InnoDB：
支持事務處理等
不加鎖讀取
支持外鍵
支持行鎖
不支持FULLTEXT類型的索引
不保存表的具體行數，掃描表來計算有多少行
DELETE 表時，是一行一行的刪除
InnoDB 把數據和索引存放在表空間裏面
跨平臺可直接拷貝使用
InnoDB中必須包含AUTO_INCREMENT類型字段的索引
表格很難被壓縮

MyISAM：
不支持事務，回滾將造成不完全回滾，不具有原子性
不支持外鍵
不支持外鍵
支持全文搜索
保存表的具體行數,不帶where時，直接返回保存的行數
DELETE 表時，先drop表，然後重建表
MyISAM 表被存放在三個文件 。frm 文件存放表格定義。 數據文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex)引伸
跨平臺很難直接拷貝
MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT類型字段建立聯合索引
表格可以被壓縮

選擇：
因為MyISAM相對簡單所以在效率上要優於InnoDB.如果系統讀多，寫少。對原子性要求低。那麽MyISAM最好的選擇。且MyISAM恢復速度快。可直接用備份覆蓋恢復。
如果系統讀少，寫多的時候，尤其是並發寫入高的時候。InnoDB就是首選了。
兩種類型都有自己優缺點，選擇那個完全要看自己的實際類弄。

MySQL中MyISAM與InnoDB區別及選擇