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各種人類資料庫--更新中

NCBI上有一個綜合各類人類資料庫的網頁:
Human Genome Resources at NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/

 

 各大瀏覽器資源:

一、臨床或者變異資料資源 ClinVar & Variation Resource:

1. ClinVar 

Information about genomic variation and its relationship to human health

2.Genetic Testing Regidtry (GTR)

Description of genetic tests, submitted by test providers

3. MedGen

Information about medical conditions with a genetic contribution

4. Genetics Home Reference

Consumer-friendly information about the effects of genetic variation on human health

5. RefSeqGene

Gene-focused genomic reference standard sequences that support reporting sequence variation

6. dbSNP

Database of small-scale sequence variations

7. dbVar

Database of genomic structural variation

8. DGV (Database of genomic variants)

提供人類染色體結構變異的概況資訊,資料庫記錄了一系列基因變異與表型相關的資訊,資料庫資訊持續更新中。

連結:http://dgv.tcga.ca/dgv/app/home

9. OMIM (Online Medelian Inheritance in Man)

線上人類孟德爾遺傳資料庫,是目前分子遺傳學中最重要的生物資訊學資料庫之一。主要為可遺傳的或遺傳性基因疾病,包括文字資訊、相關參考資訊、序列記錄、圖譜和相關其他資料庫。

連結:http://www.omim.org/

10. DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Human using Ensembl Resource)

也是目前分子遺傳學中最重要的生物資訊學資料庫之一。可通過檢索資料庫,發現一系列相關的遺傳疾病資訊,包括變異位點、臨床表型等,提高臨床診斷效能。包含了全球200多加研究中心上傳的10000例的案例資訊。

連結:https://decipher.sanger.ac.uk/index

11. Orphanet 

該資料庫為所有使用者提供罕見病和罕見病藥物資訊的開放門戶,目的在於提高罕見病的診斷和護理治療效果。

連結:http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/index.php?Ing=EN

注:其中8-11資料庫為遺傳疾病公共資料庫

12. EGA (European Genome-phenome Archive)

 

二、Assemblies & Annotations

1, Genome Reference Consortium (GRC)

Information on assembly updates and issues from the international collaboration maintaining the human reference genome accembly

2. Assembly

Human genome assemblies, organization, statistics, and meta-data

3. Genome

Summary of genome-scale human data

4. Blast Human

Align data to the human reference assembly, RefSeq, and more with BLAST

5. Gene

Aggregated information about genes and genome annotation

6. NCBI Genome Remapping Service

Remap annotation data between different coordinate systems, including different assemblies and RefSeqGenes

 

 

三、相關資源 (Related-Source)

1. GEO (Gene Expression Omnibus) 

基因表達庫, 是一個支援微陣列實驗的最小資訊相容資料提交的公共功能基因組資料儲存庫,可接受基於陣列或序列的資料。提供相關工具幫助使用者查詢和下載實驗和管理基因表達譜。

2. NCDB(National Cancer Database)

美國國家癌症資料庫,基於醫院登記資料的臨床腫瘤學資料庫,可用於分析和追蹤惡性腫瘤患者的治療過程和結局。

3. SEER(Surveillance,Epidemiology, and EndResults Program)

美國癌症統計的權威來源

4. TCGA (The Cancer Genome Atlas)

由美國國家癌症研究所(NCI)和國家人類基因組研究所(NHGRI)合作開發,目前包含33種癌症的資料,每種癌症都涉及關鍵基因組變化的全面、多維的圖譜。有2.5PB的資料,超過1.1萬多名患者的腫瘤組織及配對正常組織進行描述。

從TCGA中下載資料比較麻煩,有多個網站整理了TCGA資料,以下網址最完善可靠:

GDAC: http://gdac.broadinstitute.org/Cancer Browser: https:genome-cancer.ucsc.edu/cBioportal

5. Ensemb 

提供了一個全面的基因組資訊庫,包括基因組資料儲存、資訊整合、資料分析以及生物資訊視覺化處理等功能。

 

6.GenBank

 

7. RefSeq

Reference sequences for genomes, transcripts, proteins and more

8. Sequence Read Archive (SRA)

Human next genration sequence (NGS) transcriptome and genomic datasets

9.GEO DataSets

Curated human gene expression datasets

10. UniGene

Clustered transcripts and expression data

11. CCDS

Information on an international collaboration to consistently annotate human protein-coding genes

12. GeneReviews

An international point-of-care resource that provides clinically relevant and medically actionable information for inherited conditions.