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python,perl和R模組的安裝

Python,Perl和R,作為生物資訊的主要語言,應用十分廣泛;主要原因就是這三種語言有豐富的包,這些包可以運用特定的方法,實現特定的功能!

一.Python

python 是這三種的支援面向物件最好的語言,第三方包也是最多的。

1.Python包安裝方式一

pip install package;pip是Python官方用來管理包的一個模組,在Python的官方版本中預設安裝

2.anaconda是Python的一個整合包,包括Python。

安裝anaconda : wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

sh Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

安裝其他包 conda install -c bioconda htseq (安裝htseq同時安裝samtools,bcftools,htslib,bzip2,pysam)

3.easy_install

easy_install package

二.Perl模組安裝

1.自動安裝:cpan -i package

2.手動安裝:

  從 CPAN(http://search.cpan.org/)下載了Net-Server模組0.97版的壓縮檔案Net-Server-0.97.tar.gz,假設放在/usr/local/src/下。

  cd /usr/local/src

  解壓縮這個檔案,這時會新建一個Net-Server-0.97的目錄。

  tar xvzf Net-Server-0.97.tar.gz

  換到解壓後的目錄:

  cd Net-Server-0.97

  生成 makefile:

  perl Makefile.PL

  生成模組:make

  測試模組(這步可有可無):

  make test

三.R模組安裝

install.pacakges("ggplot2")