MyISAM：

1. 不支援事務，但是每次查詢都是原子的；
2. 支援表級鎖，即每次操作是對整個表加鎖；
3. 儲存表的總行數；
4. 一個MYISAM表有三個檔案：索引檔案、表結構檔案、資料檔案；
5. 採用菲聚集索引，索引檔案的資料域儲存指向資料檔案的指標。輔索引與主索引基本一致，但是輔索引不用保證唯一性。

InnoDb：

1. 支援ACID的事務，支援事務的四種隔離級別；
2. 支援行級鎖及外來鍵約束：因此可以支援寫併發；
3. 不儲存總行數；
4. 一個InnoDb引擎儲存在一個檔案空間（共享表空間，表大小不受作業系統控制，一個表可能分佈在多個檔案裡），也有可能為多個（設定為獨立表空，表大小受作業系統檔案大小限制，一般為2G），受作業系統檔案大小的限制；
5. 主鍵索引採用聚集索引（索引的資料域儲存資料檔案本身），輔索引的資料域儲存主鍵的值；因此從輔索引查詢資料，需要先通過輔索引找到主鍵值，再訪問輔索引；最好使用自增主鍵，防止插入資料時，為維持B+樹結構，檔案的大調整。

MYISAM的主索引結構如下：

輔索引如下：

InnoDb的主索引如下：

輔索引如下：

兩種索引資料查詢過程如下：