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NGS【1.1.2】測序質量值(Q20 & Q30)

引言

高通量測序每測完一個鹼基,會給出一個相應的測序質量值,用於衡量測序儀的準確度。測序錯誤率是在鹼基識別過程中通過一種判斷髮生錯誤概率的數學模型計算得到的,再根據測序錯誤率與鹼基的測序質量值之間的轉化關係,最終得到測序質量值。

公式

假定鹼基的測序錯誤率為:Perror

質量值為:Qphred (Phred quality score)

公式為:Qphred = -log10Perror

即:質量值是測序錯誤率的對數(10為底數)乘以-10(並取整)

Q20:鹼基的測序錯誤率為1/100

Q30:鹼基的測序錯誤率為1/1000

Q20和Q30的比例常常被我們用來評價某次測序結果的好壞,比例越高就越好

最好是達到Q20的鹼基要在95%以上(最差不低於90%),Q30要求大於85%(最差也不要低於80%)。