問題出在在windows上面原始碼檔案的編碼方式用cp936，也就是gbk字符集的編碼方式。而linux下預設是utf-8的編碼方式。所以產生了亂碼。
我的解決辦法是：
用vim開啟要轉碼的檔案，在vim中沒有亂碼，必須要無亂碼，如果還有亂碼說明檔案解碼方案錯誤嘛。再更改文件編碼格式已經沒有意義了。
vim中先在命令列模式下用 :set fenc?檢視當前文件的編碼方式，vim就是用這個編碼方式解碼檔案的
然後用 :set fenc=utf-8進行編碼方式更改。最後:w儲存。那麼檔案就是用utf-8字元編碼方案對檔案編碼了。
可直接將檔案內容拷貝到Eclipse中 就可以了。不會產生亂碼。

期間參考了四五個網上給的辦法無一有用

第一種方法：

把windows下面的工程匯入到Linux下的Eclipse中，由於Windows下用的是GBK（Windows下的Eclipse 預設會去讀取系統的編碼，所以Widnwos下的Eclipse的編碼為GBK），而Ubuntu預設是不支援GBK編碼的。
所以，首先我們要先讓 Ubuntu支援GBK：
1.首先要修改/var/lib/locales/supported.d 用的命令是
sudo vim /var/lib/locales/supported.d/local (要用管理員許可權)
在最後加入
zh_CN.GBK GBK
zh_CN.GB2312 GB2312 這兩句話，然後儲存 退出

2.配置Ubuntu 讓它支援GBK編碼 命令如下：
sudo dpkg-reconfigure --force locales
看到下面資訊，就說明完成了



3.修改eclipse配置
首先選擇eclipse選單欄中的Windows->Preferences, 然後選擇General下面的Workspace， Text file encoding下選擇Other ，手動輸入GBK，點apply。OK，你的eclipse不再顯示亂碼了快去看看吧

我試過了沒用的。但是我學到了怎麼增加系統支援字元編碼方法。

第二：改變整個java原始檔檔案型別的編碼格式
1) eclipse->window->preferences->General->Content Types
2) 找到要修改的檔案的型別(JAVA,JSP等等)，在下面有個Default encoding，在輸入框中輸入GBK
3) 點選Update
4) 點選OK
5) 重啟eclipse
第三：改變整個Eclipse工作空間的編碼格式
1) eclipse->window->preferences->General->workspaceTypes
2) 改變文字檔案編碼格式為GBK

第四： 改變單個亂碼檔案的編碼格式
在包資源管理器右鍵點選檔案->屬性，改變文字檔案編碼格式為GBK