巨集基因組理論教程7挖掘微生物組生物標記
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但不知有多少小夥伴真正仔細學習過。收藏是沒有用的，只有真正多學幾遍才有收穫。
對於英文原版教程，很多新人有看不懂，學不會的問題。巨集基因組團隊針對這套教程進了翻譯，同時結合最近的研究進展對內容進行了更新，方便廣大同行入門者學習。
教程大綱
- 簡介-定義、方法和資料庫
- 擴增子-微生物群落多樣性
- PICRUSt-16S預測功能基因
- 巨集基因組分類學-分類和分箱
- 巨集基因組功能-資料庫與通路
- 巨集轉錄組-資料、分類學和功能
- 生物標記挖掘
同時我們還分享整套最新中文教程的PPT，方便大家學習、記錄筆記和提取有用的素材。
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What bio? what mark?換資料集，群體來驗證
擴增子、基因組、轉錄組
結構域分析需要較完整 和準確 的基因序列。巨集基因組中即不完整 ，也不準確
如連續型的分組，機器學習中叫回歸；離散型叫分類。
分類已知整理判斷是否組間差異明顯PCA, PCoA；末知要從PCA/PCoA/CPCoA中判斷是否存在分類。聚類分類後進一步組間比較。
優點：更容易，速度更快；可以設計簡單的實驗，生物標記也更穩定且相關；生物標記容易驗證，因為它依賴二區分組的能力；
缺點：分類可能不能明確定義，很難發現與預定義分類一致的生物標記。
容易輕鬆實現的方法，是一個好的開始
Cd-hit選擇最長的序列作為代表序列
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