一 ：準備工作

1）中文的 LaTeX - CTEX

2）LaTeX 的*.tex 的編輯工具-Texmarker

3）TEXshade宏包

二：安裝

1） 直接雙擊運行下載的CTEX，安裝過程中，可以不安裝Ghostscript、GSview和WinEdt三個組件

2）雙擊安裝Texmaker，直接下一步安裝，點擊“Close”完成

3）將解壓texshade.zip

4） 在 Windows的 “開始”-運行中輸入“cmd”，路徑轉到 TEXshade所在的目錄下，此時輸入“Latex texshade.ins”，回車，如果出現下圖的信息，說明編譯通過。

5）重復輸入“Latex texshade.ins”再次編譯，texshade.ins 編譯2-3次後退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目錄，此時比先前多了一些文件，這些是都編譯生成的，如：AQPDNA.MSF 是比對的示例文件。

三：應用

很多人都會覺得這麽漂亮的圖肯定做出來很復雜，其實TEXShade需要的很簡單，輸出上面的結果其實也就是幾分鐘的事情，前提是需要你準備好需要展示的序列，記錄好要標註的位置就OK！

例如：對於下面這個看似復雜的可視化結果，其實我們需要的代碼很少，只需要5行代碼就足夠了！

上圖對應的TEX代碼：



第一行指定了我們的輸入文件，通常是比對的結果文件
第二行是指定了TEXshade的顯示模式，這裏用根據 不同 functional groups的chemical properties標註顏色
第三行是表示只顯示第一條序列（AQP1.PRO）138-170個堿基範圍
第四號表示顯示 legend
第五行表示代碼結束

其實TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向認為，只要人能想得出，數據可視化就能做得到。

圖像實例：

多序列比對後可視化之texshade