由於要做無參轉錄組分析，所以就要使用trinity來做reads的拼接。
但是自己安裝trinity時遇見了一堆問題，最終一一解決，解決方案分享在下面。

最開始我去github看Trinity的wiki，它給出直接編譯的方案來安裝trinity，但是很不幸，我使用cmake的時候，系統報錯缺cmake,而且我沒有root許可權裝很麻煩，所以我就換了一個方法，用conda裝。

conda install trinity

我用conda裝好之後，以為就可以好好使用了，但是。。。呼叫的時候出現了挺多的錯誤

出現的第一個錯誤 samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5

這個錯誤明顯是samtools的問題，於是我看了一下現在用的samtools的版本是1.9 ，其中還有一個錯誤提示是讓我用samtools的1.3 version，於是，我用conda把samtools版本降到了1.3

conda install samtools=1.3

降了版本之後再呼叫trinity 就沒出現samtools的報錯問題了

雖然這個問題解決了，但是當我重新呼叫trinity的時候，又出現了下面這個問題

出現的第二個錯誤 ERROR: couldn’t run the network check to confirm latest Trinity software ver

我的解決方法是，在命令中加入一個 --no_version_check
就像這樣：

/home/miniconda3/bin/Trinity --seqType fq --no_salmon --max_memory 150G --no_version_check \
         --left f5_R1.fq.gz \
          --right f5_R2.fq.gz \
          --CPU 12 \
          --output /home/zhaoll/zhangbin/chuli_data/trinity_out_dir

於是這個錯誤成功解決了。

但是很不幸，我繼續執行trinity 又出現了這個錯誤：

出現的第三個錯誤 Error, cannot locate file: at miniconda3/bin/Trinity

為什麼無法定位呢？？
查了一下資料，biostar上的這位仁兄給出的解決方案是用conda建立一個環境，在新建的環境裡面安裝trinity
（https://www.biostars.org/p/340588/）

於是我就這樣做：

conda create -n trinity
source activate trinity
conda install -c bioconda trinity

新建環境之後，我重新呼叫trinity，就正常執行啦

/home/miniconda3/envs/trinity/bin/Trinity --seqType fq --no_salmon --max_memory 150G --no_version_check \
         --left f5_R1.fq.gz \
          --right f5_R2.fq.gz \
          --CPU 12 \
          --output /home/zhaoll/zhangbin/chuli_data/trinity_out_dir