JabRef 文獻管理軟件簡明教程

大多只有使用LaTeX撰寫科技論文的研究人員才能完全領略到JabRef的妙不可言，但隨著對Word寫作平臺上BibTeX4Word插件的開發和便利應用，使用Word撰寫文章且用JabRef推送參考文獻同樣令人十分愉悅。作為新生代的文獻的送和管理工具（2005年開發），不僅功能齊全、各種操作也考慮周到，實現科技研究人員在跨操作平臺和不同寫作環境下終身使用一個“自己的文獻庫”不再是一個奢望。

JabRef主頁和下載地址：http://jabref.sourceforge.net/

1） 免費開源軟件，使用Java語言編寫，支持Windows、Linux、Mac等多個平臺。可以選擇安裝版本或是免安裝的JAR版本（前提是電腦已有Java環境支持）。

2） 支持在線抓取和更新題錄。最新的JabRef 2.6版本已支持如下圖所示的，CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline以及ScienceDirect 八大電子資源數據庫的文獻查找和索引自動導入功能。

英文視頻：http://www.eng.auburn.edu/~reevesj/Classes/ELEC6970-latex/jabref/jabref/jabref.html

中文教程:http://wenku.baidu.com/link?url=eWAsSqnWWHuJb6i-Lt199BVXCXKpPdi22Y7Ur1QCADRF5d7BlsxK3gD4h9n3RwhCyUrOHzPrG623nRA7ZPwDNsp94G1pCCdTNcqALAos2wG

中文手冊:http://wenku.baidu.com/link?url=j4YcPQwTkd72RVEjDQnAAioo3g6yit2MIOuV7avniv8x9MGyAU8v7wGGHI6TGnCIrRvTP8kdaBaOf_wS8FM0e1D1K2y2yPwSt6C8A4HsRQu

1、序言

忽然萌發翻譯和編寫JabRef中文手冊的想法，因為自己感覺這軟件非常不錯而目前又找不到詳細的中文手冊，而且遠在異國他鄉，雜事少閑暇多。但是能不能堅持寫完就得看以後工作的安排了。

JafRef是開源軟件，完全免費。但這不是它的主要優點。免費的東西很多，不見得每件免費的東西都有人要。實用性才是最重要的。

我用文獻管理軟件只有兩個需求，一是管理或者說整理自己電腦上保存的文獻（主要是pdf格式文件），另外一個是寫文章插入引用文獻和編寫參考文獻列表。其他的需求，比如查新、閱讀和做筆記，都可以歸到這兩個裏面。

很多文獻管理軟件都可以很好滿足第二個需求，這個不用再說。也有一些軟件吹噓能很好的管理本機保存的文獻，比如Reference Manager，Endnote，醫學文獻王。Reference Manager是我使用的第一款文獻管理軟件，很快放棄，原因已經記不得。Endnote使用時間最長，但在半年前放棄了，因為一件事讓我大費腦筋：由於更換了電腦而把原來的參考文獻庫連同文獻一起轉移到新機，盤符和文件夾設置都完全照搬，但還是發現多數全文連接打不開了。我一個個試著找出哪些鏈接已經作廢，然後找到放置全文的地方，再一個個拖拽到文獻條目上讓它重新建立鏈接。很快我就吃不消了，我有一千多個pdf文件！！（Reference Manager和Endnote是同一個公司的產品，是不是也有這個問題？）當初看中Endnote的原因是它關聯文獻的簡單方法--鼠標拖拽，沒想到最後讓我沒法再使用它的也是這個拖拽。OK，沒辦法了，遷移到其他軟件吧。（不是我見異思遷，簡單重復而又沒有盡頭的工作，你來試試？）

JafRef有這麽一個功能：全文文獻自動關聯。這個“自動”當然不可能自動到你什麽都不用幹。給文件改一個規則的名字，這是你需要做的。JafRef中有一個域名叫BibTexkey，每篇文獻可以自動生成唯一的BibTexkey，生成規則可以根據個人喜好來定義，只要這個定好，把所有文件名改成BibTexkey加文件擴展名的形式，JabRef就能自動找到它。

我把BibTexkey定為“[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]“，所有文獻不出現重復BibTexkey。然後著手所有文獻的批量重命名工作：
1、在Endnote裏面編寫一個”Output Style“，在Bibliography下的Templates裏面加入”Year-Author-pPages=Link to PDF“（文獻類型Journal Article）
2、把所有帶全文的文獻用此”Output Style“導出一份文本文件
3、按順序完成替換：先把”=internal-pdf://"替換成制表符，再把“/”號替換成制表符
4、拷貝、粘貼到Excel裏面，保留第一列（將來的文件名）和最後一列（原來的pdf文件名），其他刪除
5、按原文件名排序（為了符合文件批量命名軟件的需要）
6、拷貝第一列的內容到文本文件，命名保存
7、有一個文件批量命名軟件，叫“拖把文件更名器”。把你所有要從命名的文件放到一個文件夾中，用這個軟件“調用文本文件命名”功能（用的就是第6部中的文本文件），幾秒鐘內它會幫你全部重命名。（軟件很簡單，具體使用方法自己看看就明白了，在這不詳細介紹）

Ok，從Endnote遷走的工作完成一大半了。接下來只需要把參考文獻題錄搬出來。其實這一步我沒有做，原因很簡單：現在網絡這麽方便，直接使用JabRef內置的搜索功能重新查文獻題錄就行了，何苦去折騰那個導出功能？再說從Endnote導出的格式又不是100%兼容。實在要導出也可以，下載一個Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens
放到Styles文件夾中，就可以使用（需要稍微編輯）。

據說有方法能把Endnote的文獻題錄連同全文鏈接一起到出來的方法。但是我不傾向於使用這些方法：既然使用了管理手段，就要用全新的思維來做事，婆婆媽媽的想換又不換還不如保持現狀。

好了，新的開始，新的征程，希望JafRef能帶給你驚喜。

2、入門

了解和使用一個軟件的最好的方法是看它的幫助文檔，這也將是我後面翻譯和編寫JabRef中文手冊的主要工作。但是我性子急，看到某本書或某個幫助文檔不厭其煩的一條條解釋術語和羅列菜單就覺得煩。相信不少人跟我一樣。那好，先撇開這些套套，直接看一些實用的操作。

1、打開軟件。新安裝的軟件，應該只有軟件菜單和工具欄，其他空白（下圖）：

2、點一下緊挨菜單“File”下面的像白紙一樣工具欄圖標，工具欄下面區域馬上出現帶表頭的區域，這個操作叫做“新建數據庫”。註意左下腳有文字“Status： New database created”：

你的軟件出現的表頭可能跟上面的不一樣，沒關系，因為我的軟件不是第一次使用，調整過。

3、點擊“Web Search”菜單，選擇最後一個“Search Medline”。註意左邊出現有搜索功能區。在光標閃爍的地方輸入你的關鍵詞。這裏演示輸入的是“arabidopsis proteomics 2009”

鼠標點擊“Fetch”後跳出一個窗口，等待一會就會出現搜索結果：

先不管其他，結果出來後按底下的“OK”。查到的結果全部轉移到了剛才新建的“數據庫”中：

現在可以看看整個窗口的布局了。

先看些熟悉的東西：左上角，JabRef程序圖標，有上角，紅叉，關閉程序用；紅叉的下面有個黑叉，是關閉當前數據庫（database）的，先別著急按它（Sorry，我用的是windows，Mac和Linux這三個圖標的地方會很不一樣）；菜單，不用說都認識，還有工具欄。

出現兩個新分隔區（其實不新，你要是用過其他文獻管理軟件，這都大同小異）：表格狀的是文獻題錄顯示區，顯示的是整個文獻數據庫，每行是一條文獻（專用術語是“題錄”，英文稱為entry）；它下面的分隔區域是文獻預覽區（entry preview），顯示的是當前選中的文獻的信息。你可以用“View”菜單下的“Toggle entry preview”顯示或隱藏文獻預覽區。

再看一下數據庫的表頭（欄標題）。#號表示文獻排序號。Author是作者，它左邊的圖標表示該文獻有網址鏈接，單擊一下就可以打開瀏覽器。Title、year、journal等，都很熟悉。有三個可能是新的：Owner、Timestamp和Bibtexkey。

4、修改Bibtexkey設置：

撇下Owner和Timestamp不管。先修改一下Bibtexkey，因為Bibtexkey太重要了，全文管理和寫文章引入參考文獻都靠它。這個Bibtexkey就是文獻條目的標識，相當於一個人的名字，在一個文獻庫裏面Bibtexkey不會重復，如果重復了JabRef會自動在後面加a，b，c來區別（這種情況不利於全文文件自動關聯，最好避免）。

打開“Options”（選項）菜單的“Preferences”（偏好設置），點一下彈出窗口左邊“BibTex key generator”切換到該標簽頁：

看到窗口裏面有一個還算比較顯眼的紅色問好沒？點一下你就能得到相關的幫助，跟當前窗口的內容絕對對口！

想一下，什麽樣的命名方式得到的Bibtexkey既簡潔、美觀又不會重復？你應該有好辦法。我比較笨，用的是[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage] （表示：“年”-“第一作者姓”-p“文章首頁”-“文章末頁”，你在幫助頁裏面能了解到每個詞表示的意思），把它放到右邊第一行內（Default pattern）。

5、順便做一件事，美化文獻題錄顯示：

點一下左邊的“Entry table columns”：

選中右邊的owner，再點一下它右邊上的紅色減號，去掉這一項；把Timestamp和Year也去掉。按“OK”回到JabRef主界面，你會發現數據庫表格簡潔了許多，因為剛才的操作去掉了Owner、Timestamp和Year這三欄。

註意，剛才設置的Bibtexkey還沒有起作用。需要手動更新：點中其中一條文獻，然後用Ctrl+A（同時按下Ctrl鍵和A鍵）全選，再點“Tools”菜單下的“Autogenerate BibTex keys”，全部Bibtexkey得到更新

6、下載和關聯全文

先建立一個你專門用於放文獻的文件夾（我用的是 e:\A_JabRef\pdf）。同樣點擊“Options”下的“Preferences”，選中“External programs”，把“Main file directory”設置成剛才建立的文件夾位置，並且選中“Main file directory”下面第一個選項，如圖：

設置完畢點“OK”回到主窗口。

你可能剛才就註意到了文獻預覽區第一行的括號裏面的內容就是Bibtexkey。選中，Ctrl+C拷貝它。點擊作者左邊的網址圖標，跟蹤到它的全文pdf網址，打開pdf文件以後另存到剛才建立的目錄，文件名用剛才拷貝到的Bibtexkey，擴展名不變。現在可以關聯文件了。“Tools”-“Scan database...”-“Synchronize file links”，適當看看彈出的窗口，然後點“OK”，很顯然，有全文的文獻多了一個圖標。

保存文件吧，用axx作文件名，默認擴展名是bib。在工具欄的下面你會看到文件名。

現在，你已經跨進JabRef的門檻了 ：）

3、一般常識

關於幫助窗口

幫助窗口

點擊幫助按鈕或者按下F1。

現在，幫助窗口已經準備好了向你提供有關使用JabRef的信息。

在幫助文件內導航

幫助窗口事實上是一個輕量級的HTML瀏覽器，幫助文件是標準的HTML文件。

從程序的不同窗口打開幫助窗口，默認打開的幫助文件是不一樣的。如果你不能從這個文件得到你感興趣的內容，工具欄的“內容”按鈕會把你帶到現有的幫助文件列表。

此外，工具欄還包含有顯示下一文件或前一文件的導航按鈕。它們跟標準瀏覽器中的“前進”和“後退”按鈕一樣。鍵盤快捷鍵是左右箭頭鍵，分別表示後退和前進。

可以按下ESCAPE（ESC）鍵關閉幫助窗口


一般信息

JabRef

註：這些幫助文件會多次提到bibtex程序。Bibtex是LaTex文檔中用來產生參考文獻的一個工具，由Oren Patashnik創建。Adobe FrameMaker的參考文獻生成工具--CiteMaker，也使用同樣的數據庫格式。

JabRef是使用bibtex數據庫進行工作的程序。程序沒有使用自己內部的文件格式，這表示你可以直接用bibtex的.bib格式載入和保存你的數據庫。然而，你也可以使用多種其他格式導入參考文獻數據庫。

JabRef提供的排序和搜索功能可以使你能夠對數據庫的內容有總體的了解。你可以輕松的添加數據庫條目而不用去強記哪些信息是必需的，還可以生成bibtex keys。如果你正在使用bibtex或CiteMaker，JafRef對你相當有用；如果你正在使用其他文獻體系或者僅僅想管理文獻資源，JabRef可能對你也同樣有用。

JabRef主窗口

JabRef主窗口

註：下面提到的多數菜單動作都有鍵盤快捷方式，有很多功能也可以從工具欄上獲得。你可以在下拉菜單中找到鍵盤快捷方式。

這是處理你的數據庫的主要窗口。在菜單和工具欄下面是一個標簽式窗格，你目前打開的每個數據庫都有各自的一個面板。

? 通過在“偏好設置”對話窗口中選擇你需要的域名，可以決定在表格裏面顯示哪些“域”（內容）。

? 通過雙擊表內的一行，你可以編輯文獻條目的內容。你可以用箭頭鍵在不同的表之間切換。

? 表格排序依據的是你已經選擇的一系列域。默認的排序依據在“偏好設置”->“題錄列表”中設置，但是為了快速改變順序，你可以通過單擊列上的表頭而把這一欄設為主要排序標準，如果已按該欄為標準進行排序則將進行逆序排列。再次單擊將取消該欄作為排序標準。設定了主要排序標準後，你可以按下CONTROL鍵，單擊某一欄來設定、取消為次級排序標準或移除次級排序標準。你可以添加任意數目的次級排序標準。

? 拖動表頭中兩欄之間的邊界可以調整每欄的寬度。

? 可以在“偏好設置”對話窗口中設置是否重新調整表格以適應窗口。使用此功能可以確保整個表格可見，而取消該功能可以讓你有空間顯示更多的信息。

? 顏色代碼也可以在“偏好設置”窗口中切換。在單元格中顯示下面不同顏色可以幫助你識別數據庫是否完整

– 最左邊的紅色單元格表示該題錄不完整。

– 最左邊的黃色單元格表示該題錄本身並不完整，但它交叉引用

– 藍色的單元格表示該單元格的內容是必需的

– 綠色單元格表示該單元格的內容是可選的。

– 無色的單元格表示此定義域在該類型的題錄中沒有被bibtex程序使用。這樣的域仍然能夠在JabRef中編輯。

添加新文獻題錄

添加新題錄的方法有幾種。菜單中的“新題錄”動作顯示一個對話窗口，你可以從列表中選擇文獻的類型。也可以繞過這個對話窗口, 每一種題錄類型都有獨立的菜單動作，最常用的類型還有鍵盤快捷方式可以使用。

添加新題錄後，題錄編輯對話窗口默認被打開。也可以在“偏好設置”對話窗口中關閉這種功能。

註：強烈建議你學習一下你常用題錄類型的快捷方式，比如CTRL-SHIFT-A 用於添加新文章類型題錄。

編輯題錄

為已有的文獻題錄打開編輯對話窗口，在該題錄的行內任何地方雙擊鼠標即可（或者選中題錄並按ENTER鍵）

在域內引用bibtex字符串

在JabRef 中你可以像使用文本編輯器一樣書寫所有內容，但有一點除外：用一對#號把字符串名字包含起來。如：‘#jan# 1997‘將被解釋為字符串名‘jan‘ 後接 ‘ 1997‘。

請參考：字符串編輯器。

題錄編輯器

在主窗口中雙擊題錄的行內任何地方，或者選中題錄並按ENTER鍵即可打開題錄編輯器。按ESC鍵可以關閉該面板。

在此面板中你可以為單一題錄指定任何相關的信息。題錄編輯器檢查題錄的類型並列出所有必需的和可選的域，方便使用bibtex查詢題錄。此外，有一些域稱為通用域，這些域是所有題錄類型共有的。

你完全可以自己為每種題錄定義哪些域是必需的而哪些域是可選的，也可以定義哪些域會出現在通用域標簽窗口。請參考自定義題錄類型獲取更多的幫助內容。

獲取更多有關如何填寫域內容的信息，請參考Bibtex幫助。

題錄編輯面板

題錄編輯器包含了6個面板：必需域、可選域、通用域、摘要、審閱和BibTex源代碼，其中可以通用域、摘要和審閱面板可以自定義（參考自定義一般域獲取詳細信息）。在前三個面板內，可以用TAB和SHIFT-TAB鍵在各文本域間切換位置。

用鼠標點擊在面板件切換，或者使用組合鍵切換到左邊或右邊面板：CTRL-TAB 或 CTRL-PLUS 切換到右邊的面板， CTRL-SHIFT-TAB 或 CTRL-MINUS切換到左邊的面板。你也可以按下CTRL-SHIFT-DOWN轉到下一個， CTRL-SHIFT-UP轉到前一個題錄，或者點擊適當的工具欄按鈕。

BibTex源代碼面板向你展示的是數據庫以bibtex格式保存時的題錄樣式。如果你願意，你可以在此面板直接編輯bibtex源代碼。需要轉到其他面板時，按STRL-S或關閉題錄編輯器，JabRef會盡可能解析源代碼面板的內容。如果解析出錯，你會得到通知，允許你進一步修改題錄或返回到以前的內容。如果“偏好設置”對話窗口“一般選項”的“默認顯示源代碼”被選中，你每次打開題錄編輯面板時首先顯示的總是源代碼面板。如果你喜歡編輯源代碼而不是其他四個面板，你應選中這個選項。

小貼士：如果你的數據庫中包含有JabRef不能識別的域，他們會被顯示在源代碼面板中。

小貼士：pdf和url域支持拖拽操作。你可以把url從瀏覽器中拖放到這， 也可以是一個pdf文件的鏈接（JabRef會幫你下載這個pdf文件，或保留此鏈接）。

域內容一致性檢查

當一個域中的內容發生改變後，JabRef會檢查新的內容是否能被接受。如果是被bibtex使用的域類型，會檢查這些內容中#符號的使用。 此哈希符號只能成對出現，用來封裝一個被引用的bibtex字符串名字。註意，JabRef並不檢查這個引用的字符串是否存在（這不是件容易的事情，因為bibtex風格中你可以自定義JabRef不能識別的任意字符串組合）。

如果域內容不被接受，這個域會顯示為紅色，表示錯誤。這種情況下的修改不會被存儲。

bibtex key自動生成

按CTRL-G或“生成key”按鈕（魔術棒）會根據必需域中的內容自動為題錄生成bibtex key。

更多有關JabRef如何生成bibtex keys的信息，請看參考“自定義BibTex key生成器”。

單詞/名字自動補全

JabRef提供了單詞和名字的自動補全功能。自動補全可以在“選項” ->“偏好設置” ->“題錄編輯器”中設置，它已經在幾個常用的域中默認激活。

當在激活了自動補全功能的域內編輯時，JabRef會根據數據庫中其他地方特定域內出現的詞給你提供補全建議。建議補全的文本用高亮塊顯示。你可以用PAGE UP 和 PAGE DOWN鍵在可能的建議內循環。按ENTER接受建議。忽略建議只需繼續打字。

4、域

關於bibtex

JabRef能幫你處理bibtex數據庫，但需要記住的是：在編輯文獻題錄時要確保你的數據庫能被bibtex程序正確處理。

Bibtex域

在bibtex中有許多不同的域，JabRef也能設定一些附加的域。

通常，你可以在包含文本的域內使用LaTex命令。Bibtex會自動格式化你的文獻列表，根據你的參考文獻風格將列表中某些域轉成大寫或小寫。為保證特定的字符保持大寫，請把它們用大括號包含起來，例如{B}elgium。

部分域類型的說明：

Bibtexkey：是用在LaTex文件中引用題錄的獨特字符串。需要註意的是：從LaTex中引用題錄時，此關鍵詞必需和文獻字符串的大小寫完全匹配。

address：地址，通常指出版者或其他機構。對於一些大的出版社，van Leunen建議整個忽略。而對於一些小的出版社，給出完整的地址對讀者會有幫助。

annote：即annotation，註釋。標準的參考文獻格式不使用註釋，但是一些程序用它來產生註釋型的參考文獻。

author：作者。該域應該包含一條文獻題錄中完整的作者列表。作者名之間用and分隔，作者數目多於三個也是一樣。名字可以用兩種等價的方式書寫：

– Donald E. Knuth （名 + middle name +姓）或者 Knuth, Donald E（姓+“,”+名）
– Eddie van Halen 或 van Halen, Eddie

（譯註：上面兩行是兩個例子，每一行中是兩種書寫方式。）

如果作者多於兩個，必需使用後一種方式（帶逗號的方式）以區別中間名（middle names）和姓（last names）。

booktitle：書名。部分書名會被引用。對於書籍題錄，使用題目域代替。

chapter：章（或節或其他）編號。

crossref ：交叉引用，題錄被交叉引用時用的數據庫關鍵詞。

edition：版本，書的版本號，如“第二版”（“Second”）。應使用序數詞，而且第一個字母要大寫。必要的時候標準的文獻格式會把它轉換成小寫。

editor：主編。該域和作者域類似。如果已經有作者域，則“editor”域用於給出文獻所在的書或專輯的主編名。

howpublished：出版方式，專用於一些奇怪的文獻，標明它是如何被出版的。第一個字母要大寫。

institution：研究所，指技術性報告的贊助機構。

journal：期刊名，可以簡寫成一個“字符串”（string）。要定義這樣的字符串請使用字符串編輯器。

key：用於按字母順序排序、交叉引用和在“作者”域信息缺少時產生標簽。該域和cite命令中出現的（也是在數據庫題錄開始處出現）key是不一樣的，不要混淆。

month：月份，指工作發表的月份；對於未發表的工作，指寫作的月份。應該使用三字母縮寫（jan, feb, mar, apr, may, jun, jul, aug, sep, oct, nov, dec）。

note：註釋。可以幫助讀者理解的任何附加信息。首字母應大寫。

number：期刊、雜誌、技術性報告或系列著作的期號。一本期刊或雜誌通常用卷號和期號來識別；出版技術報告的機構通常也會給出一個期號；有時書名也會給出系列號。

organization：機構，指贊助會議或出版手冊的機構。

pages：頁碼，一頁或多頁或者頁碼範圍，如42-111 或 7,41,73-97 或 43+ （最後一個例子中的 `+‘ 表示隨後的頁碼編排比較復雜） 。為了更好的維護數據庫的翻錄性，標準的文獻格式將單破折號（如7-33）轉換成Tex中使用的雙破折號表示頁碼範圍。（7--33）。

publisher：出版社名字。

school：論文撰寫的學校名字。

series：系列著作或書的名字。引用整本書時，題錄的title給出書名，而可選的series域給出系列名，或多卷書刊的“套”號。.

title：著作的標題/題目。大寫形式取決於文獻格式和使用的語言。對於必需大寫的詞，請使用括號將詞或首字母括起來。

type：技術報告的類型，如研究簡報（Research Note）。

volume：期刊或多卷速記的卷號。

year：出版年份，或未出版著作的寫作年份。通常應該為四位數，如1984，雖然標準的文獻格式能處理末四位為連續數字的任何年份（如：大約1984）。本域對多數題錄類型是必需的。

其他域

BibTeX非常流行，很多人用它來存貯信息。這裏列舉了一些常見的域：

affiliation* ：指作者的隸屬關系。

abstract：著作摘要

doi：即數字文獻標識（The Digital Object Identifier），用於標識文獻的一個參數。

eid：電子標識（The Electronic identifier），用於標識紙質刊物的電子期刊。此數字取代了頁碼，可以用於查找紙質刊物中的文章。有時也稱引文號。

contents* ：內容列表。

copyright* ：版權信息。

ISBN* ：國際標準書號（The International Standard Book Number）。

ISSN* ：國際標準系列號（The International Standard Serial Number），用於標識期刊。

keywords：關鍵詞，用於搜索或註釋。

language* ：文章的寫作語言。

location* ：和文獻題錄相關地址，如會議召開的城市。

LCCN* ：國會圖書館電話（The Library of Congress Call Number）。我還見過用“lib-congress”表示的。

mrnumber* ：數學評論號碼（The Mathematical Reviews number）

price* ：文檔的價格。

size* ：著作的物理尺寸。

URL：指向引文的WWW通用資源定位器，通常用在技術報告中指向存放該報告postscript代碼的ftp站點。

註：帶*號的域不是JabRef直接支持的域。

JuraBib

urldate：最後一次訪問網頁的日期。


JabRef的文件鏈接

JabRef能將文獻題錄與存儲在你系統上的任意類型文件建立鏈接，也能用URL或DOI標識的形式和網絡上的文檔建立鏈接。每條題錄能有任意數目的文件鏈接，而且每個鏈接的文件都能快速地從JabRef打開。

在BibTex的術語中，一條題錄的文件鏈接是在單一的域內編碼的。但是，在JabRef內這些鏈接和其他BibTex域一樣，展現在你面前的是一個可以編輯的鏈接列表。

設置外部文件類型

文件鏈接必需先選擇文件類型，這樣JabRef才可以決定使用什麽文件圖標，打開文件的時候才知道應使用什麽程序。文件類型的列表可以通過下列方法查看和編輯：

選擇“選項 ->管理外部文件類型”，或者在“偏好設置“窗口中點擊“管理外部文件類型”按鈕。

文件類型的指定內容包括：名稱、圖標、文件擴展名和查看文件的應用程序。在Windows系統中，為了能夠使用Windows的默認查看程序，應用程序名可以忽略。

為題錄添加外部文件鏈接

如果file（文件）域已經包含在通用域中，你可以在題錄編輯器中直接編輯一條題錄的外部文件列表。編輯器提供了插入、編輯和移除鏈接的按鈕，也有為鏈接列表重新排序的按鈕。

如果你的文件在你的文件目錄（在“偏好設置 ->外部程序 -> 外部文件鏈接 -> 主文件目錄”中設置）或其子目錄內，文件的擴展名符合已定義的一種文件類型，而且文件名包含有BibTex題錄的BibTeX key，那麽，這個文件可以通過點擊題錄編輯器中的Auto按鈕自動產生鏈接。至於文件名和BibTeX key自動建立鏈接的規則，可以在“偏好設置->外部程序->使用正則表達式搜索”中設置。

如果你需要下載一個文件，並從一個題錄中鏈接它，你可以點擊題錄編輯器中的下載按鈕。這將會出現一個對話框，提示你輸入URL。文件會下載到你的主文件目錄，並根據題錄的BibTeX key命名，最後把它和題錄相鏈接。

打開外部文件

可以有多種途徑從JabRef打開一個外部文件或網頁。在題錄列表窗口，你可以選擇題錄然後通過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或鼠標的右鍵菜單打開該題錄的外部鏈接。如果題錄列表窗口中設置了顯示文件欄（通過“偏好設置” -> 題錄列表 -> 特殊表欄 -> 顯示文件欄”中設置），你可以單擊文件圖標打開題錄的第一個文件鏈接。要看到該題錄已鏈接的所有文件，在文件圖標上點鼠標右鍵（Max OS X上用Ctrl-click），將出現一個顯示所有鏈接的菜單。

JabRef中的PDF/PS/URL/DOI 鏈接

註：JabRef 2.3 及以後的版本提供了增強的外部文件鏈接功能。

JabRef能將文獻題錄與存儲在你系統上的PDF或PS文件建立鏈接，也能用URL或DOI標識的形式和網絡上的文檔建立鏈接。

外部閱讀器設置

程序必需預先知道用於打開PDF、PS和web頁面的外部瀏覽器。這些設置很可能已經根據你的操作系統進行了默認設置，所以你可能不需要改變這些設置。

要改變外部瀏覽器設置，進入“選項->偏好設置->外部程序”。

打開外部文件或鏈接

可以有多種途徑從JabRef打開一個外部文件或網頁。在題錄編輯器中，你可以雙擊包含了文件名、DOI或URL的文本域。在題錄列表窗口，你可以選擇題錄然後通過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或鼠標的右鍵菜單打開該題錄的文件或網頁。最後，你可以單擊PDF、PD、URL和DOI圖標。

默認情況下，題錄列表窗口包含了兩個有圖標的欄，用於顯示題錄的外部文件鏈接和URL。你可以在“偏好設置 -> 表格”中取消任何一項。題錄列表的第二欄顯示PDF或PS文件圖標（如果兩種文件都有則僅顯示PDF），第三欄顯示URL或DOI（如果兩者都有，則只顯示URL）。你可以單擊圖標打開文件或網址。

註：如果題錄編輯器中不出現PS域，你需要為通用域自定義題錄類型。

PDF/PS主目錄

JabRef很容易將PDF/PS文件鏈接到你的文獻題錄。為了使用吃功能，你需要在“選項->偏好設置->外部程序”中為程序設定你的PDF/PS住目錄。JabRef用相對路徑方式來引用存儲在該目錄及其子目錄的所有PDF/PS文件。這可以方便你移動PDF/PS目錄，也方便來自網絡上不同地方的用戶使用相同的數據庫。

此外，如果你用相應文獻題錄的bibtex key（加上‘.pdf‘ 或 ‘.ps‘）命名你的PDF/PS文件，JabRef能搜索你的主目錄及其子目錄以獲取正確的PDF/PS文件。只要被正確命名的PDF或PS文件在那裏，你就可以使用這種功能，方法是：點擊題錄編輯器中PDF/PS域旁邊的“Auto”（自動）按鈕。如果找到了PDF或PS文件，此域立刻被設定。

如果你按照上面提到的方法命名了文件，你也可以根本不用設置題錄的PDF或PS域而直接打開文件。這樣做的缺陷是：PDF或PS圖標不會出現在題錄列表窗口內，除非你（手動地或使用‘Auto‘按鈕）設置了PDF或PS域。

數據庫專用PDF/PS目錄

你可以為數據庫設置專門的PDF/PS目錄（文件->數據庫屬性）。這些目錄將取代PDF/PS主目錄。

使用正則表達式搜索自動關聯文件

在前面的章節中已經介紹了JabRef的文件自動鏈接特性：如果你為文件選擇了和“bibtex-key + 擴展名”相對應的文件名，JabRef就能自動的找到它。

JabRef2.2以後的版本使用了正則表達式搜索，這使文件的命名方案方面有了更大的彈性。多數情況下可以不必考慮去適應既有的默認規則。

打開外部程序偏好設置（選項->偏好設置->外部程序），你會發現一個叫“使用正則表達式搜索”的選項。如果你想用自己的正則表達式來搜索PDF目錄選上這個選項。

JabRef可以識別下列正則表達式語法：

* ：搜索所有一級子目錄，不包括當前目錄和更深的子目錄。

**：遞歸搜索所有的子目錄和當前目錄 。

. 和 .. ：當前目錄和父目錄。

[title] ：方括號內的所有表達式將被替換成當前題錄的相應域內容。

[extension]：替換成當前域的擴展文件名。

其他所有的文本均被解釋為正則表達式。但註意：為了不和路徑分隔符號混淆，請避免使用兩個連續的反斜杠。

默認的搜索方案是： **/.*[bibtexkey].*\\.[extension]。你肯定明白，這將搜索和擴展名相關聯的所有子目錄（比如PDF目錄）中任何具有正確擴展名且文件中某個地方包含了bibtex key的任何文件。

題錄時間戳

本功能可以在“選項->偏好設置->通用設置”中關閉或配置。

JabRef能自動的產生一個包含題錄加入數據庫的日期的域。

格式

時間戳的格式可以用一個包含了預設單詞的字符串確定，該字符串指定日期中的不同部分所處的位置。

下面是一些可用的預設單詞（圓括號中給出的例子是：2005年9月14日星期三下午5:45）：

yy: 年 (05)

yyyy: 年 (2005)

MM: 月 (09)

dd: 日 (14)

HH: 小時 (17)

mm: 分 (45)

這些預設的單詞可以和標點符號和空格聯合使用。

例：

yyyy.MM.dd 得到 2005.09.14

yy.MM.dd 得到 05.09.14

yyyy.MM.dd HH:mm 得到 2005.09.14 17:45

所有者（owner）域

JabRef能夠在新的文獻題錄或導入數據庫的題錄中標上你的名字，此功能是可選的。你可以進入“偏好設置->一般設置”（Preferences -> General）關閉或允許此功能，也可以更改標記題錄時使用的名字。默認的名字是你的用戶名。

此名字可以在“所有者”域內添加，該域在題錄編輯器的通用域標簽頁內默認可見。

域內容選擇器

本功能允許你存儲一些數據庫中常用的詞或短語。默認情況下此功能對期刊、作者、關鍵詞和出版社等域內容（Journal, Author, Keywords and Publisher）有效，但你也可以把其他域加入到選擇器中：在管理對話窗口的上部（菜單 Tools --> Manage content selectors）。

單詞選擇功能是針對特定數據庫的，並且隨參考文獻一起保存在.bib文件中。

要加入一個新詞，把它輸入到選擇器的小box中並按ENTER鍵。你使用“管理”對話窗口刪除已經加入的詞。

期刊縮寫

此功能可以在“選項->管理期刊縮寫”（Options -> Manage journal abbreviations）中配置。

只要期刊名包含在你的期刊列表中，JabRef就能自動的在縮寫和未縮寫格式的期刊名之間相互切換。你可以使用多個期刊列表，所有的列表都應是你硬盤上的文本文件。

使用本功能

從題錄編輯器或者從“工具”菜單都可以使用期刊名轉換功能。在題錄編輯器內，你可以在期刊域旁邊找到一個標簽為“切換縮寫”（Toggle abbreviation）的按鈕。點擊這個按鈕可以依次將現有的期刊名轉換為以下三種顯示模式：

全名，如 "Aquacultural Engineering"

ISO縮寫：如 "Aquacult. Eng."

MEDLINE縮寫，如 "Aquacult Eng"

如果當前的期刊名稱不在你的期刊名列表中，這個域的內容不會改變。

你可以對大量的題錄實現期刊名批量轉換：選擇任意數量的題錄，然後選擇“工具->縮寫期刊名（ISO）”、“工具->縮寫期刊名（MEDLINE）”或“工具->取消縮寫期刊名”。如果你的期刊名列表中有這些期刊名稱，這三種操作會把選定題錄的期刊名縮寫或取消縮寫。

設置你的期刊列表

你可以使用多個期刊名列表，所有的外部文本文件都需與JabRef關聯。主要的刊名列表可以在JabRef內編輯。

個性化刊名縮寫列表

你的個性化刊名列表可以在“管理期刊縮寫”（Manage journal abbreviations）窗口的上部進行管理。選擇“新建”並手動輸入文件名或者使用瀏覽按鈕開始建立你自己的刊名列表。如果你想使用已有的文件，選擇“已有文件”並通過“瀏覽”按鈕選擇文件。表格會顯示所選列表的內容更新。

可以使用表格及右邊的工具按鈕添加、刪除和編輯期刊條目。你需要為每個條目提供期刊全名和ISO縮寫（如
"Aquacultural Engineering" 和 "Aquacult. Eng."）。要編輯期刊條目，雙擊其所在的表格行。

如果你選擇了文件，而且表格中至少有一條期刊條目，單擊OK就可以把表格的內容存到文件中，JabRef的期刊列表也會更新。

外部期刊列表

除了個性化的刊名列表，你還可以鏈接一些外部的（刊名）列表。在“管理期刊縮寫”窗口的底部設置這些鏈接。外部的列表和個性化列表相似，唯一的差別是JabRef沒有為外部列表提供編輯界面。

如果需要再添加一個新的外部列表，點擊“+”號可以在操作界面上添加一個槽。然後使用槽邊的“瀏覽”或“下載”按鈕。

“瀏覽”按鈕可以選擇計算機上已經存在的文件。
“下載”按鈕允許你輸入URL通過網絡下載刊名列表並保存到你的計算機中，同時將它與JabRef建立鏈接。默認提供刊名列表的網址是JabRef的網頁。這個列表還不完整，將來還會改善。

如果你的個性化刊名列表和外部列表中的某些條目有相同的期刊全名，那麽，（對於這些期刊條目來說）起作用的是你的個性化刊名列表。類似地，外部列表的優先級是按照他們排列順序確定。

5、查找和整理題錄

文獻題錄分組管理（Groups）

（文獻題錄）組，可以對BibTex數據庫以樹狀形式進行結構化，這種方式有些像磁盤上的目錄和子目錄（文件夾和子文件夾）。但這兩者的主要區別是：

一個文件只能位於一個目錄內，而一條文獻題錄可以被一個以上的“組”包含。

可以用特定的規則動態的定義“組”的內容。新的題錄如果符合這些規則，他們將自動的被納入到這些組當中。這個特性在普通的文件系統裏面是沒有的，但一些Email客戶端可以提供（如Thunderbird and Opera）

選擇一個組就可以顯示包含在組內的文獻題錄。根據當前設置的不同，選擇多個組可以顯示這些組包含文獻的合集或交集。下面的內容將詳細介紹這些。

組的定義是針對特定數據庫的；它們保存在.bib文件的@COMMENT塊中供所有的用戶共享。（將來的JabRef版本有可能支持依賴於用戶的分組。）

界面

分組界面位於屏幕左邊的側面板。按CTRL-SHIFT-G或者工具欄上的分組按鈕可以打開或關閉該面板。界面上有幾個按鈕，但是多數功能都可以通過上下文菜單（即“右鍵菜單”）實現。支持鼠標拖拽操作。

速成例子。你可能需要... ...

1. 簡單的建立一個新組並給它指定幾條題錄

首先確保分組界面可見。按下“新分組”按鈕，鍵入名字，其他的都使用默認設置，然後按OK。現在選擇需要分配到該分組的文獻題錄，用鼠標拖拽到該分組上（即左邊分組面板上的組名字），或者使用右鍵菜單中的“添加”選項。最後，選擇分組（即用鼠標點組名字）查看組內容（顯示的應該你剛才分配的文獻題錄）。

2. 使用關鍵詞對題錄進行分組

確保分組界面可見。按下“新分組”按鈕，鍵入名字，選擇“在域內搜索關鍵詞進行動態分組”選項（Dynamically group entries by searching a field for a keyword）。鍵入要搜索的關鍵詞並點擊OK。最後，點擊組名查看它的內容，它應該是含有你指定關鍵詞的所有題錄。

3.使用自由格式的搜索表達式定義一個組

確保分組界面可見。按下“新分組”按鈕，鍵入名字，選擇“通過自由格式搜索表達式進行動態分組”選項（Dynamically group entries by a free-form search expression）。鍵入author=smith作為一個搜索表達式（把作者名換成你真正要找的名字）並點擊OK.最後，點擊組名查看它的內容，它應該是作者域內含有你指定名字的題錄。

4. 合並多個組

建立兩個不同的組（如上所述）。點擊“設置”按鈕，把“並集”（Union)選上。現在把兩個組都選上。你應該能看到兩個組中包含的所有題錄。點擊“設置”按鈕，選擇“交集”（Intersection）。現在你應該只能看到那些在兩個組中都包含有的題錄（也可能什麽都沒有，或者跟前面並集的結果完全一樣--如果兩個組包含同樣的題錄）。

5. 鑒別重疊的組

JabRef能讓你輕易的就能分辨出哪些組和當前選擇的組有重疊（即：至少有一條題錄包含在當前選擇的組中）。點擊“設置”按鈕，激活“高亮顯示重疊組”（highlight overlapping groups）。選擇一個組，如果這個組和其他的組有重疊，這些重疊的組會被高亮顯示（默認顯示為紅色）。

組的類型

在JabRef中有四種不同類型的組：

1. “所有題錄”組。就像它的名字表示的一樣，包含了所有的題錄。它總是存在並且不能編輯和刪除。

2. 靜態組：靜態組表現和磁盤上的目錄類似，僅僅包含你明確為它們指定的題錄。

3. 基於關鍵詞搜索的動態組： 包含的題錄是在特定BibTeX域（如：關鍵詞）含有特定詞（如：electrical）的那些題錄。這種方法無需手動指定題錄，但需要使用數據庫中已經存在的信息。如果你的數據庫中關鍵詞域中含有合適的關鍵詞，使用這種分組方法會是最佳選擇。

4. 基於自由格式搜索表達式的動態組：包含有符合特定搜索表達式的題錄。它使用的語法跟側面的搜索面板一樣。這種語法支持邏輯操作符(AND, OR, NOT)，允許指定一個或多個BibTex域進行搜索，便於使用比關鍵詞搜索彈性更大的分組定義（如：author=smith and title=electrical）。

你建立的每個組都屬於後三種類型之一。在一個組（名）上雙擊可以打開組編輯對話框，上面顯示了當前選擇/編輯組的簡短定義。

組的結構，建立和移除組

和目錄類似，組是以樹狀結構來組織的，“所有題錄”組是它的根。在組上點擊右鍵可以在樹結構上增加一個新組，這個組可以和所選的組位於同一層，也可以是所選組的子組。無論當前所選的是什麽組，用“新建組”按鈕都可以在“所有題錄”組下建立子組。而上下文菜單（右鍵菜單）可以移除組和/或子組，對子組按字母順序排序，或者把它移動到樹的其他地方。後者還可以通過鼠標拖拽功能實現，但是不能用拖拽改變子組的順序。

所有的編輯都支持“取消”和“重做”。

靜態組

靜態組中的文獻題錄只能手工指定。建立了一個靜態組以後，選擇需要為它指定的文獻題錄，使用拖拽或者題錄顯示表格中的右鍵菜單進行題錄指定。不需要設定任何選項。

這種方法要求所有的題錄都有唯一的Bibtex key。如果缺少或者有重復的BibTex key，指定的題錄可能在將來的操作中不能正確恢復。

動態組

動態組內容的定義依據是一個邏輯條件。符合這個條件的題錄才會納入到組中。這種方法使用存儲在數據庫本身中的信息，而且只要數據庫發生改變它就會動態的更新。

這裏你可以使用兩種類型的條件：

1. 查找域中的關鍵詞

這種方法將某一指定的BibTex域含有指定搜索術語（如electrical）的題錄全部納入組內。顯然，為了讓它工作，每個題錄必需有用於分組的域，而且它的內容必需準確。上面的例子會把含有electrical相關信息的所有題錄都歸到一個組內。使用作者域可以指定特定的作者來建立新的組。其他以此類推。搜索可以使用純文本或者正則表達式模式進行。如果使用前者，你可以增加或刪除分組域內的內容，實現增加/刪除題錄。但這種操作僅對關鍵詞域或者自定義域起作用，顯然你不能改變一些域內容，如作者或年份。

2. 使用自由格式的搜索表達式

跟上面的方法有些類似，但不僅僅局限於在單一的域內搜索一個關鍵詞，你可以使用搜索代碼，支持邏輯操作符 (AND, OR, NOT)，並允許進行多BibTex搜索。 例如， 搜索表達式“ keywords=regression and not keywords=linear”把和“ non-linear regression”相關的題錄聚成一個組。

在組查看面板內，動態組默認顯示為斜體。可以在偏好設置中關閉默認設置（Options -> Preferences -> Groups, box "Show dynamic groups in italics"）。

分級關聯

默認情況下，一個組的存在跟它在分組樹上的位置無關：選中的時候只有被選中組的內容會顯示。然而，尤其是使用動態分組的時候，通常通過精簡一個超級組來定義子組，即，當選中的時候，在兩個組中都存在的題錄被顯示出來。例如，使用關鍵詞distribution建立一個超級組，再用關鍵詞gauss建立一個子組對超級組進行精簡。現在選擇子組就會顯示同時符合兩個條件的題錄，即，和Gaussian distributions分布相關的題錄。

在超級組下用laplace關鍵詞再增加另外一個子組，組定義很容易就擴展了。在分組樹上，精簡組使用特殊的圖標（可以在偏好設置中關閉）。

查看組內題錄，合並多個分組

點選加亮一個組會顯示組內的文獻題錄，而且會依據設置（點擊“設置”按鈕可以進行設置）的不同將這些題錄移到列表的最上端或/並選擇它們。這些選項和普通搜索的選項相同。

如果選擇了多個分組，會根據當前設置顯示這些組內容的並集（union）或交集（intersection）。這使你很快速的合並多個條件，例如，你有一個包含了所有重要題錄的重要靜態分組，在任何其他組內同時選中這個分組，你就可以在任何組內看到這些重要題錄（需要你在設置中選擇交集）。

分組和搜索

查看組內容的同時可以對該組的題錄進行正常的查詢操作。

加亮重疊組

“設置”按鈕提供了加亮重疊組的選項。如果啟用了該功能，當選擇了一個或多個分組時，所有與當前組有至少一條共同題錄的分組都會被加亮。此功能可以快速的了解不同組之間的內容的重疊性。例如，你可以建立一個“待讀”分組放置你所有需要閱讀的文獻。現在，如果你選擇的分組裏面包含有待讀文獻，“待讀”分組就會高亮顯示。

高級功能

掌握了以上的（文獻題錄）分組概念後，下面的高級功能就很容易使用了。

自動生成動態組

點擊“自動生成分組”按鈕可以快速的生成適合你文獻數據庫的一套分組。本功能收集指定域中的所有單詞並為每個詞建立一個分組。如果你的數據庫給每條文獻都提供了合適的關鍵詞，這功能才會有用。如果你是根據“關鍵詞”域來自動產生分組，你不會浪費任何資源就得到一系列基本的分組。

你還可以指定哪些符號需要忽略，比如分隔關鍵詞用的逗號。程序會把這些符號當成詞間的分隔符，而不是詞的一部分。這一步對於合並關鍵詞很重要，如拉普拉斯分布（laplace distribution）就會被識別成一個語意單位。（不要指望使用此功能完全的去掉某些詞。如果某些分組是你不需要的，在自動生成以後再刪除它們。

（使用者註：如果你的數據庫中有很多文獻，建議不要用這方法試圖使用諸如摘要、關鍵詞進行自動分組。除非你用的是超級計算機，呵呵。）

更新組視圖

“更新”按鈕可以更新題錄顯示表以正確反映當前所選組的內容。通常這會自動完成，但極少情況下（例如進行了與組相關的“取消”/“重做”操作後）會需要手動的更新。

與latex聯立生成參考文獻

在main.tex頭中寫入

\usepackage{bibentry}
..... % 文章內容
引用文獻\cite{2012_Chatlani_p1158_1166}
...

下面兩行生成參考目錄
\bibliographystyle{ieeetr} %控制文獻顯示格式的
\bibliography{D:/selsyn_115/JabRef/pdf/NSP_paper} %保證 LaTeX 可以找到該 bib 文件

這樣，LaTeX 保證了所有用 \cite 引用到的文獻都已被列出，並且自動編號。

關於參考文獻的顯示格式、排序，及其他
前面提到參考文獻的排序問題，以及引用序號是 LaTeX 提供的 ID 還是數字的問題。
其實不止這些，參考文獻的顯示格式也是可以定制的。參考文獻以正文中引用順序排序，
還是以文獻第一作者的 last name 排序，是通過一些 bst 文件來控制的。而使用哪種 b
st 格式，可通過 bibliographystyle 命令控制。LaTeX 默認提供了這麽幾種格式，如：
plain、alpha、unsrt等。具體意義見相關文檔，這些 bst 在 texmf\bibtex\bst\base 可
被找到。
bst 控制的格式非常細致，除了上面講過的排序方式等，還有：作者名字是否用縮寫，
作者名字放在文獻的起始還是結束，文章 title 要不要大小寫（即 "Speaker Verificat
ion Using ..." 還是 "Speaker verification using "），title 用什麽區分（用不用引
號括起來，用不用斜體等），刊物名字的格式（要不要全部大寫，要不要粗體，要不要斜
體，要不要括起來），等等等等。打開 bst 文件看一下就知道，絕對是想要什麽形式，就
可以得到什麽形式。最關鍵的是，在文章定稿之後，完全可以用幾個命令重新定義參考文
獻的格式！

給個例子：采用 IEEE 給出的 bst 格式（即 ieeetr.bst），聲明：

\bibliographystyle{ieeetr}

就可以使用了。最終格式是這樣的（按正文引用順序排序）：
[4] D. A. Reynolds, "Comparison of background normalization
methods for text-independent speaker verication," in
EUROSPEECH, 1997.
JabRef中文顯示小方塊的解決:

在選項--首選項--基本設置--默認編碼裏選擇UTF-8

在選項--首選項--外觀，點擊設置表格字體，在字體一欄裏設置為SimSun，保存，重啟即可。

JabRef 文獻管理軟件簡明教程