第四章 同義與非同義的核苷酸替代
4.0、前言
估計同義突變和非同義替代發生的速率，比估計核苷酸替代數目要復雜的多。估算dS和dN,有很多種方法，歸納為三類：1、進化通經法；2、基於Kimura雙參估計法；3、密碼子替代模型的最大似然法
4.1、進化通經法
考慮2個DNA序列間每對同源密碼子的所有可能進化通經，由此提出一種估算dS和dN的方法。該方法較為復雜，因為每估算一個核苷酸替代都要對該替代發生的可能性進行加權，同時還考慮編碼氨基酸的相似性。而Nei,經過計算機模擬認為不需要進行加權就可獲得相同的結果。
NJ法：
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