Cytoscape製作帶bar圖和pie圖節點的網路圖
採用cytoscape製作帶bar圖和pie圖節點的網路圖
作者：中科院微生物所 陳亮博士
本教程旨在告訴大家如何使用cytoscape根據Node資訊表格製作帶有barplot資訊節點的網路圖。以安裝資料夾下的樣例資料為例。
軟體安裝(裝過請跳過)
Java安裝
Cytoscape的使用需要依賴Java環境，根據不同的版本選擇相應的Java程式，Cytoscape 3.4.0使用Java8，不再支援Java6和Java7。不同作業系統選擇相應的Java版本下載安裝，詳見 https://www.java.com/zh_CN/ 。
Cytoscape安裝
Cytoscape 同樣有適用於不同操作平臺的版本，安裝方法不盡相同。所有的版本都可以從
開啟Cytoscape
本文以Cytoscape_v3.4.0為例，不同版本操作類似，略有不同請自行按思路進行修改進行。
- 開啟cytoscape並載入一個網路。
從主選單選擇 File → Import → Network → File…, 然後選擇安裝資料夾下的sampleData資料夾裡的galFiltered.sif資料並載入。
- 採用Network Analyzer產生一些節點或邊的統計量。
從主選單選擇 Tools → Network Analyzer → Network Analysis → Analyze Network…, 最後點選 OK。計算結果將以常規表格的形式展示在結果部分。此部分也可以根據自己需要匯入Node資訊表格。
- 製作一個新的Style。
選左側擇控制面板（Control Panel）部分的Style選項卡。點選 Options 按鈕（左上方一個下三角形按扭），並選擇Create New Style，然後填寫一個名字作為你自己的新的style。如style1
- 顯示
Image/Chart 1選項
檢視Properties面板下是否存在Image/Chart 1 選項，如果沒有，可以通過Properties下拉選項來新增，步驟為Properties → Paint → Custom Paint 1 → Image/Chart 1。
- 單擊 Image/Chart 1 選項處預設格子以開啟Graphics 會話視窗。
- 單擊Chart選項，並確認Bar chart選項已經被選擇。若想製作pie圖，此處選擇pie chart選項。
- 現在你可以根據自己需要來選擇Node table中要展示的資料了。Available Columns視窗展示了所有可以用於作圖的資料。
首先單擊Remove All 按鈕移除當前所有被選擇的列（預設情況下，cytoscape會選擇Available Columns的第一列）。
然後從Available Columns選擇所有的Betweennesscentrality、ClosenessCentrality性質和ClusteringCoefficient列，並單擊新增按鈕，資料將被新增到右側的選擇列視窗。
- 點選右下角的Apply應用按鈕，被選擇的資料將以bar plot的形式展示在節點上。
- 修改結點顏色和形狀
從圖上可以看出圓形的節點並不適合展示bar plot圖，因此我們可以將節點的形狀改為正方形，填充顏色改為白色。方法為左側屬性中的Fill Color和Shape選項，最左邊的按扭進行點選修改。
- 檢視結點
單擊選擇一個節點，選中時為黃色高亮。並選擇上面工具欄中Zoom selected region放大檢視細節（點選旁邊的Zoom out挖扭退回檢視完整網路），也可以根據節點名字從右上方的搜尋框搜尋感興趣的節點。
- 根據自己需要改變一些預設引數
再次單擊 Image/Chart 1 選項處預設格子以開啟Graphics 會話視窗。選擇左下方的 Options按鈕，然後可以根據自己需求設定顏色、標籤、展示或者隱藏座標軸、改變線寬和增加bar之間的距離。選擇Show Domain Axis 和 Show Range Axis選項並在此點選應用，我們可以看到bar plot增加了x軸和y軸。
- 修改美化bar圖標籤
此時我們看到bar預設的label在圖上顯示出來並不好看，實際上我們可以根據自己需要來改變此標籤。
在Table面板(網路圖下方)處，我們點選加號，選擇 New List Column → String，並命名為domain_labels。在新增加列(託到下方滾動條至最右端)的任意單元格雙擊進入編輯模式，然後鍵入[“Bet. Cent.”,”Closen. Cent”,”Clust. Coeff.”,”Topol. Coeff.”]，然後右擊相同的單元格，選擇Apply to entire column。
再次開啟bar plot編輯面板，選擇Options按鈕，在Domain Labels Column 下拉框中選擇 “domain_labels”列，在Domain Labels Position下拉框中選擇UP 45度，然後應用。結果如下圖所示。
參考文獻
http://manual.cytoscape.org/en/stable/Styles.html
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