Susan Holmes

主要作品簡介

1. 微生物組可重複分析R包

phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data
PJ McMurdie, S Holmes
PloS one 8 (4), e61217

本文雖然只發表在PloS one上，但不到5年引用1233次。是R平臺上微生物組分析視覺化非常優秀的流程，而且一直在更新維護（最新為2018年4月23日版本，支援最新的R 3.5.0），喜歡用R分析的夥伴不容錯過。包不能治百病，只能解決作者定義好的套路，自己要做出非常個性的結果，仍需要有獨立思考和解決問題的能力。

McMurdie and Holmes (2014) Shiny-phyloseq: Web Application for Interactive Microbiome Analysis with Provenance Tracking. Bioinformatics (Oxford, England) 31(2), 282–283.

2. 微生物組資料統計方法討論

Waste Not, Want Not: Why Rarefying Microbiome Data Is Inadmissible.
PJ McMurdie, S Holmes
PLOS Computational Biology 10 (4)

本文2014年發表於PLOS Computational Biology，主要討論測序的原始reads counts，抽樣資料，以及比例資料在統計中的取捨、Power等，對這方面的疑問的小夥伴歡迎閱讀此文，應該會給你答案。

3. 非聚類OTU演算法dada2

DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data
BJ Callahan, PJ McMurdie, MJ Rosen, AW Han, AJA Johnson, …
Nature methods 13 (7), 581

2016年發表於Nature methods，可見此方法有多強勢，一年多被引211次。敢直接向Robert Edgar叫板、拍磚。引起了擴增子分析非聚類演算法領域的快速發展。對這方面不瞭解的朋友，歡迎閱讀我們之前的文章。

課程推薦

而且作者致力於軟體和教程的推廣，在其中主頁上有很多經典的課程。

統計系的老師，當然課程偏統計。想深造的人去好好學學。要問我生統學好有什麼用，反正我認識的幾個國外生統畢業的博士，都沒有做博後，就直接在國內外一流研究機構拿到了職位。

可重複計算

作者同時還注重可重複計算的實現，和方法的共享。如下文提供了全部的分析程式碼和講解，供同行學習交流。

孕婦微生物組的時空變異

這是作者2015年發表在PNAS上的文章，引用182次。

DB DiGiulio, BJ Callahan, PJ McMurdie, EK Costello, DJ Lyell, A Robaczewska, CL Sun, DSA Goltsman, RJ Wong, G Shaw, DK Stevenson,
SP Holmes, and DA Relman
Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy PNAS 2015 ; published ahead of print August 17, 2015, doi:10.1073/pnas.1502875112

本研究分為Vaginal、Stability和Delivery三部分。

如本文以第一部分進行講解

孕婦陰道微生物組分型

先下載資料 PregnancyClosed15.Rdata 至工作目錄，再右鍵另存Rmarkdown至工作目錄。

再用Rstudio開啟Rmd執行，並參照如下網頁版教程學習。

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