GROMACS是一個用於分子動力學模擬和能量最小化的計算引擎. 分子動力學模擬和能量最小化是計算化學和分子建模領域眾多技術中的兩種. 計算化學 是計算技術在化學中應用, 涉及範圍從分子的量子力學到複雜大分子聚集體的動力學. 分子建模 是用實際的原子模型描述複雜化學體系的一般方法, 其目的是以原子尺度的詳細知識為基礎, 理解和預測物質的巨集觀性質. 通常, 分子建模被用於設計新的材料, 因為在這過程中需要對實際體系的物理性質進行準確的預測.

硬體環境：

安裝依賴

核心依賴

yum install kernel-headers
yum install kernel-devel
yum install kernel-devel-kernel-devel-3.10.0-514.21.1.el7.x86_64
 

yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran
yum install cmake
yum install blas-devel
yum install lapack-devel
yum install boost-devel
yum install libxml2-devel
yum install libpng-devel

yum -y install doxygen

tar zxvf gromacs-5.1.4.tar.gz
cd gromacs-5.1.4
mkdir build
cd build

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx
make -j 12 #電腦14核，選擇12個
make install
 

gedit  ~/.bashrc #開啟bashrc

source /opt/gmx5/bin/GMXRC    #環境變數

source ~/.bashrc #source立即生效