NGS【1.1.2】測序質量值(Q20 & Q30)
引言
高通量測序每測完一個鹼基,會給出一個相應的測序質量值,用於衡量測序儀的準確度。測序錯誤率是在鹼基識別過程中通過一種判斷髮生錯誤概率的數學模型計算得到的,再根據測序錯誤率與鹼基的測序質量值之間的轉化關係,最終得到測序質量值。
公式
假定鹼基的測序錯誤率為:Perror
質量值為:Qphred (Phred quality score)
公式為:Qphred = -log10Perror
即:質量值是測序錯誤率的對數(10為底數)乘以-10(並取整)
Q20:鹼基的測序錯誤率為1/100
Q30:鹼基的測序錯誤率為1/1000
Q20和Q30的比例常常被我們用來評價某次測序結果的好壞,比例越高就越好
最好是達到Q20的鹼基要在95%以上(最差不低於90%),Q30要求大於85%(最差也不要低於80%)。
相關推薦
NGS【1.1.2】測序質量值(Q20 & Q30)
引言 高通量測序每測完一個鹼基,會給出一個相應的測序質量值,用於衡量測序儀的準確度。測序錯誤率是在鹼基識別過程中通過一種判斷髮生錯誤概率的數學模型計算得到的,再根據測序錯誤率與鹼基的測序質量值之間的轉化關係,最終得到測序質量值。 公式 假定鹼基的測序錯誤率為:Perror
NGS【1.1.2】測序質量值(Q20 & Q30)
引言 高通量測序每測完一個鹼基,會給出一個相應的測序質量值,用於衡量測序儀的準確度。測序錯誤率是在鹼基識別過程中通過一種判斷髮生錯誤概率的數學模型計算得到的,再根據測序錯誤率與鹼基的測序質量值之間的轉化關係,最終得到測序質量值。 公式 假定鹼基的測序錯誤率為:P
【Codeforces Round #524(Div. 2)】Olya and magical square(思維+數學推導)
題目連結 D. Olya and magical square time limit per test 1 second memory limit per test 256 megabytes input standard input output standar
【視覺-攝像機2】opencv 呼叫工業攝像機(GigE介面詳細說明)
網路攝像機的使用 開發環境為win7+VS2010+opencv (主要是作業系統windows,Linux還沒嘗試) 基於Basler_acA1300-30gc 攝像機為例 1 安裝攝像機
【小家Spring】藉助Springfox整合Swagger(API介面神器)和SpringBoot
背景 隨著網際網路技術的發展,現在的網站架構基本都由原來的後端渲染,變成了:前端渲染、先後端分離的形態,而且前端技術和後端技術在各自的道路上越走越遠。 前端和後端的唯一聯絡,變成了API介面;API文件變成了前後端開發人員聯絡的紐帶,變得越來越重要,swagger就是一款讓你更好
【洛谷1580】yyy loves Easter_Egg I(字串處理題)
點此看題面 大致題意: 略。(一道模擬題,自己去看題面吧) 幾個字元陣列函式 純粹是一道字串處理題,就當是學了一下各種與字元陣列相關的函式吧! \(gets()\):這個是比較常用的函式,就是讀入一行的字元。 \(strlen()\):求出字元陣列的長度。 \(sscanf()\):從一個字元
【劍指offer】重建二叉樹(含測試函式)
根據前序遍歷和中序遍歷,利用遞迴的思想實現重建二叉樹,並輸出後序遍歷 程式碼如下: /** * Created by Administrator on 2018/11/28. */ class TreeNode{//建立類 int val; TreeNode left
【資料集使用】3D Mask Attack Dataset(3DMAD資料集)---raw_to_AVI.py指令碼的使用
【編輯時間】2018.09.17 【資料集使用】3D Mask Attack Dataset(3DMAD資料集)---raw_to_AVI.py指令碼的使用 概述 3DMAD資料集中的資料是.hdf5格式的,可以使用資料庫中的raw_to_AVI.py指令碼將其轉換
【洛谷2216】[HAOI2007] 理想的正方形(二維RMQ)
點此看題面 大致題意: 求出一個矩陣中所有n∗nn*nn∗n正方形中極差的最小值。 另一種做法 聽說這題可以用單調佇列去做,但是我寫了一個二維RMQRMQRMQ。 二維RMQRMQRMQ RMQRM
【牛客 - 297D】little w and Exchange(上下界貪心)
題幹: 旅行到K國的小w發現K國有著很多物美價廉的商品,他想要買一些商品。 結果一掏錢包,包裡只剩下n張K國的紙幣了,說起來也奇怪,K國紙幣並不像其他國家一樣都是1元,5元,10元…而是各種奇怪的面值,所以找零就不是很方便。 已知商店裡的商品價格都是小於等於m的正整數,如果有可能存在
【洛谷5113】Sabbat of the witch(毒瘤分塊)
點此看題面 大致題意: 給你一個序列,要你支援三種操作:區間賦值,區間求和,撤回之前任一區間賦值操作。 分塊 這道題應該是一道十分毒瘤的分塊題。 這道題要用到的演算法並不是很難,但是思維難度是真的高。 大致思路就是對於每一個塊維護一大堆資訊,各用一個棧儲存對每個塊的賦值操作,並開一個鄰接表來儲存
【Android Hybrid App】Cordova 之掃碼(二維碼)功能
【Android Hybrid App】Cordova 之掃碼(二維碼)功能 一、基於Cordova 外掛實現(未安裝成功) 外掛:cordova-plugin-barcodescanner 1.1 cordova-plugin-barcodescanner 外掛
【SSM-MyBatis框架】Mapper.xml配置檔案(mybatis的核心)
Mapper.xml對映檔案中定義了操作資料庫的sql,每一個sql是一個statement,對映檔案是myBatis的核心。 1.輸入對映(ParameterType) 通過parameterType指定輸入引數的型別,型別可以是簡單型別,pojo,包裝型
UOJ#428. 【集訓隊作業2018】普通的計數題(牛頓迭代)
傳送門 題解: 把0操作看做是葉子,1操作看做非葉節點,一個操作在另一個操作刪除,則另一個操作為這個操作的父親,於是轉化成了滿足以下條件的nnn個點的樹的計數: 1.父親標號>兒子。 2.若一個點為非葉節點,記其兒子中葉子節點的數量為TTT,則若其兒子中有
【劍指offer】面試題50:(字元流中)第一個只出現一次的字元【C++版本】
題目:字串中第一個只出現一次的字元。 在字串中找出第一個只出現一次的字元。如輸入"abaccdeff" "abaccdeff",則輸出′ b ′ ′b′。 解題思路: 1.使用雜湊表來記錄每個字元出現的次數,因為字元char char為8位,
【洛谷1361】 小M的作物(最小割)
ini main 每一個 題目 lse 貢獻 sum 代碼 mem 傳送門 洛谷 Solution 這是一個比較實用的套路,很多題目都有用,而且這個套路難以口胡出來。 考慮把每一個附加貢獻重新建一個點,然後向必需的點連邊,流量為val。 然後直接種植的從源點向這個點連,流量
HDU 1089.Ignatius's puzzle【數學題】【2016年1月2】
Ignatius's puzzle Problem Description Ignatius is poor at math,he falls across a puzzle problem,so he has no choice but to appeal to Edd
【TP5.1】樹狀導航欄(無極限分類)
author:咔咔 wechat:fangkangfk 業務場景: 使用無限極分類來做 我們還是需要將資料查出來 然後使用我們的單元測試看一下資料 很明顯這不是我們需要的資料結構 下來們需要引入一
【django+xadmin實戰】0131筆記——使用者模組(1)
一、 1.index介面的配置, 在url檔案下面配置:from django.views.generic import TemplateView,url('^$', TemplateView.as_view(template_name='index.html'),
【spark 學習筆記】Spark學習筆記精華(1)
好記性不如爛筆頭,順便就開始用手機練習打字了,也分享給感興趣的朋友學習下。 1.take可以檢視RDD中前面幾個元素,而且代價很小。 rdd.take(5) 2.可以用takeSample對資料