區別在於，system在執行系統外部命令時，它執行給定的命令，輸出和返回結果。第二個參數是可選的，用來得到命令執行後的狀態碼。
<?php
system("pwd",$result);
print $result;//輸出命令的結果狀態碼
?>
關於第二個參數結果狀態碼的簡單介紹：
如果返回0是運行成功，
在Bash中，當錯誤發生在致命信號時，bash會返回128+signal number做為返回值。
如果找不到命令，將會返回127。
如果命令找到了，但該命令是不可執行的，將返回126。
除此以外，Bash本身會返回最後一個指令的返回值。
若是執行中發生錯誤，將會返回一個非零的值。
Fatal Signal : 128 + signo
Can‘t not find command : 127
Can‘t not execute : 126
Shell script successfully executed : return the last command exit status
Fatal during execution : return non-zero


3）passthru()
原型: void passthru ( string $command [, int &$return_var ] )
說明: passthru與system的區別，passthru直接將結果輸出到遊覽器，不返回任何值，且其可以輸出二進制，比如圖像數據。第二個參數可選，是狀態碼。
<?php
header("Content-type:image/gif");
passthru("/usr/bin/ppm2tiff /usr/share/tk8.4/demos/images/teapot.ppm");
?>

4）shell_exec()
原型: string shell_exec ( string $cmd )
說明: 直接執行命令$cmd
<?php
$output = shell_exec(‘ls -lart‘);
echo "<pre>$output</pre>";
?>

方法二：反撇號
原型: 反撇號`（和~在同一個鍵）執行系統外部命令
說明: 在使用這種方法執行系統外部命令時，要確保shell_exec函數可用，否則是無法使用這種反撇號執行系統外部命令的。
<?php
echo `dir`;
?>

方法三：用popen()函數打開進程
原型: resource popen ( string $command , string $mode )
說明: 能夠和命令進行交互。之前介紹的方法只能簡單地執行命令，卻不能與命令交互。有時須向命令輸入一些東西，如在增加系統用戶時，要調用su來把當前用戶換到root用戶，而su命令必須要在命令行上輸入root的密碼。這種情況下，用之前提到的方法顯然是不行的。
popen( )函數打開一個進程管道來執行給定的命令，返回一個文件句柄，可以對它讀和寫。返回值和fopen()函數一樣，返回一個文件指針。除非使用的是單一的模式打開(讀or寫)，否則必須使用pclose()函數關閉。該指針可以被fgets(),fgetss(),fwrite()調用。出錯時，返回FALSE。
<?php
error_reporting(E_ALL);

/* Add redirection so we can get stderr. */
$handle = popen(‘/path/to/executable 2>&1‘, ‘r‘);
echo "‘$handle‘; " . gettype($handle) . "\n";
$read = fread($handle, 2096);
echo $read;
pclose($handle);
?>
二、關於安全問題：

由於PHP基本是用於WEB程序開發的，所以安全性成了人們考慮的一個重要方面。
於是PHP的設計者們給PHP加了一個門：安全模式。
在php.ini中的設置safe_mode = On
如果運行在安全模式下，那麽PHP腳本中將受到如下四個方面的限制：
執行外部命令
在打開文件時有些限制
連接MySQL數據庫
基於HTTP的認證

在安全模式下，只有在特定目錄中的外部程序才可以被執行，對其它程序的調用將被拒絕。這個目錄可以在php.ini文件中用safe_mode_exec_dir指令，或在編譯PHP 是加上–with-exec-dir選項來指定，默認是/usr/local/php/bin。

　當你使用這些函數來執行系統命令時，可以使用escapeshellcmd()和escapeshellarg()函數阻止用戶惡意在系統上執行命令，escapeshellcmd()針對的是執行的系統命令，而escapeshellarg()針對的是執行系統命令的參數。這兩個參數有點類似addslashes()的功能。

三、關於超時問題
當執行命令的返回結果非常龐大時，可以需要考慮將返回結果輸出至其他文件，再另行讀取文件，這樣可以顯著提高程序執行的效率。
如果要執行的命令要花費很長的時間，那麽應該把這個命令放到系統的後臺去運行。但在默認情況下，象system()等函數要等到這個命令運行完才返回（實際上是在等命令的輸出結果），這肯定會引起PHP腳本的超時。解決的辦法是把命令的輸出重定向到另外一個文件或流中，如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/abc ");
?>

但我調用的DOS命令需要幾分鐘的時間，而且為了批處理不能簡單的把結果寫入文件了事，要順序執行以下的程序
PHP設置了調用系統命令的時間限制，如果調用命令超時，雖然這個命令還是會被執行完，但PHP沒有得到返回值，被終止了（最可恨的是，不顯示任何錯誤）
修改php.ini並重啟Apache以允許系統命令運行更長的時間
max_execution_time = 600

四、關於PHP運行linux環境中命令出現的問題
php一般是以apache用戶身份去執行的，也可能是www用戶，把apache加入到存儲你文件的父文件夾屬組裏去，然後改該父文件夾權限為775，這樣屬組成員就有寫的權限，而apache屬於這個組就可以改寫該目錄下所有文件的權限。
例如：chown www:www dirName
這樣dirName目錄才能被php所控制
註意：改apache/php的運行用戶方法不安全

另外即使文件或目錄已經是www，php的安全設置也都照顧到，一些自己安裝linux的命令仍然可能無法運行，例如我曾經安裝的ffmpeg軟件，原因就是linux的運行權限問題，即使ffmpeg有www權限設置，但由於ffmpeg所依賴的庫文件是不允許www用戶運行，所以php運行此程序仍然會報127或126錯誤，通過 ldd 命令可以查看ffmpeg命令依賴的庫情況。
這個時候就必須對ffmpeg的依賴庫經行設置。具體方法屬於linux管理中的話題，這裏不就討論了。

php在linux中執行外部命令