freesurfer：

freesurfer好安裝，只需要下載官網原始碼包，如freesurfer5.3.tar.gz

下載至本地，解壓：

tar zxvf freesurfer5.3.tar.gz -C /software/freesurfer5.3

其中，-C選項能夠設定解壓路徑

然後只需要在本地使用者的.bashrc下設定freesurfer變數即可：

gedit ~/.bashrc：

export FREESURFER_HOME=/software/freesurfer5.3
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export PATH=/software/freesurfer5.3/bin:$PATH

fsl：

ubuntu下安裝見官網

Centos系統下安裝過程：

網路正常時，直接執行fslinstaller.py檔案：

./fslinstaller.py或者python fslinstaller.py

網路不好時，需要在一臺網路好的機器上下載原始碼包：（我就遇到過這種情況）

./fslinstaller.py -o

安裝好後，在.bashrc下新增：

export PATH=/mnt/sys/Programs/fsl/bin:$PATH
export FSLDIR=/mnt/sys/Programs/fsl
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

matlab：

安裝包裡有安裝指令碼，執行即可，然後按照下載裡面的啟用步驟進行啟用。