miRDeep分析microRNA測序資料流程
microRNA的分析過程：
microRNA測序資料分析選用軟體miRDeep，關於這個軟體，有文章：
Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep,Nature
Biotechnology 26, 407 - 415 (2008)
引用次數：251次
連結：http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.html
分析流程如下：
第一步
去接頭！（如果你的測序資料是等長的，遠大於microRNA的長度18~26的話，那肯定沒去過接頭）
$ mapper.pl file−d−h−i
第二步 回貼 將去過接頭的reads回貼回參考基因組
mapper.plmapper.plfile.collapsed
-c -p genome−tgenome−tfile.aln
第三步 鑑定miRNA 已知的miRNA或是新的miRNA都會被鑑定出來，而且表達量也會報出
miRDeep2.plmiRDeep2.plfile.collapsed genome.fagenome.fafile.aln mature.famature.fahomology.mature.fa pre.fa−
第四步
如果你有一個miRNA的集合 先跳過第三步直接做定量的話
quantifier.pl−pquantifier.pl−ppre.fa -m mature.fa.−rmature.fa.−rfile.collapsed -U &