為什麽UCSC上的基因坐標和ncbi上下載的基因坐標不一樣？
剛剛從發ncbi的後臺下載了一套hg19的註釋文件gff格式的，和ucsc上下載的refseqgene註釋進行了對比，發現一個奇怪的問題: 同一個轉錄本的起始坐標相差10000.
花了一上午的時間對比了下才發現，原來ucsc上的基因組序列都在序列上前後各添加了10000個N.
然後又檢查了genecode的基因組，也是前後各添加了10000個N. ncbi提供的hg38也是如此。
原因找到了，不過用的時候確實需要註意。也就是說在整理註釋信息的時候，如果需要添加N則需要對坐標進行平移。
為什麽UCSC上的基因坐標和ncbi上下載的基因坐標不一樣？
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