生物資訊上的東西，由於發展的時間不長，所以各種標準都不算是廣泛傳播。
尤其是檔案格式之類的，中文版的資料很少，不少英文版的說明也不是很清晰。
這裡對SAM格式進行一下解釋，希望對新人有所幫助。

如下是SAM檔案中的一行

FCC0YG3ACXX:2:1103:1572:139769#GCTTAATG 99  chr10   60001   0   90M =   60390   479 GAATTCCTTGAGGCCTAAATGCATCGGGGTGCTCTGGTTTTGTTGTTGTTATTTCTGAATGACATTTACTTTGGTGCTCTTTATTTTGCG  CCCFFFFFHHHHHJJJJJJJJIJJJJJJJ?HHGIJJJBFHIJIJIDHIHIEHJJIJJIJJJHHGHHHFFFFFFEDCEEECCDDDDEECDD  XT:A:R  NM:i:0  SM:i:0  AM:i:0  X0:i:2  X1:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  MD:Z:90 XA:Z:chr18,+14415,90M,0;    RG:Z:120618_I245_FCC0YG3ACXX_L2_SZAXPI010030-30
 

一共12列，每一列含義如下：
1. read的名字，也就是ID（如果是雙短測序的話，則同一個ID會有兩條reads）
2. flag，為各個標誌的和，下面會有詳細說明
3. 比對到的染色體號
4. 第一個比對上的鹼基所在位置
5. 質量值
6. CIGAR，下面會有詳細說明
7. mate比對上的染色體號，如果是“=”，則表示在同一條染色體上
8. mate第一個比對上的鹼基所在位置
9. 該read和mate的距離
10. 序列
11. 序列對應的質量值
12. 標記

CIGAR含義解釋

一個稍複雜的CIGAR例子：

4S153M1D132M1D5M1D28M1D73M3I12M1I40M54S
 

S表示 solf clip, 4S就表示4個鹼基沒有比對上
M表示 match 或者 mismatch 153M表示連續153個鹼基都比對上了。
　為什麼會有