1. 軟體介紹和特性

JabRef 是一個開源的參考文獻管理軟體，使用 Java 語言編寫，所以天生具有跨平臺特性，通用於安裝有 Java 支援的 Windows, Linux 和 Mac，軟體主頁在：http://jabref.sourceforge.net/。它可以很方便地管理下載到本機的文獻，生成 BibTeX 文獻資料庫，供 LaTeX 或其它軟體使用，可以與 Kile, Emacs, Vim, WinEdt 等多種軟體結合使用。JabRef 適合什麼人使用？總的來說 JabRef 最大的特點就是使用 BibTeX 格式的資料庫，所以它最適合 LaTeX 使用者使用；如果僅僅使用它的管理功能，也可以用於本地電子書的管理；對於使用 M$ Office 寫論文的使用者來說，EndNote 是一個選擇，如果你有錢買他的正版軟體的話，那也是不錯的，盜版的使用者就不用說了，它也能整合到 M$ Word 中，效果怎樣就不得而知了。

Choose It Or Give it Up ,that is a Question.

總之，優點多多，缺陷也有，決定權在你。

1） 免費開源軟體，使用Java語言編寫，支援Windows、Linux、Mac等多個平臺。可以選擇安裝版本或是免安裝的JAR版本（前提是電腦已有Java環境支援）。

2） 支援線上抓取和更新題錄。最新的JabRef 2.7版本已支援如下圖所示的，CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline等電子資源資料庫的文獻查詢和索引自動匯入功能。

2. 建立資料庫

JabRef 的文獻資料庫是純文字的 bib 檔案，可以將該資料庫檔案放在該主題文獻的目錄下。比如要建立一個 liver 方向相關文獻的資料庫，只需建立一個liver目錄，在 JabRef 中選擇 File->New Database，然後 Ctrl-s，將該資料庫起名 liver.bib，儲存在liver目錄下。然後將 File->Database properties 中的 Database Encoding 設定為 UTF-8（這是因為論文的作者可能是老外和我們會經常用中文寫些註釋，所以最好用國際化的字符集）， Directory 都設定成點號 .（表示當前目錄，這樣你就可以將整個目錄打個包，扔到另一臺 Linux/Win/Mac 機器上照常使用）。

3. 匯入文獻條目

文獻資料庫的內容自然是一篇一篇的論文，每篇論文在資料庫中佔一條記錄。那麼如何新增論文呢？自然不必全部手工新增，幾乎所有的資料庫在提供論文下載的同時都有該論文 citation 資訊的下載，下面這張圖上是電腦科學類常用資料庫網站的 citation 下載連結示例。也許你以前不知道它們是做什麼用的，但你總能在文章下載頁面的某個地方找到它們。

聰明如你，肯定知道該怎麼做吧。點開 citation 的連結，將內容儲存為相應的檔名。比如 BibTeX 格式的 citation 資訊，將其儲存到名為 xxx.bib 的純文字檔案中，然後到 JabRef 裡選擇 File->Import into current database，將該檔案匯入當前資料庫，你就會發現資料庫中多了一條記錄。當然，JabRef 支援很多 citation 資訊格式，但是既然 JabRef 採用 BibTeX 格式管理資料庫，我們還是儘量下載 BibTeX 格式的 citation。

每次只匯入一條記錄未免太麻煩了些，由於很多參考文獻資訊都是純文字格式的，那麼我們可以將很多條記錄分段拷貝到 xxx.bib(或者 xxx.ris 等) 裡，然後集中匯入。

對於醫學工作者而言，你們有福了，如果你知道參考文獻的具體名稱，或者文章的作者，可以直接按下F5，在出現的medline引文資料庫中就可以直接查詢下載。

對於經常查詢cnki，可將查詢結果輸出為endnote格式，然後匯入jabref中即可。如下圖所示

1,輸入一定的查詢條件，得到相應的文件目錄，勾選相應的文件序號的複選框，點選存檔。

2,點選左側的Endnote格式，然後點選輸出到本地檔案。就會出現相應的下載視窗，得到的檔案為txt文件。

3,進入jabref，然後按下CTRL+I，選擇剛才下載的txt文件，彈出匯入視窗，然後生成一個參考文獻的資料庫。

如果你已經下載到了論文的 pdf 檔案，知道論文的標題名和資料庫名，那麼你就不用再去網站下載 citation 資訊，可以直接在 JabRef 中用標題名搜尋該論文。比如你知道論文標題叫做 A Survey of xxxxxxx，可以從 IEEEXplore 資料庫中獲得，那麼你可以直接在 JabRef 中選擇 Web search->Search IEEEXplore，然後用標題名搜尋，點 Fetch，就可以直接得到 citation 資訊（但搜尋可能出現錯誤，那麼你就需要用 Google Scholar 並且到論文網站上下載了）。

4. 管理文獻條目

文獻資料庫的條目建立起來了，但是這只是一些 citation 和 abstract 資訊，那麼如何將下載下來的論文 pdf/ps 檔案和它們對應的條目關聯起來呢？

只需要將下載下來論文的檔名儲存成特定的格式，一種方法是檔名中包含 BibTeXkey，如果是 A. Yao 在 2005 年發表的文章，檔名就起為 xxx-Yao2005-yyy.pdf；一種方法是檔名包含論文名。然後修改匹配規則：Options->Preferences->External Programs->Use Regular Expression Search 文字框，比如在當前目錄下匹配包含 BibTeXkey 的檔案：“./.*[bibtexkey].*\\.[extension]”，在當前目錄下匹配包含論文名的檔案：“./.*[title].*\\.[extension]”，在子目錄中匹配包含 BibTeXkek 的檔案：“**/.*[bibtexkey].*\\.[extension]”。如果我們把文獻資料庫 bib 檔案和 pdf 檔案放在同一目錄下，只需要使用在當前目錄下匹配即可。

檔名和匹配關係修改好了，那麼我們就可以將論文記錄關聯到檔案了。如果是一次匯入很多文獻，可以使用批量處理：Tools->Scan database->Sychronize file links，但是同步的時候不要選擇 Check existing file links，那樣會很慢；處理單一記錄的方法是：雙擊某論文條目，或者選中後按 Ctrl-e，就可以編輯該條目。進入 General 選項卡，在 File 條目後面點 Auto，JabRef 就會按照匹配規則搜尋匹配的檔案，關聯到該條目。如果能搜尋到 pdf 檔案，關聯後該條目的前面會出現一個 pdf 圖示，點選該圖示，就可以直接開啟該論文的 pdf 檔案。除了自動匹配以外，也可以使用 Auto 旁邊的 + 號手動新增檔案。

當然了，文獻條目的其它資訊我們也可以編輯。比如 ACM 的 BibTeX 中往往不包含摘要資訊，我們可以在 Ctrl-e 以後的 Abstract 選項卡中新增對應論文的摘要資訊；Springer 的 ris 資訊往往過於簡單，我們也可以通過網頁資訊新增一些條目；如果你對某篇文獻有深刻印象或者想記一下筆記，可以在 Review 選項卡中記錄下自己的想法。

在一個文獻資料庫中，文獻還可以分組。View->Toggle groups interface，可以新建、修改分組，這樣有一個好處是可以將該資料庫所屬大方向的很多小方向分組瀏覽，對初期準備瞭解研究方向大致輪廓的研究人員很有幫助。

5. 與 vim 結合使用

可以與Latex，Emacs，WinEdt等相應的軟體聯合使用，實現參考文獻的推送功能。

6. 其它應用

總的來說，JabRef 的作用主要是參考文獻管理工具，但是也可以使用它來做一些其它的工作，比如個人數字圖書館。每個人電腦裡可能都有一些電子書，有的人特別多。為了查閱方便，一般都會把電子書分門別類放到一個目錄樹中，每次找檔案都要進到很深的目錄下；有時候為了系統相容性，避免使用中文檔名，理解一個檔案對應哪本電子書成為一件痛苦的事。如果使用 JabRef 作為檔案管理工具，就可以根據作者，書名排序或者直接檢索，會方便很多。