在Windows中，MySQL 5.1的預設安裝目錄是C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.1。(一些Windows使用者寧願安裝到原來的預設安裝目錄 C：/mysql。然而，子目錄佈局仍然相同）。安裝目錄包括以下子目錄：

使用MySQL AB's Linux RPM分發進行安裝後，將在以下系統目錄產生檔案：

在Unix中，可以在你選擇的安裝位置解壓並安裝tar檔案二進位制分發(typically /usr/local/mysql)並在該位置建立以下目錄：

配置並編譯完原始碼分發後，便開始安裝。預設情況下，可以將檔案安裝到/usr/local，即在下面的子目錄中：

在一個安裝目錄內，原始碼安裝的佈局在下列方面不同於二進位制安裝：

?mysqld伺服器被安裝在“libexec”目錄而不是“bin”目錄內。

?資料目錄是“var”而非“data”。

?mysql_install_db被安裝在“bin”目錄而非“scripts”內。

?標頭檔案和庫目錄是“include/mysql”和“lib/mysql”而非“include”和“lib”。

執行原始碼分發根目錄下的scripts/make_binary_distribution指令碼，你可以用編譯過的原始碼分發版建立你自己的二進位制安裝。