PyMOL簡介

PyMOL是一款生物大分子三維結構顯示軟體，其中“Py”是指此軟體使用Python語言編寫，“MOL”是指Molecule。

PyMOL官網是http://www.PyMOL.org/，發展歷史和軟體更新動態可在此查詢。

PyMOL的學習網站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此網站是必上網站，其實這一個也就夠了。

硬體環境

CentOS 7（64位）系統中安裝Pymol1.8.6

安裝依賴包

yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel
 

安裝過程遇到錯誤，發現是缺少下面的依賴

yum install msgpack-devel

獲取安裝包

cd /download
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol

建立一個指令碼檔案，把下面的程式碼放進去，把指令碼檔案放入pymol資料夾，執行該指令碼。

#!/bin/bash -e

prefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules

# If you want to install as root, then split this line up in "build"
# and "install" and run the "install" with "sudo"
python2.7 setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix
 

/opt/pymol-svn/pymol

sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

Pymol執行效果展示

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