4種R包安裝方式

第一種方式，當然是R自帶的函式直接安裝包了，這個是最簡單的，而且不需要考慮各種包之間的依賴關係。

對普通的R包，直接install.packages()即可，一般下載不了都是包的名字打錯了，或者是R的版本不夠，如果下載了安裝不了，一般是依賴包沒弄好，或者你的電腦缺少一些庫檔案，如果實在是找不到或者下載慢，一般就用repos=來切換一些映象。

對於bioconductor的包，我們一般是

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安裝BiocInstaller

#options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切換映象
biocLite("ggbio")

或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已經安裝好了BiocInstaller

某些時候你還需要解除安裝remove.packages("BiocInstaller") 然後安裝新的

第二種方式，是直接找到包的下載地址，需要進入包的主頁

packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/gridExtra/gridExtra_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
#packageurl <- "http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/ggbio_1.6.6.tar.gz"
#packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

這樣安裝的就不需要選擇映象了，也跨越了安裝器的版本！

第三種是，先把包下載到本地，然後安裝：

download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")
##也可以選擇用瀏覽器下載這個包
install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
## 如果你用的RStudio這樣的IDE，那麼直接用滑鼠就可以操作了
或者用choose.files()來手動互動的選擇你把下載的原始碼BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪裡。

這種形式大部分安裝都無法成功，因為R包之間的依賴性很強！

第四種是：命令列版本安裝

如果是linux版本，命令列從網上自動下載包如下：
sudo su - -c \
"R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
如果是linux，命令列安裝本地包，在shell的終端
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
window或者mac平臺一般不推薦命令列格式，視覺化那麼舒心，何必自討苦吃