獲取指定位置序列
負號表示反向序列,並且start and end 的位置是序列反向互補之後的位置
Name strand start end total_length
UN000226 -2 1088 1411 1431
UN073473 3 861 1082 1158
UN082299 -1 838 1014 1105
UN064320 2 791 1006 1150
UN070736 -3 780 1271 1293
UN070422 2 776 955 1361
UN022140 2 758 1135 1235
UN215439 1 718 891 1044
程式碼
# encoding: utf-8
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.index('2.fa', "fasta")
name = open('1.txt', 'r')
for lines in name:
lines = lines.strip().split()
if lines[0] in record_dict.keys():
if int(lines[1][0]) >= 0:
print('>%s\n%s' % (lines[0], record_dict[lines[0]][int(lines[2]):int(lines[3])].seq))
else:
print ('>%s\n%s' % (lines[0], record_dict[lines[0]].seq.reverse_complement()[int(lines[2]):int(lines[3])]))
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