bed文件格式解讀
阿新 • • 發佈：2018-08-19
pan wikipedia ans dia art nbsp core for 文件格式
chrom :即染色體號
chromStart :即feature在染色體上起始位置 。在染色體上最左端坐標是0
chromEnd :即feature在染色體上的終止位置。例如一個染色體前100個堿基定義為chromStart=0, chromEnd=100, 跨度為 0-99.
----------------------------------------------------------------可選9列-------------------------------------------------------------------------------
name ：feature的名字 ，在基因組瀏覽器左邊顯示；
score ：在基因組瀏覽器中顯示的灰度設定，值介於0-1000；
blockStarts ：用逗號分割的列表, 所有外顯子的起始位置，數目也與blockCount數目對應
1）BED文件
BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一個格式 ,提供了一種靈活的方式來定義的數據行，以用來描述註釋信息。BED行有3個必須的列和9個額外可選的列。每行的數據格式要求一致(見下圖)。 每條線的字段數目必須是任意單條數據的在註釋上一致。
BED文件結構：
-------------------------------------------------------------必須有以下3列------------------------------------------------------------------------
chrom :即染色體號
chromStart :即feature在染色體上起始位置 。在染色體上最左端坐標是0
chromEnd :即feature在染色體上的終止位置。例如一個染色體前100個堿基定義為chromStart=0, chromEnd=100, 跨度為 0-99.
----------------------------------------------------------------可選9列-------------------------------------------------------------------------------
name ：feature的名字 ，在基因組瀏覽器左邊顯示；
score ：在基因組瀏覽器中顯示的灰度設定，值介於0-1000；
strand ：定義鏈的方向，‘‘+” 或者”-”
thickStart ：起始位置(例如，基因起始編碼位置）
thickEnd ：終止位置（例如：基因終止編碼位置）
itemRGB ：是一個RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb設置為‘On”, 這個RBG值將決定數據的顯示的顏色。
blockCount ：BED行中的block數目，也就是外顯子數目
blockSize：用逗號分割的外顯子的大小, 這個item的數目對應於BlockCount的數目
blockStarts ：用逗號分割的列表, 所有外顯子的起始位置，數目也與blockCount數目對應
2)和gff之間的關系
4) 參考資源
https://en.wikipedia.org/wiki/BED_file_format
bed文件格式解讀