使用bedtools提取vcf多個位置的變異（extract multi-region of genotypes by bedtools）

阿新 • • 發佈：2018-07-26

提取 targe intersect doc pre orm mut 生成 dto

1、下載安裝bedtools；

2、生成bed文件；標準的bed文件格式如下：

chr7    127471196  127472363  Pos1  0  +  127471196  127472363  255,0,0
chr7    127472363  127473530  Pos2  0  +  127472363  127473530  255,0,0
chr7    127473530  127474697  Pos3  0  +  127473530  127474697  255,0,0
chr7    127474697  127475864  Pos4  0  +  127474697  127475864  255,0,0

如果你只有染色體、起始位置和終止位置信息的話，也無大礙。不大標準但是不傷大雅的bed文件格式如下：

chr7    127471196  127472363 
chr7    127472363  127473530  
chr7    127473530  127474697  
chr7    127474697  127475864

3、提取多個位置的vcf文件；

bedtools intersect -a myfile.vcf.gz -b mutil-region.bed -header > output.vcf

使用bedtools提取vcf多個位置的變異（extract multi-region of genotypes by bedtools）

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