假設存在路徑C:/coverage/Homo_sapiens.sort.add_exon1_coverage.txt，欲提取Homo_sapiens.sort.add_exon1_coverage.txt文件名，則用到basename函數和start、stop參數，命令行如下所示：

filename<-‘C:/coverage/Homo_sapiens.sort.add_exon1_coverage.txt‘ 
substr(basename(filename), start = 1, stop = 4) #表示提取文件名的第一個字符至第四個字符，即Homo
substr(basename(filename), start = 23, stop = 27)#表示提取文件名的第23個字符至第27個字符，即exon1
paste(substr(basename(path), start = 1, stop = 4),substr(basename(path), start = 23, stop = 27)) #將兩個字符黏貼起來　　

效果如下圖所示：

R語言：提取路徑中的文件名字符串（basename函數）