最近需求有一個關於在Html頁面中click每一行的資料，開啟本地的Golden Helix 的GenomeBrowse,並將該行的chrosome和position以“chr:start-end”的形式傳送至搜尋框並搜尋。

這個需求拿到手時首先想到的是通過程式碼去實現open app和搜尋，所以最初的實現是這樣的：
Html:

<a href="#" onclick="runApp()"></a>

js中：
<script>
    function runApp(){
        var shell = new ActiveXObject("WScript.shell"
 
);
        var app = "%localappdata%\\applicationPath\\appliaction.exe";
        shell.Run(app);
    }
</script>

如上，這裡的限制條件有兩個：
一：必須用IE瀏覽器，因為只有microsoft才支援ActiveX,
二：IE瀏覽器需要設定：“Internet選項”—“安全”— “自定義級別”— 啟動“對未標記為可安全執行指令碼AX初始化並執行指令碼”

假如只是想通過IE瀏覽器顯示的html來操作開啟本地app，可以這樣做，但僅僅是打開了，如果想傳遞引數到app並執行（搜尋），這條路子繼續走下去我暫時沒想到怎麼走。

然後第二種路子的話只是適合我要開啟的app，GenomeBrowse。
很多app在開發的時候都會有api的，即使通過api的形式去訪問（開啟）並執行相關的操作，
比如我的這個app，“開啟以及傳入搜尋引數並執行查詢”的api為：
genomebrowse:/api/zoom?locus=chr1:476471220-47647338.

所以我在寫HTML時，每一行定義為：

<a href="genomebrowse:/api/zoom?locus=chr1:476471220-47647338">open and search</a>

就會開啟本地的app，並傳入引數執行查詢了

所以總結下來，假如你要在你的project的HTML操作開啟本地app並執行操作（我的是輸入引數並查詢），你先參考一下你的app是否有api訪問，直接在程式碼中呼叫它的api，就不用費盡心思地想完全用程式碼解決了