類似WINDOWS自帶的記事本等軟體，在儲存一個以UTF-8編碼的檔案時，會在檔案開始的地方插入三個不可見的字元（0xEF 0xBB 0xBF，即BOM）。它是一串隱藏的字元，用於讓記事本等編輯器識別這個檔案是否以UTF-8編碼。對於一般的檔案，這樣並不會產生什麼麻煩。但對於 PHP來說，BOM是個大麻煩。

　　PHP並不會忽略BOM，所以在讀取、包含或者引用這些檔案時，會把BOM作為該檔案開頭正文的一部分。根據嵌入式語言的特點，這串字元將被直接執行（顯示）出來。由此造成即使頁面的 top padding 設定為0，也無法讓整個網頁緊貼瀏覽器頂部，因為在html一開頭有這3個字元呢！

　　最大的麻煩還不是這個。受COOKIE送出機制的限制，在這些檔案開頭已經有BOM的檔案中，COOKIE無法送出（因為在COOKIE送出前PHP已經送出了檔案頭），所以登入和登出功能失效。一切依賴COOKIE、SESSION實現的功能全部無效。