這裡主要說的是使用上的區別，即使用者習慣、正常思維上的區別，再說linux與windows區別之前，首先要了解一下什麼是檔案系統。
檔案系統：
檔案系統是作業系統用於明確儲存裝置（常見的是磁碟，也有基於NAND Flash的固態硬碟）或分割槽上的檔案的方法和資料結構；當然也有像記憶體這種虛擬的檔案系統(vmfs)，說白了就是作業系統或軟體對檔案在儲存裝置上的一種組織、管理方式。
而根據檔案系統型別分類：
windows屬於多根目錄檔案系統。
linux屬於根目錄檔案系統。
由於長期使用windows作業系統，使用者已經形成了一種慣性思維，各種檔案分類都是按照C、D、E這種碟符進行大分類的檔案系統，所以windows系統每個碟符都對應一個根目錄，所以windows更傾向於像基於硬碟分割槽的檔案系統，即先有分割槽，再有windows的檔案系統，雖然不是，但至少表面上(思維上)看起來如此；linux檔案系統更傾向於先有固定的目錄結構，然後再有分割槽，分割槽(或網路上任何一個硬體)再掛在到不同的目錄上。
由此會帶來一個使用上的區別，本來應該是linux設計的根檔案系統更加符合人的思維方式，但長期的使用習慣，以及不熟悉手動掛載的方式，計算機使用者思維已經固化為多根目錄結構的windows系統了，其實windows檔案系統也有掛載的概念，只不過windows會自動掛載分割槽到不同的目錄上，即所謂的C、D盤。

如果理解了linux和windows本質上檔案系統的區別，那麼從windows轉linux就會事半功倍，至此也算入門linux了。