R語言ggplot2繪圖教程——Pathway富集分析氣泡圖
阿新 • • 發佈：2019-02-13
library(ggplot2)
pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
# 畫圖
p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p=p + geom_point()
# 改變點的大小
p=p + geom_point(aes(size=R0vsR3))
# 四維資料的展示
pbubble = p + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
# 自定義漸變顏色
pbubble =pbubble+ scale_colour_gradient(low="green",high="red")
# 繪製pathway富集散點圖
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") +
labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",
x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
# 改變圖片的樣式（主題）
pr=pr + theme_bw()
pr 
備註，繪圖資料的說明：
1)Pathway : 通路的名稱
2)R0vsR3 ：差異表達基因中，屬於這個通路的基因的數量
3)All_Unigene：所有基因中屬於這個通路的基因的數量
4)Pvalue ：富集分析p值
5)Qvalue ：富集分析的Q值
6)richFactor ：在我們分析報告中，沒有提供這一列，但很容易計算。是 第二列 除以 第三列得到；
7)Pathway ID ：通路ID
8)Genes ：通路中基因的ID
9)KOs：通路中基因的KO號