巨集基因組 微生物組 微生物生態領域雜誌簡介及最新影響因子
一年一度的影響因子又釋出了，各種影響因子彙總的文章瞬間刷爆了朋友圈。
作為本領域的專業公眾號，一直想找介紹系統介紹一下本領域的雜誌，藉此機會，來簡介一下本領域的雜誌、影響因子和分割槽，為同行閱讀文獻的選擇、雜誌投稿、畢業升職加薪助力。
2018我要實現自己一個小目標，許願吧！！！
後臺回覆影響因子，獲得2018最新完整版影響因子、中科院分割槽、精選本領域雜誌影響因子等詳細資訊。
綜合類
自然 Nature
期刊簡介：IF(2018): 41.577； 中科院一區；週刊；年文章數879篇。
點評：公認最頂級的綜合期刊，影響因子多年穩定在40左右，一直位於CNS之首，近年來微生物組文章多次成為封面，也是同行神往的雜誌。但一年僅800多篇的位置，來自全球所有領域的競爭，發表一篇還是相當困難的。其拒稿率有多高，相信感受過其投稿被拒的同行們應該深有體會。
Nature還是比較喜歡菌群研究論文的，近一年來我們收到最後的解讀投稿就來自本雜誌，相關連結如下：
而且這些全是純Nature的文章，如果加上其子刊和綜述類，佔比可達本公眾號涉及文章的一半以上，可見Nature系統在本領域的統治地位般的影響力。
下段引自genemedical上對CNS的評論，感覺很有意思分享給大家
作為三種相互獨立的期刊，新詞“CNS”已經成為科研工作者，包括學生、技術員、教授口中出現頻率最高的詞彙之一。在這裡沒有列出它們的影響因子，因為列出來也毫無意義！諸君估計會問：為什麼毫無意義？是因為在乎它們影響因子的人永遠也發不了CNS，而能發CNS的人肯定也不在乎其影響因子了。這三個期刊的威力，可以說是能讓一個民工瞬間晉升為博導的神器。三者之間的對比，無論它們是20分、30分、抑或是40分，都沒有太大區別，其名字本身就是碾壓了SCI影響因子的存在。雖然我等可能終身無望發表，但也無礙於我們對它們進行憧憬，就如同筆者雖然買不起“百達翡麗”，但也可以去專櫃欣賞把玩一番。CNS雖然都高大上，但是其風格還是各有側重。從篇幅上來說，Cell篇幅最長，Nature次之，Science最短。其中Cell讀起來最為暢快，故事完整，邏輯清晰，思路縝密，意義重大，而Nature和Science，通常正文只有2-3頁，3-4組圖，其篇幅偏短，字型偏小，晦澀難懂，讓人感覺每一句話都暗藏玄機，讀起來渾身不爽。通常還要開啟幾十頁的補充材料，與正文相互比證，短短的幾頁文字閱讀時間通常比十幾頁的Cell還要長。至於CNS的投稿要求，筆者就不展開介紹了，以免美捷登認為我有騙取稿費之嫌。
自然系統等級簡介
首先要知道，自然雜誌是一個多達50本雜誌的出版集團，自上而下分為五個等級體系，每一級如果被拒稿可依次往下申請轉稿。
- 自然。綜合期刊，接受最頂級的研究，同時要考慮非同行的讀者可以閱讀的要求。每年平均800篇文章，版面極稀缺。
- 自然子刊(Nature XXX)。XXX代表專業領域頂級期刊，影響因子範圍10 - 40，只是學科不同，但不影響其作為各領域頂級期刊的地位。雖然自然生物技術前幾年引影響因子高於自然，但很多文章仍是自然拒稿轉投的產物。自然主刊的認可度和傳播影響是其它雜誌無法比擬的。
- 自然通訊(Nature Communication)。開創性研究成果，主要承接自然及子刊拒稿的頂級研究。開放獲取，但收取出版費(雖然子刊有可能沒有通訊IF高，但定位是高於通訊的)。影響因子穩定，發稿量年均3000多篇，包含有中國研究機構的文章達500多篇。
- 通訊系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通訊拒稿，要求有一定創新性研究成果，今年剛開始發行，最早也要2021年才會有影響因子，預測影響因子會在6-10分之間，其中與我們相關的通訊生物(Communications Biology)很可能在8分以上。https://www.nature.com/commsbio/
- 科學報告(Scientific Reports)。即能承接上面4級篩選後的文章，肥水不流外人田；又可以搶佔開放獲取市場巨大的蛋糕，文章只要求科學性，不要求創新性，接收率60%。年發表文章2萬多篇，僅16年包括有中國單位(包括中國機構主導和參與)文章7700多篇。要知道每篇文章的出版本費高達人民幣1.12萬元，2萬篇文章的資金流水可達2億多元。
https://www.nature.com/srep/
雖然目前自然出版集團雜誌種類不多，但佔領了各領域的高階使用者，並作憑藉其影響力，火力全開吸納中低端使用者，5級金字塔模式——精確滿足不同層次客戶，在科研領域的影響力無人能比。
科學 Science
期刊簡介：IF(2018): 41.058; 中科院一區；週刊；年文章數806篇。
點評：頂級的綜合期刊，生物領域CNS三巨頭之一，文章正文篇幅短小，題材偏科普，要求受眾廣泛。影響因子逐年上升，看來照顧非專業讀者才更有前景，近年來微生物組文章多次成為封面，也是同行神往的雜誌。如上圖左1的封面即為中科院微生物所王軍老師一作的代表性研究。
Science也比較喜歡菌群研究，本平臺導讀過如下相關成果：
細胞 Cell
期刊簡介：IF(2018): 31.398; 中科院一區；雙週刊；年文章數701篇。
點評：生物領域頂級期刊，CNS三巨頭之一，文章正文篇幅長，要求機理解析清楚，學術性非常強，插圖摘要(Graphic Abstract)是其雜誌的一大特色，影響因子穩定在30左右。
今年三月推出的菌群專刊上(上圖左1)，讓無數同行為之瘋狂：
本平臺導讀過如下相關成果，4篇全是綜述：
為什麼我們沒有推送過Cell文章的Aritle文章？因為文章太長，無論是編輯整理，都不太適合大眾閱讀。在文獻科普導讀領域，有熱心腸己經非常專業了，有更深層次需求的專業人士，自然會仔細閱讀原文。
美國科學院院報 PNAS
期刊簡介：IF(2018): 9.504； 中科院一區；週刊；年文章數約4000篇。
點評：其全稱為 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾經是綜合期刊類影響因子世界第三，現己被後起之秀Nature Communication、Science Adavances等新興期刊超越。但其強大的院士編委團隊、總引用量還是可以和CNS比肩的。比較有特點的是院士貢獻機制，每位美國科學院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的機會，即採用審稿人指定兩位同行院士直接審稿的機制。有人認為Contribute有灌水嫌疑，也有人認為此類文章更有價值(用人單位更願意選擇有多篇Contribute PNAS的作者作為引進人才，正是看中你院士導師對你的認可，和他強大的院士朋友圈，萬一投稿不順還可以求助前老闆發動技能來個PNAS保底)。
值得注意的是，綜合雜誌上發表的生物學文章，一般真實引用都是高於雜誌影響因子的(因為生物圈子足夠大，學科交叉強，需要引文偏多三大原因)，都是雜誌中拉分的主力。如我們報導過的下面這篇文章，發表不到三年，引用297次，比Nature平均引用還高一倍。
- PNAS：水稻微生物組
微生物組領域
ISME Journal
期刊簡介：Nature子刊，全稱Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生態交叉學科雜誌)，IF(2018): 9.520； 中科院一區；年文章數346篇。微生物領域老牌頂級雜誌，近5年發稿量和影響因子非常穩定。
微生物組 Microbiome
期刊簡介：IF(2018): 9.133; 中科院一區；年文章數69篇。
本領域我個人最喜歡專業期刊，名字起的好，發展沒煩惱。當年我們創辦公眾號就想註冊微生物組這個名字，結果被人搶注了。只能退而求其次選擇了巨集基因組。
本雜誌獲得影響因子僅有3年(微生物組興趣也沒幾年)，發文量不多，但在同行中影響很大，我們也導讀過其多篇文章，偏方法多一些，估計將來會穩中有升：
mBio
期刊簡介： IF(2018): 6.689; 微生物學(二區)。近五年文章數穩定在480左右，影響因子也穩定於6以上，審稿週期平均1.4個月，由美國微生物學會主辦。
微生物學前沿 Frontiers in Microbiology
期刊簡介： IF(2018): 4.019; 微生物學 ( 二區 )，年文章數2200篇，影響因子穩定在4以上，審稿週期平均1.8個月。由於其巨大的發行量，我們平時會經常看到它的文章，近年來我國佔比猛增，如16年有438篇。
CNS子刊
自然生物技術 Nature Biotechnology
期刊簡介：IF(2018): 35.724; 中科院一區；年文章數455篇。
原來一直40以上，今年跳水，但絕對不錯影響它作為生物領域技術一哥的行業地位。
此刊也發表有大量本領域的方法、軟體、測評的文章，一年內我們報導了5篇之多：
自然方法 Nature Methods
期刊簡介：IF(2018): 26.919; 生物化學研究方法 ( 一區 )；年文章數300篇左右。
方法學神刊，影響因子在30左右波動，生物學軟體方法、評測類文章能發於此，是很多同行的追求(極少數可發NB，但可望而不可及)，此雜誌要求不僅要軟體好用，更要結合具體科研專案提供新的發現。下有兩篇我們介紹過的文章，分別為軟體評價，和比對較件：
Salmon是一個能看出平臺重要性的例子。同一個軟體在bioRxiv上兩年多才引34次，釋出在Nature Methods上幾個月就引用64次。單位時間差距至少5倍以上，所以好方章有好的宣傳平臺，影響力不言而喻。
自然綜述微生物 Nature Reviews Microbiology
期刊簡介：IF(2018): 31.851; 微生物學 (一區)；年文章數150篇。隨著微生物組領域大熱，該雜誌近5年影響因子持續走高，今年直接提高5分。可見微生物組領域的大熱勢不可擋。
作為連續走高的30分以上綜述，確實篇篇給力，只要和你的研究相關，確實值得精讀，一篇頂百篇，超級系統的入門材料，系統文獻一網打盡。還不知道如何入行的，快找兩篇和你相關的文章，讀懂讀透，可最高效入行。本平臺報導過如下三篇：
自然微生物 Nature Microbiology
期刊簡介：IF(2018): 14.078; 微生物學 (四區，因為之前沒有IF，今年重評肯定回1區)；年文章數132篇。隨著微生物組領域大熱，自然雜誌雖然已經有ISME統治微生物領域，但也繼續發力創辦了微生物學子刊，該雜誌今年首次獲得影響因子即破14，將來稿源會更加充足，水平有望進一步提升，直接填補了本領域從40分(CNS)到9分(Microbiome、ISEM J)中間的空白地帶。會與Cell Host & Microbe競爭專業第一的位置，且稿件研究內容更廣泛。
在已經有Nature Reviews Microbiology的條件下，該雜誌仍繼續約大牛發綜述，保證其影響因子處於高位。
自然通迅 Nature Communication
期刊簡介：IF(2018): 12.353; 中科院一區；年文章數3685篇。
影響因子緩慢持續走高，而其中的生物學文章更是高手中的高手，是雜誌保護12+的拉分能手。如：
其它自然子刊
自然子刊的成員非常之多，但定位均高於Nature Communication，雖然有些子刊影響因子低於NC，但也是有被拒後轉稿至NC的機會。
下方再簡介三個我們報導過菌群文章的相關子刊
Nature Medicine：IF(2018): 32.621; 中科院一區；年文章數303篇。
Nature Genetics：IF(2018): 27.125; 遺傳學 (一區)；年文章數310篇。
Nature Plant：IF(2018): 11.471; 植物學 (一區)。 曾經的植物學霸主Plant Cell目前只有8.228。
環境科學
水研究 Water Research
期刊簡介： IF(2015-2016): 7.051; 二區，年文章數651篇，審稿週期平均2.0個月。
環境科學與技術 Environmental Science & Technology
期刊簡介： IF(2018): 5.869; 二區，年文章數1,47。
環境微生物 Environmental Microbiology
期刊名稱：Environmental Microbiology
期刊簡介：IF(2018): 4.974; 微生物學 (二區)，月刊；年文章數500篇。
醫學頂級期刊
醫學領域四大神級醫學週刊是我們醫學生的夢想。其按照影響因子出場如下：
- New England Journal of Medicine (NEJM, 79.258, 新英格蘭醫學雜誌)
- Lancet (Lancet, 53.254, 柳葉刀)
- Journal of the American Medical Association (JAMA, 47.661, 美國醫學協會雜誌)
- British Medical Journal (BMJ, 23.259, 英國醫學雜誌)
這四個雜誌發表很多微生物的文章，但我的研究方向與醫學沒有半毛錢關係，個人瞭解不多，離我也非常遙遠，話不多説。
Gut
期刊簡介：IF(2018): 17.016; 微生物學 (二區)，月刊；年文章數500篇。近幾年腸道菌群大熱，Gut上也表達了大量菌群研究的工作，每期必須Gut Microbiota欄目，也推動了本雜誌影響因子5連漲，從10分達到今年17。
國內雜誌推薦
目前國內有很多高水平的雜誌了，而且也非常關注微生物組領域的研究，有好成果發表在國內好雜誌，不是更好嗎？
GigaScience
期刊簡介：IF(2018): 7.267; 綜合學科 (二區)；年文章數50篇左右。大家親切的稱它為華大學報，關注大資料還是有錢途的。
此外，具我所知，我們巨集基因組0號群裡的中農周欣教授，新加坡的李陳浩同學都在此雜誌上發表過多篇高水平文章，值得關注。
Genomics Proteomics & Bioinfomatics
期刊簡介：IF(2018): 6.615。中科院基因組所主辦的雜誌，今年首次獲影響因子即破6，文章偏生信、基因組和蛋白組，非常關注巨集基因組。大家親切的稱它為基因組所刊，近期還成立了中國的大資料中心GSA，無論是投稿，還是資料共享，都值得同行關注。
小編在4年前投過此雜誌，審稿和後期處理速度很快，從投到接收不到一個月，其工作效率可見其前途。
Protein & Cell
期刊簡介：IF(2018): 6.228。中科院北京生科院所主辦的雜誌，饒子和院士任主編，近5年從2.8分穩步增長，今年首次影響因子破6，上個月還組織了微生物組專刊，值得同行關注。
Journal of Genetics and Genomics
期刊簡介：IF(2018): 4.066。中科院遺傳發育所、中國遺傳學會主辦的雜誌，主編薛勇彪，影響因子近5年穩步增長並翻倍，今年首次破4，預計兩年內可實現破5，值得同行關注。
Science China-Life Sciences
期刊簡介：IF(2018): 3.085。中國科學生命科學，由中科院主辦，李家洋院士任主編，今年影響因子破3，預計影響因子將持續走高。審稿速度快，上圖封面文章從投稿到接受只有7天，可見編輯部的工作效率，將來必有更大發展。
目前已經開始關注本領域的研究，如今年本月的封面文章即為水稻微生物組相關工作，值得同行關注：
- 手把手帶你重現菌群封面文章全部結果圖表
小知識：影響因子
影響因子的計算
ISI每年出版JCR期刊引用報告 (Journal Citation Reports)評估期刊的影響力。
JCR對12000多種期刊(網路版) 之間的引用和被引用資料進行統計、運算，並針對每種期刊定義了影響因子 (IF: impact factor)等指數加以報道。
影響因子計算如下：IF = (某刊前2年發表論文在該年的被引用次數) / (該刊前2年發表論文總數)
提高引響因子的十條建議
根據上面的計算公式，我們發現可以通過增大分子(引用次數)、減小分母(論文總數)來快速提高影響因子。
具體的作法有哪些呢？
- 編輯的眼光：傾向選擇將來2年內容易高引的方向和研究內容；
- 出版平臺：同樣的文章在Nature大平臺曝光會比在bioRxiv上引用高5倍；
- 社交平臺：宣傳很重要，成果由編輯部、作者共同經tweet、朋友圈和公眾號介紹給同行；文章和雜誌同行沒聽過，如何引用你！推薦雜誌社要辦自己的自媒體，如公眾號，更要多與一些同行大號合作，如BioArt、植物科學最前沿、熱心腸先生等合作。當然我們的“巨集基因組”在本領域也是有一定影響力的，歡迎同行雜誌合作。
- 開放獲取：沒名氣還收費，不作就不會死；
- 約稿大牛：這需要關係，發動編輯、主管領導、及二級人脈，無論什麼手段，拿到高質量的稿件是最實在的東西；約大牛當guest editor：辦熱門領域專刊，只賺不賠；
- 發表時間：通常發表的年初的文章，在JCR統計中更容易積累更多引用，雜誌社傾向將高引年初發表，低引年末發表；
- 口味的傾向：現在生物學交叉學科眾多，如生信、軟體、方法和巨集基因組等熱門方向，都是生物雜誌應優先考慮的；
- 綜述：綜述通常是比研究更容易引用的；
- 視覺化和分析軟體：研究被引用頻率不會太多，但通用的分析、視覺化是很多人需要求，好的生物軟體、線上server絕對受同行歡迎，NAR的很多引用都來自其web server專欄；
- 減小分母：注意，有些文章是可以被引用，但並不計入影響因子計算的論文總數，如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等型別(其特點是沒有摘要或參考文獻的文章)不會作為可引用文獻被JCR統計。將潛在低引文章轉換型別，增加這些型別文章的比例，增加存在感，減少低引文章作為分母。
最後：查詢文章，下載原文，引影因子和趨勢分析，推薦根哥的網站 http://www.geenmedical.com ，還有國人發稿量、國人佔比、中國發稿分析等特色專案，更有官網入口、投稿須知、版面費說明和投稿的連結。這樣專業的整理實在是太貼心了。
雜誌影響因子列表
僅列出了本領域常用的3分以上雜誌列表，按影響因子排序。
注：文字版方便複製、檢索。
| Full Journal Title | IF |
|---|---|
| NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE | 79.258 |
| LANCET | 53.254 |
| JAMA-JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION | 47.661 |
| NATURE | 41.577 |
| SCIENCE | 41.058 |
| NATURE BIOTECHNOLOGY | 35.724 |
| NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY | 31.851 |
| CELL | 31.398 |
| NATURE METHODS | 26.919 |
| BMJ-British Medical Journal | 23.259 |
| CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS | 20.642 |
| Cell Metabolism | 20.565 |
| Cell Host & Microbe | 17.872 |
| GUT | 17.016 |
| Nature Microbiology | 14.174 |
| FUNGAL DIVERSITY | 14.08 |
| MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS | 13.439 |
| GENOME BIOLOGY | 13.214 |
| Advanced Science | 12.441 |
| Nature Communications | 12.353 |
| TRENDS IN MICROBIOLOGY | 11.776 |
| NUCLEIC ACIDS RESEARCH | 11.561 |
| Science Advances | 11.511 |
| Nature Plants | 11.471 |
| FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS | 11.392 |
| Annual Review of Microbiology | 9.808 |
| ISME Journal | 9.520 |
| National Science Review | 9.408 |
| PLOS BIOLOGY | 9.163 |
| Microbiome | 9.133 |
| Cell Systems | 8.982 |
| Nature Reviews Urology | 8.089 |
| WATER RESEARCH | 7.05 |
| GigaScience | 7.267 |
| CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY | 6.710 |
| mBio | 6.689 |
| GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS | 6.62 |
| Protein & Cell | 6.228 |
| PLoS Pathogens | 6.158 |
| Environmental Science & Technology Letters | 5.87 |
| Current Topics in Microbiology and Immunology | 5.829 |
| mSystems | 5.750 |
| BIOINFORMATICS | 5.481 |
| Global Change Biology Bioenergy | 5.415 |
| CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION | 5.394 |
| ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 4.974 |
| CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY | 4.738 |
| Journal of Oral Microbiology | 4.444 |
| CELLULAR MICROBIOLOGY | 4.410 |
| npj Biofilms and Microbiomes | 4.128 |
| Journal of Genetics and Genomics | 4.066 |
| Frontiers in Microbiology | 4.019 |
| SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY | 3.899 |
| MOLECULAR MICROBIOLOGY | 3.816 |
| APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 3.633 |
| Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | 3.520 |
| FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY | 3.495 |
| INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY | 3.451 |
| APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY | 3.340 |
| INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY | 3.298 |
| MEDICAL MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY | 3.202 |
| Future Microbiology | 3.190 |
| Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials | 3.155 |
| JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY | 3.103 |
| Science China-Life Sciences | 3.09 |
後臺回覆影響因子，獲得2018最新完整版影響因子、中科院分割槽、精選本領域雜誌影響因子等詳細資訊。
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