Pacific BioscienceSMRTT技術。該測序也是基於邊合成邊測序的原理，這項技於使用了Zero-ModeWaveguide(ZMW)(零級波導)。測序的過程：被熒光標記磷酸集團的核苷酸在聚合酶活性位點上與模板鏈結合（每種脫氧核苷酸被不用顏色的染料標記），被激發出熒光，在熒光脈沖結束後，被標記的磷酸集團被切割並釋放，聚合酶轉移到下一個位置，下一個脫氧核苷酸連接到位點上開始釋放熒光脈沖，進行下一個循環。

NANOpore，單分子，可以不用擴增和逆轉錄，可直接測量實時，而二代是平行大規模高通量測序，短讀長，OxfordNanopore 測序技術是以α- 溶血素來構建生物納米孔，核酸外切酶依附在孔一側的外表面，一種合成的環糊精做為傳感器共價結合到納米孔的內表面。這個系統被鑲嵌在一個脂雙分子層內，為了提供既符合堿基區分檢測又滿足外切酶活性的物理條件，脂雙分子層兩側為不同的鹽濃度在適合的電壓下，核酸外切酶消化單鏈 DNA，單個堿基落入孔中，並與孔內的環糊精短暫的相互作用，影響了流過納米孔原本的電流，腺嘌呤與胸腺嘧啶的電信號大小很相近，但胸腺嘧啶在環糊精停留是時間是其他核苷酸的2-3倍，所以每個堿基都因其產生電流幹擾振幅是特有的而被區分開來

第三代測序popular workflow