S1、 將應用程式和應用程式快捷方式新增到映像裡，再將快捷方式新增到StartUp目錄下，這樣當系統執行後應用程式就能自動執行；

S2、 直接替換Wince的SHELL，即修改登錄檔：

[HKEY_LOCAL_MACHINE/init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00

把這個explorer.exe改成你的應用程式（比如：MyApp.exe）；

S3、 把應用程式加入到映像，修改登錄檔：

[HKEY_LOCAL_MACHINE/init]
"Launch80"="MyApp.exe"
"Depend80"=hex:1E,00

可以設定啟動順序和依賴程式。

以上方法都可行，但是都存在一個問題，就是應用程式是整合到NK裡面的，也就是說每次升級應用程式都要重新編譯下載核心，很麻煩，尤其在程式除錯階段，大家都希望把應用程式放在SD卡上，這樣更新起來比較容易；據說通過第三種方法可以實現，即修改"Launch80"="MyApp.exe" 為"Launch80"="/STDCard/MyApp.exe"( STDCard為SD卡目錄)，但是我試了一下沒有成功，因為Launch80執行時SD卡的檔案驅動還沒有載入，找不到MyApp.exe檔案。同樣，採用快捷方式載入SD卡里的應用程式也不可行。
所以我採用了另一種方法，自己編了一個小程式，比如叫ShellExe.exe，將此程式加入到映像裡，通過StartUp快捷方式呼叫ShellExe，ShellExe再去呼叫SD卡里的應用程式，具體實現步驟如下：
1、 在eVC下編譯如下程式碼：

int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance,
HINSTANCE hPrevInstance,
LPTSTR lpCmdLine,
int nCmdShow)
{
WIN32_FIND_DATA fd;
HANDLE hd=INVALID_HANDLE_VALUE;
int iCount = 20;
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
if(0==iCount) return 0;
FindClose(hd);
SHELLEXECUTEINFO ShExeInfo={0};
ShExeInfo.cbSize=sizeof(SHELLEXECUTEINFO);
ShExeInfo.fMask=SEE_MASK_NOCLOSEPROCESS;
ShExeInfo.hwnd=NULL;
ShExeInfo.lpVerb=NULL;

ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;
ShExeInfo.lpParameters=L"";
ShExeInfo.lpDirectory=NULL;
ShExeInfo.nShow=SW_SHOW;
ShExeInfo.hInstApp=NULL;

ShellExecuteEx(&ShExeInfo);
return 0;
}

while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}

ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;

2、 新建一個快捷方式，如Autorun.lnk，按如下方式編輯其內容：

21#/windows/shellexe.exe /stdcard/MyApp.exe

其中/stdcard/MyApp.exe應用程式的絕對路徑；

3、 將MyApp.exe和Autorun.lnk新增到NK裡，方法是在project.bib檔案內加入如下內容：

ShellExe.exe f:/WINCE420/PBWORKSPACES/LioetEnTer/RelDir/ShellExe.exe NK S
Autorun.lnk f:/WINCE420/PBWORKSPACES/LioetEnTer/RelDir/Autorun.lnk NK S

注意：ShellExe.exe的屬性不能帶H（隱藏）.

4、 在project.dat里加入如下內容：

Directory("/Windows/Startup"):-File("Autorun.lnk","/Windows/Autorun.lnk")

5、 選擇Make Image生成映像（當然Build也可以，就是慢點兒），燒到FLASH裡，開機執行，可以看到SD卡里的MyApp.exe被正確執行。