Linux目錄和Windows目錄有著很大的不同，Linux目錄類似一個樹，最頂層是其根目錄，如下圖：
/bin 二進位制可執行命令
/dev 裝置特殊檔案
/etc 系統管理和配置檔案
/etc/rc.d 啟動的配置檔案和指令碼
/home 使用者主目錄的基點，比如使用者user的主目錄就是/home/user，可以用~user表示
/lib 標準程式設計庫，又叫動態連結共享庫，作用類似windows裡的.dll檔案
/sbin 超級管理命令，這裡存放的是系統管理員使用的管理程式
/tmp 公共的臨時檔案儲存點
/root 系統管理員的主目錄
/mnt 系統提供這個目錄是讓使用者臨時掛載其他的檔案系統
/lost+found這個目錄平時是空的，系統非正常關機而留下“無家可歸”的檔案（windows下叫什麼.chk）就在這裡
/proc 虛擬的目錄，是系統記憶體的對映。可直接訪問這個目錄來獲取系統資訊。
/var 某些大檔案的溢位區，比方說各種服務的日誌檔案
/usr 最龐大的目錄，要用到的應用程式和檔案幾乎都在這個目錄，其中包含：
/usr/x11R6 存放x window的目錄
/usr/bin 眾多的應用程式
/usr/sbin 超級使用者的一些管理程式
/usr/doc linux文件
/usr/include linux下開發和編譯應用程式所需要的標頭檔案
/usr/lib 常用的動態連結庫和軟體包的配置檔案
/usr/man 幫助文件
/usr/src 原始碼，linux核心的原始碼就放在/usr/src/linux裡
/usr/local/bin 本地增加的命令
/usr/local/lib 本地增加的庫根檔案系統

1. /bin目錄
        / bin目錄包含了引導啟動所需的命令或普通使用者可能用的命令(可能在引導啟動後)。這些命令都是二進位制檔案的可執行程式( b i n是b i n a r y - -二進位制的簡稱)，多是系統中重要的系統檔案。
2. /sbin目錄
        /sbin目錄類似/bin ，也用於儲存二進位制檔案。因為其中的大部分檔案多是系統管理員使用的基本的系統程式，所以雖然普通使用者必要且允許時可以使用，但一般不給普通使用者使用。
3. /etc目錄
       /etc目錄存放著各種系統配置檔案，其中包括了使用者資訊檔案/ e t c / p a s s w d，系統初始化檔案/ e t c / r c等。l i n u x正是*這些檔案才得以正常地執行。
4. /root目錄
		/root 目錄是超級使用者的目錄。
5. /lib目錄
		/lib目錄是根檔案系統上的程式所需的共享庫，存放了根檔案系統程式執行所需的共享檔案。這些檔案包含了可被許多程式共享的程式碼，以避免每個程式都包含有相同的子程式的副本，故可以使得可執行檔案變得更小，節省空間。
6. /lib/modules 目錄
		/lib/modules 目錄包含系統核心可載入各種模組，尤其是那些在恢復損壞的系統時重新引導系統所需的模組(例如網路和檔案系統驅動)。
7. /dev目錄
		/dev目錄存放了裝置檔案，即裝置驅動程式，使用者通過這些檔案訪問外部裝置。比如，使用者可以通過訪問/ d e v / m o u s e來訪問滑鼠的輸入，就像訪問其他檔案一樣。
8. /tmp目錄
		/tmp 目錄存放程式在執行時產生的資訊和資料。但在引導啟動後，執行的程式最好使用/ v a r / t m p來代替/tmp ，因為前者可能擁有一個更大的磁碟空間。
9. /boot目錄
		/boot目錄存放引導載入器(bootstrap loader)使用的檔案，如l i lo，核心映像也經常放在這裡，而不是放在根目錄中。但是如果有許多核心映像，這個目錄就可能變得很大，這時使用單獨的檔案系統會更好一些。還有一點要注意的是，要確保核心映像必須在i d e硬碟的前1 0 2 4柱面內。
10. /mnt目錄
		/mnt目錄是系統管理員臨時安裝( m o u n t )檔案系統的安裝點。程式並不自動支援安裝到/mnt 。/mnt 下面可以分為許多子目錄，例如/mnt/dosa 可能是使用m s d o s檔案系統的軟碟機，而/mnt/exta 可能是使用e x t 2檔案系統的軟碟機，/mnt/cdrom 光碟機等等。
11. /proc, /usr,/var,/home目錄
		其他檔案系統的安裝點。

下面詳細介紹；
/etc檔案系統
/etc 目錄包含各種系統配置檔案，下面說明其中的一些。其他的你應該知道它們屬於哪個程式，並閱讀該程式的m a n頁。許多網路配置檔案也在/etc 中。

1. /etc/rc或/etc/rc.d或/etc/rc?.d
   啟動、或改變執行級時執行的指令碼或指令碼的目錄。
2. /etc/passwd
   使用者資料庫，其中的域給出了使用者名稱、真實姓名、使用者起始目錄、加密口令和使用者的其他資訊。
3. /etc/fdprm
   軟盤引數表，用以說明不同的軟盤格式。可用setfdprm 進行設定。
4. /etc/fstab
   指定啟動時需要自動安裝的檔案系統列表。也包括用swapon -a啟用的swap區的資訊。
5. /etc/group
   類似/etc/passwd ，但說明的不是使用者資訊而是組的資訊。包括組的各種資料。
6. /etc/inittab
   init 的配置檔案。
7. /etc/issue
   包括使用者在登入提示符前的輸出資訊。通常包括系統的一段短說明或歡迎資訊。具體內容由系統管理員確定。
8. /etc/magic
   “f i l e”的配置檔案。包含不同檔案格式的說明，“f i l e”基於它猜測檔案型別。
9. /etc/motd
   m o t d是message of the day的縮寫，使用者成功登入後自動輸出。內容由系統管理員確定。常用於通告資訊，如計劃關機時間的警告等。
10. /etc/mtab
    當前安裝的檔案系統列表。由指令碼初始化，並由mount 命令自動更新。當需要一個當前安裝的檔案系統的列表時使用(例如df 命令)。
11. /etc/shadow
    在安裝了影子口令軟體的系統上的影子口令檔案。影子口令檔案將/etc/passwd檔案中的加密口令移動到/etc /shadow中，而後者只對超級使用者可讀。這使破譯口令更困難，以此增加系統的安全性。
12. /etc/login.defs
    l o g i n命令的配置檔案。
13. /etc/printcap
    類似/etc/termcap ，但針對印表機。語法不同。
14. /etc/profile 、/etc/csh.login、/etc/csh.cshrc
    登入或啟動時bourne或c shells執行的檔案。這允許系統管理員為所有使用者建立全域性預設環境。
15. /etc/securetty
    確認安全終端，即哪個終端允許超級使用者登入。一般只列出虛擬控制檯，這樣就不可能(至少很困難)通過調變解調器(或網路闖入系統並得到超級使用者特權。
16. /etc/shells
    列出可以使用的shell。chsh 命令允許使用者在本檔案指定範圍內改變登入的shell。提供一臺機器f t p服務的服務程序ftpd 檢查使用者shell是否列在/etc/shells 檔案中，如果不是，將不允許該使用者登入。
17. /etc/termcap
    終端效能資料庫。說明不同的終端用什麼“轉義序列”控制。寫程式時不直接輸出轉義序列(這樣只能工作於特定品牌的終端)，而是從/etc/termcap 中查詢要做的工作的正確序列。
    這樣，多數的程式可以在多數終端上執行。