關鍵詞：awk

awk是生信人必須要掌握的命令列工具。為啥？因為它太強大了。我們舉一個例子來說明。

假設我們有一個1000萬行的檔案，大概長這樣：

怎麼求第四列的平均數呢？

Python版本 我們可以用幾行Python程式碼解決，比如這樣：

其耗時：

R版本 用R來做計算也是很適合的，比如像這樣：

其耗時：

awk版本 awk用一行程式碼就可以解決問題，像這樣（注意耗時）：

至此，我們可以看出，awk程式碼簡單，但是效能卻不差！在同樣的機器上處理同樣的檔案，awk的執行時間是Python的一半左右，是R的大概十分之一。可以說，awk已經非常快了！

C版本 都說C快，讓我們看看到底有多快。程式碼如下：

其耗時：

可以看出，C的版本也僅比awk的稍快一點點。但是，C的程式碼複雜多了！由此，我們可以粗略比較出awk是一個非常完美的文字處理工具！

如果有任何問題，歡迎交流！

（公眾號：生信了）