通用:

VTK

        VTK （the visualization toolkit）是一款免費開源的用於三維計算機圖形學、影象處理以及視覺化的軟體包。包含了C++類庫並且提供對Tcl/Tk, Java 和Python等解釋性語言的支援.

ITK

        ITK是一個開源、跨平臺的，提供了大量的影象處理功能的軟體工具。可用於多維影象的分割與配準。

FSL

        FSL是一個用於分析fMRI，MRI和DTI大腦成像資料的綜合軟體庫。

SPM

        SPM（statistical parametric mapping) 指的是建立和評估統計處理方法，用於對功能影像資料的假設檢驗。SPM軟體包已用於分析大腦影象序列。這些序列可以是來自不同群體的資料，或者是同一個個體的不同時間序列的資料。目前可用於分析fMRI, PET, SPECT,EEG和MEG。

GIMIAS

        GIMIAS是一個面向工作流的影象處理環境，用於解決高階影象計算以及個體化的模擬問題。可通過新增解決特定問題的外掛而進行擴充套件。此外，GIMIAS提供開源框架，可有效開發研究和臨床軟體原型，也可用於商業軟體開發。提供的功能包括手動和自動分割，視覺化，網格編輯和電子機械及流體力學模擬等。

3D Slicer

        3D Slicer是一個免費、開源軟體包，用於視覺化及影象分析。可在多個平臺上使用，包括Windows, Linux 和Mac Os X。

MIA

分割：

NiftySeg

        NiftySeg實現了基於期望值最大化的對Nifti影象的分割。另外也實現了許多標記融合（label fusion）演算法，如MV，STAPLE，SBA等。

配準：

NiftyReg

        NiftyReg實現了對nifti影象的剛體、仿射和非線性配準方法。支援GPU（使用CUDA）的實現。是一個基於命令列的工具包。

elastix

        elastix是基於ITK的開源軟體。包含了處理醫學影象配準的常用演算法。elastix的模組化設計允許使用者快速地針對一個特定的應用配置、測試和比較不同的配置方法。用命令列介面可以通過指令碼自動處理大量的資料。

ANTS

        ANTS為研究者提供了高階的工具用於大腦影象配準對映。ANTS的許多配準恐懼都是微分同胚的（diffeomorphic）,但也可以使用elastic 和 Bspline等形變變換。 ANTS中的模組包括多種相似度測量，標記點引導，使用標記影象引導配準對映，對微分同胚對映的貪心法及時空最優化實現。

視覺化

ITK-Snap

        ITK-SNAP可用於對三維影象的互動式分割方法，其實現是基於活動輪廓模型的，也支援手動分割。提供了視覺化功能。

MITK

        MITK（medical imaging interaction tookkit）是用於開發互動式影象處理軟體的開源系統。MITK結合了VTK和ITK，此外它結合了一些與開發互動式影象處理相關的特性，這些是ITK與VTK所未包含的。

重建：

NiftyRec

        NiftyRec提供了斷層影象重建的程式碼，基於c，也支援python, matlab介面。對於計算量大的函式，其提供了基於CUDA的GPU加速方法。

模擬：

NiftySim

        NifySim是一個高效能非線性有限元求解工具。一個重要特性是允許GPU計算。

彌散MRI:

Camino

        Camino是一個面向物件的軟體工具包，用於彌散MRI資料的分析和重建、纖維束重建等。

DTI-TK

        DTI-TK是一個實現空間歸一化和建立圖譜（atlas）的工具，支援對DTI影象的操作，特別注重資料的張量屬性。實現了目前最先進的配准算法，通過每個畫素的纖維束方向匹配完成後對白質纖維的對齊。