氣泡圖是在笛卡爾座標系同加入大小的引數所形成的可以表示三個變數關係的圖例。在對基因完成GO/KEGG分析後，使用氣泡圖可以直觀的展示pathway、pvalue、count之間的關係。下面為使用R語言ggplot2包繪製氣泡圖所需的資料結構及程式碼：

由於筆者常使用read.csv讀取檔案，因此在第一列預留行名，建議實際操作時使用GOID以防止行名重複。

library(ggplot2)
pathway = read.csv("down2.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names = FALSE)  
p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))
p=p + geom_point()  
# 修稿點的大小
p=p + geom_point(aes(size=Count))
# 展示三維資料
pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))
# 設定漸變色
pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
# 繪製p氣泡圖
pr = pr+labs(color=expression(-log[10](Pvalue)),size="Count",  
                           x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
pr + theme_bw()
## 儲存圖片
ggsave("out.pdf")# 儲存為pdf格式
ggsave("out2.png",width=4,height=4)# 設定畫布大小
 

結果展示: