根據bed檔案重fasta檔案中獲取基因序列

阿新 • • 發佈：2018-11-20

第一次寫部落格，分享一個做的提取基因序列的程式，根據bed檔案裡的位置資訊從基因組裡提取序列

原始碼地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py

bed檔案通常用來儲存註釋基因資訊，BED檔案必須的3列:

chrom - 染色體號
chromStart - feature在染色體上起始位置（其實編號為0）
chromEnd - feature在染色體上末尾位置（不包括此編號）

　　第四列是基因的名稱

　　還有些列想了解參考:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

程式依賴 pyfasta模組（https://pypi.org/project/pyfasta/）

安裝pyfasta的命令：pip install pyfasta

根據bed檔案重fasta檔案中獲取基因序列

第一次寫部落格，分享一個做的提取基因序列的程式，根據bed檔案裡的位置資訊從基因組裡提取序列原始碼地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed檔案通常用來儲存註釋基因資訊，BED檔案必須的3列:

VS中獲取CPU序列號

//獲取CPU序列號char szCPUID[100];char szTmp[100];unsigned long s1 = 0, s2=0;int i=0;FILE* wF = NULL;__asm{mov eax, 01hxor edx, edxcpuidmov s1,

[原始碼和文件分享]根據PE檔案格式從匯入表中獲取載入的DLL並遍歷匯入函式名稱和地址

背景瞭解 PE 檔案格式，對於做一些資料分析都是比較重要的基礎。在 PE 檔案格式中，理解匯入表以及匯出表的工作原理，又是重中之重。理解了 PE 格式的匯入表，就可以修改 PE 格式進行 DLL 注入，也可以修改匯入表實現 API HOOK 等。理解了 PE 格式的匯出表，可以不需要 WIN3

[原始碼和文件分享]根據PE檔案格式從匯出表中獲取指定匯出函式的地址

python獲取一個目錄下的檔案以及子檔案中的檔案

Python獲取資料夾下的檔案和子資料夾這裡使用os.walk函式關於函式該函式的介紹如下 os.walk(top, topdown=Ture, onerror=None, followlinks=False) 引數： top – 根目錄下的每一個資料夾(包含它自

從資料夾中獲取指定檔案的檔名

從資料夾中獲取指定檔案的檔名有時候我們需要從資料夾中判斷一個指定的檔案是否存在，如果存在就返回檔名+字尾名，不存在返回空。前臺可以根據此判斷選擇性的進行圖片的展示情況。前臺請求獲取響應的檔名 1.配置檔案內：配置路徑資訊 #圖片儲存路徑本地磁碟C 下面的"XX資料夾"

C# 選擇檔案、選擇資料夾、開啟檔案（或者資料夾）路徑中獲取檔案全路徑、目錄、副檔名、檔名稱追加、拷貝、刪除、移動檔案、建立目錄修改檔名、資料夾名！！

https://www.cnblogs.com/zhlziliaoku/p/5241097.html 1、選擇檔案用OpenDialog OpenFileDialog dialog = new OpenFileDialog(); dialog.Multiselect = true;/

python實現根據序列ID從提取fasta檔案序列

當序列少的時候，我習慣用 grep -A 1 -f seq.lst seq.fas | sed ‘/^–$/d’ > out.fas提取，但是這次遇到了一個大檔案，用grep就太費時了，然後又試了一下TBtools的提取序列功能，發現時間也很長，所以就寫了個python。提取將

Linux命令根據某一列對檔案內容去重

大家可能經常遇到檔案內容排序去重處理的事情，使用 linux 命令可以很方便的處理，sort 命令在處理檔案排序和去重中起著非常重要的左右，是檔案處理的利器。比如有以下檔案內容： pythontab.com 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Servlet(ServletContext配置全域性引數、ServletContext方法、屬性檔案中獲取資料庫連線引數)

通過ServletContext物件獲取資料庫全域性配置在web.xml中的連線引數的值配置檔案web.xml中的程式碼  <context-param> <param-name>

Umbraco 中獲取一個media item的檔案路徑 file path

我們要使用UmbracoHelper, 這裡就需要用到我們在之前的blog裡面寫的UmbracoContext 參看這個blog https://www.cnblogs.com/wphl-27/p/9927044.html public clas

獲取指定目錄下，指定副檔名的檔案（包含子目錄中的），把這些檔案的絕對路徑寫入到一個文字檔案中。

題目：獲取指定目錄下，指定副檔名的檔案（包含子目錄中的），把這些檔案的絕對路徑寫入到一個文字檔案中。思路： 1.必須深度遍歷 2.要在遍歷的過程中進行過濾，將符合條件的內容儲存到容器中 3.對容器中的內容進行遍歷並將絕對路徑寫入到檔案中程式碼： import java.io

JAVA中建立HTTP通訊，從伺服器上獲取HTML程式碼，通過HTTP請求來下載圖片或其他二進位制檔案的程式，下載結果要按下載到的檔案型別進行存檔中。

通過HTTP請求來下載圖片或其他二進位制檔案的程式，下載結果要按下載到的檔案型別進行存檔將程式碼從伺服器的中獲取下來的程式碼，在我之前已經講過了這裡寫連結內容這裡我們就直接將原始碼稍加改動，加入一個檔案並請將builder 寫入即可。 import

MapReducer中獲取輸入檔案路徑

正常情況：在社群版的hadoop版本0.19/0.20中，當使用普通的輸入的時候，比如： job.setInputFormatClass(TextInputFormat.class); 在mappe

mapper.xml檔案中獲取最新插入資料的主鍵

在開發過程中，我們常常用到在插入資料時，需要得到剛插入的資料的主鍵，MySQL中有以下做法： 1、推薦使用 <insert id="addVehicleParam" parameterType="com.corp.dto.VehicleParamAddDt

根據URL網路地址伺服器檔案獲取檔案的MD5，簡單

由於公司需要校驗上傳的檔案是否有修改，本來是用檔案的最後一次修改時間確定的，不過怎麼獲取url內檔案的方式沒有用心去找，客戶端那邊也不使用這種了，改為使用讀取檔案的MD5，網上搜羅了一下，最後總結為以下程式碼，正常使用，不足的地方請指點。 path是url，http之類的。匯入的包都

XML檔案遍歷實現中的下一節點獲取函式--近似深度優先

void CAupClass::AstNextNode(TiXmlNode *Cat) { if(NULL!=Cat->FirstChildElement()&&(beHindNode==Cat->PreviousSiblin

Java從檔案路徑中獲取檔名的幾種方法

Java從檔案路徑中獲取檔名的幾種方法舉例：String fName =” G:\Java_Source\navigation_tigra_menu\demo1\img\lev1_arrow.gif ” 方法一： ? View Code

註冊登陸（從檔案中獲取使用者名稱密碼）

註冊(regedit.py) # -*- coding: utf-8 -*- #__author__:Selid #__date__:2018/12/21 name=input('請輸入使用者名稱').strip() pwd=input('請輸入密碼').strip() with open('acc

Shell中的檔案重定向

重定向指的是改變程式執行的輸入來源和輸出地點。重定向標準輸出 cat file | sort 1 > sort.out cat file | sort >sort.out #這兩個命令等同 pwd >> path.o

根據bed檔案重fasta檔案中獲取基因序列

相關推薦