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巨集基因組分析流程

阿新 • • 發佈：2019-01-16

  1. Illumina Hiseq PE150/250 測序

  2. fastx 進行原始序列統計 ==平臺==

  3. Seqprep 和Sickle進行質控後資料統計，基於原始測序資料，使用相應軟體對其進行資料質控，剪下掉資料中的低質量及含N的reads，獲得後續分析需要的高質量序列。
  4. BWA去宿主後資料統計，去除宿主汙染: Plants, Solanum_lycopersicum
  5. Multiple_Megahit 最短contig長度 ≥ 300 bp 拼接組裝與基因預測。通過相應的拼接軟體，選擇拼接效果最佳的序列，對結果進行ORF預測。選擇核酸長度大於等於100bp的基因，並將其翻譯為氨基酸序列。
  6. MetaGene通過相應的拼接軟體，選擇拼接效果最佳的序列，對結果進行ORF預測。選擇核酸長度大於等於100bp的基因，並將其翻譯為氨基酸序列。
  7. CD-HIT 基因序列聚類相似度（Identity）≥ 0.95 基因序列聚類覆蓋度 （Coverage）≥ 0.9。通過CD-HIT軟體對樣本預測出來的基因序列進行聚類，構建非冗餘基因集，得到非冗餘基因集基因的鹼基序列。
  8. SOAPaligner 最大/最小插入片段長度：500/300 bp 基因丰度計算相似度（Identity）≥ 0.95。針對SOAPaligner比對後的資訊，統計基因在各個樣本中的丰度資訊。

  9. Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，NR物種註釋基於基因的物種分類學註釋，比對NR資料庫獲得樣本物種的分類學註釋資訊。

  10. COG功能註釋：Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，比對EggNOG（evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups ）資料庫獲得基因對應的COG註釋概況並進行統計

  11. KEGG功能註釋：Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，比對KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）資料庫獲得基因對應的KEGG註釋概況並進行統計。
  12. CAZy碳水化合物活性酶註釋，hmmscan 比對型別： hmmer E-value ≤ 1E-5，比對CAZy資料庫（Carbohydrate-Active enZYmes Database）獲得碳水化合物活性酶基因註釋概況並進行統計。
  13. ARDB抗性基因功能註釋，Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，比對ARDB（Antibiotic Resistance Genes Database）資料庫獲得抗性基因基因註釋概況並進行統計。
  14. CARD抗性基因功能註釋，Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，比對CARD（Comprehensive Antibiotic Resistance Database）資料庫獲得抗性基因註釋概況並進行統計。
  15. VFDB毒力因子註釋，Diamond 比對型別： blastp E-value ≤ 1E-5，比對VFDB資料庫獲得毒力因子基因註釋概況並進行統計。

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