Linux學習2之shell指令碼計算程式碼段執行的時間（精確到毫秒）

阿新 • • 發佈：2019-01-20

簡潔且成功的程式碼：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

#!/bin/bash
startTime=`date +"%s.%N"`
#bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai
   for((i=1;i<=400;i++));do echo $(expr $i \* 4);done 
endTime=`date +"%s.%N"` 
echo `awk -v x1="$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)" -v x2="$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)" -v y1="$[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000]" -v y2="$[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000]" 'BEGIN{printf "RunTIme:%.6f s",(x1-x2)+(y1-y2)/1000000}'`

執行結果1：

... ...
1568
1572
1576
1580
1584
1588
1592
1596
1600
RunTIme:0.505397 s

執行結果2（需要配置bwa程式）：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh 
[bwa_aln] 17bp reads: max_diff = 2
[bwa_aln] 38bp reads: max_diff = 3
[bwa_aln] 64bp reads: max_diff = 4
[bwa_aln] 93bp reads: max_diff = 5
[bwa_aln] 124bp reads: max_diff = 6
[bwa_aln] 157bp reads: max_diff = 7
[bwa_aln] 190bp reads: max_diff = 8
[bwa_aln] 225bp reads: max_diff = 9
[main] Version: 0.7.12-r1039
[main] CMD: bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna ../SRR003161h20.fastq
[main] Real time: 36.195 sec; CPU: 3.575 sec
RunTIme:36.265438 s

可以看出來呼叫程式時間稍大於程式內部自己內測時間，正常。

程式說明：

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)
startTimeS2=$[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000]
endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)
endTimeS2=$[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000]

詳細可參考最後一個除錯（除錯5）

總結：參考指令

awk

|bc

expr

$[]

毫秒和納秒時間可調。

可以忽略一下，僅自己參考、記錄

除錯1（有錯誤）：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh 
#!/bin/bash
startTime=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"`
   for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \* 4);done
endTime=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"` 
echo "startTime "$startTime
echo "endTime "$endTime
startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)
startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)
#startTimeS1= cut -d '.' -f 1 $startTime
#startTimeS2= cut -d '.' -f 2 $endTime

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)
endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)
echo $startTimeS1
echo $endTimeS1
echo $startTimeS2
echo $endTimeS2

startTimeS1Linux=`date -d  "$startTimeS1" +%s`    #把當前時間轉化為Linux時間
endTimeS1Linux=`date -d  "$endTimeS1" +%s`
startTimeS2Linux=`date -d  "$startTimeS2" +%s`    #把當前時間轉化為Linux時間
endTimeS1L2nux=`date -d  "$endTimeS2" +%s`
echo $startTimeS1Linux
echo $endTimeS1Linux
echo $startTimeS2Linux
echo $endTimeS2Linux
s=`expr  $endTimeS1Linux - $startTimeS1Linux`  #計算2個時間的差
#ns=`expr $endTimeS2Linux - $startTimeS2Linux`  #計算2個時間的差
ns=`expr $endTimeS2 - $startTimeS2`  #計算2個時間的差
echo $s.$ns

執行結果：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh 
4
8
12
16
20
24
28
32
36
40
startTime 2016-03-14 21:46:10.065302995
endTime 2016-03-14 21:46:10.078381939
2016-03-14 21:46:10
2016-03-14 21:46:10
065302995
078381939
date: invalid date ‘065302995’
date: invalid date ‘078381939’
1457963170
1457963170


0.13078944

除錯2（有錯誤）：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh 
#!/bin/bash
startTime=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"`
   for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \* 4);done
endTime=`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"` 
startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)
startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)
endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)
endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)
startTimeS1Linux=`date -d  "$startTimeS1" +%s`    #把當前時間轉化為Linux時間
endTimeS1Linux=`date -d  "$endTimeS1" +%s`
echo "RunTime:"`expr  $endTimeS1Linux - $startTimeS1Linux`.`expr $endTimeS2 - $startTimeS2`"s"

輸出：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh 
4
8
12
16
20
24
28
32
36
40
RunTime:0.13458804s

除錯3（有錯誤）：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh 
#!/bin/bash
startTime=`date +"%s.%N"`
   for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \* 4);done
endTime=`date +"%s.%N"` 
startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)
startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)
endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)
endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)
echo "RunTime:"`expr  $endTimeS1 - $startTimeS1`.`expr $endTimeS2 - $startTimeS2`"s"

輸出：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh 
4
8
12
16
20
24
28
32
36
40
RunTime:0.13124421s

<span style="font-size: 13.3333px;">除錯4（有錯誤）：</span>

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh 
#!/bin/bash
startTime=`date +"%s.%N"`
   for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \* 4);done
endTime=`date +"%s.%N"` 
echo "RunTime:"`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)`.`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)`"s"

輸出：

[email protected]:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh 
4
8
12
16
20
24
28
32
36
40
RunTime:0.13331374s

前面幾種沒有考慮結束的納秒比開始的納秒小，會出現負數，故需要修改：

除錯5（有錯誤）：

#!/bin/bash
#echo "hello"
#bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai
startTime=`date +"%s.%N"`
 bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai
#   for((i=1;i<=400;i++));do echo $(expr $i \* 4);done
endTime=`date +"%s.%N"` 
echo "startTime "$startTime
echo "endTime "$endTime
startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)
startTimeS2=$[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000]
endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)
endTimeS2=$[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000]
#echo $Scha
 #echo `awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN{printf "product0:1-%f,2-%.3f,sum-%.3f",x1-x2,y1-y2,(x1-x2)+(y1/1000-y2/1000)}'`
 echo `awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN{printf "RunTIme:%.6f s",(x1-x2)+(y1-y2)/1000000}'`
 #echo $product0
#if [ $endTimeS2 -lt $startTimeS2 ]; then
# echo `awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN{printf "RunTIme:%.3f s",(x1-x2)+(y1/1000-y2/1000)}'`
#echo  'awk -v x="$endTime" 'BEGIN{printf("%f",x*2}''
#echo  "scale=3;$[$[$endTimeS2-1]-$startTimeS2]+$s2" |bc
#echo "RunTime:" $ $[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)-1] - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1) + $[$( $[ $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)+1000000000] - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)) / 10000000 ]"s"
#else
#echo `awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN{printf "RunTIme:%.3f s",(x1-x2-1)+(y1/1000-y2/1000)}'`
#echo "RunTime:" $[$[$endTimeS2-1]-$startTimeS2].$[$[$[$endTimeS1+1000]-$statTimeS1] / 1000] 
#echo "RunTime:"`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)`.`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)`"s"
#fi
# exec_time_ms=$[$[$[ 10#$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - 10#$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)] * 1000] + $[$[10#$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000000] - $[10#$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) / 1000000] ] ]
# nowdate=`date +%Y%m%d-%T`
# echo "--------$nowdate-------->":$exec_time_ms 
#current=`date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S"`     #獲取當前時間，例：2015-03-11 12:33:41       
#timeStamp=`date -d "$current" +%s`      #將current轉換為時間戳，精確到秒
#currentTimeStamp=$((timeStamp*1000+`date "+%N"`/1000000)) #將current轉換為時間戳，精確到毫秒
#echo $currentTimeStamp

shell運算參考：【4】

雖然Bash shell 有四種算術運算方法，但並不是每一種都是跨平臺的，建議使用expr。
另外，我們在 script 中經常有加1操作，以下四法皆可：
m=$[ m + 1]
m=`expr $m + 1`
m=$(($m + 1))
let m=m+1
另外，還可以使用bc
m=`echo "( $a - 1 )*$b +1" |bc`

參考文獻：

【1】 http://blog.csdn.net/foxliucong/article/details/4225008

【2】 http://blog.csdn.net/gengshenghong/article/details/7583580

【3】 http://blog.sina.com.cn/s/blog_9d074aae01012ytf.html
【4】 http://blog.chinaunix.net/uid-209416-id-2410742.html

【5】http://blog.jobbole.com/92430/

【6】http://www.centoscn.com/shell/2013/0802/884.html

Linux學習2之shell指令碼計算程式碼段執行的時間（精確到毫秒）

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