國內的新冠肺炎疫情從發現至今已經持續3個多月了，這場起源於吃野味的災難給大家的生活造成了諸多方面的影響。

有的同學是收入上的，有的同學是感情上的，有的同學是心理上的，還有的同學是體重上的。

那麼國內的新冠肺炎疫情何時結束呢？什麼時候我們才可以重獲自由呢？

本篇文章將利用TensorFlow2.0建立時間序列RNN模型，對國內的新冠肺炎疫情結束時間進行預測。

一，準備資料

本文的資料集取自tushare，獲取該資料集的方法參考了以下文章。

《https://zhuanlan.zhihu.com/p/109556102》

首先看下資料是什麼樣子的：

有時間、確診人數、治癒人數、死亡人數這些列。

然後是建立資料集：

import numpy as np
import pandas as pd 
import matplotlib.pyplot as plt
import tensorflow as tf 
from tensorflow.keras import models,layers,losses,metrics,callbacks 
 
%matplotlib inline
%config InlineBackend.figure_format = 'svg'
 
df = pd.read_csv("./data/covid-19.csv",sep = "\t")
df.plot(x = "date",y = ["confirmed_num","cured_num","dead_num"],figsize=(10,6))
plt.xticks(rotation=60)
 


dfdata = df.set_index("date")
dfdiff = dfdata.diff(periods=1).dropna()
dfdiff = dfdiff.reset_index("date")
 
dfdiff.plot(x = "date",y = ["confirmed_num","cured_num","dead_num"],figsize=(10,6))
plt.xticks(rotation=60)
dfdiff = dfdiff.drop("date",axis = 1).astype("float32")
 


# 用某日前8天視窗資料作為輸入預測該日資料
WINDOW_SIZE = 8
 
def batch_dataset(dataset):
    dataset_batched = dataset.batch(WINDOW_SIZE,drop_remainder=True)
    return dataset_batched
 
ds_data = tf.data.Dataset.from_tensor_slices(tf.constant(dfdiff.values,dtype = tf.float32)) \
   .window(WINDOW_SIZE,shift=1).flat_map(batch_dataset)
 
ds_label = tf.data.Dataset.from_tensor_slices(
    tf.constant(dfdiff.values[WINDOW_SIZE:],dtype = tf.float32))
 
# 資料較小，可以將全部訓練資料放入到一個batch中，提升效能
ds_train = tf.data.Dataset.zip((ds_data,ds_label)).batch(38).cache()

二，定義模型

使用Keras介面有以下3種方式構建模型：使用Sequential按層順序構建模型，使用函式式API構建任意結構模型，繼承Model基類構建自定義模型。

此處選擇使用函式式API構建任意結構模型。

# 考慮到新增確診，新增治癒，新增死亡人數資料不可能小於0，設計如下結構
class Block(layers.Layer):
    def __init__(self, **kwargs):
        super(Block, self).__init__(**kwargs)
 
    def call(self, x_input,x):
        x_out = tf.maximum((1+x)*x_input[:,-1,:],0.0)
        return x_out
 
    def get_config(self):  
        config = super(Block, self).get_config()
        return config
 
tf.keras.backend.clear_session()
x_input = layers.Input(shape = (None,3),dtype = tf.float32)
x = layers.LSTM(3,return_sequences = True,input_shape=(None,3))(x_input)
x = layers.LSTM(3,return_sequences = True,input_shape=(None,3))(x)
x = layers.LSTM(3,return_sequences = True,input_shape=(None,3))(x)
x = layers.LSTM(3,input_shape=(None,3))(x)
x = layers.Dense(3)(x)
 
# 考慮到新增確診，新增治癒，新增死亡人數資料不可能小於0，設計如下結構
# x = tf.maximum((1+x)*x_input[:,-1,:],0.0)
x = Block()(x_input,x)
model = models.Model(inputs = [x_input],outputs = [x])
model.summary()

三，訓練模型

訓練模型通常有3種方法，內建fit方法，內建train_on_batch方法，以及自定義訓練迴圈。此處我們選擇最常用也最簡單的內建fit方法。

注：迴圈神經網路除錯較為困難，需要設定多個不同的學習率多次嘗試，以取得較好的效果。

# 自定義損失函式，考慮平方差和預測目標的比值
class MSPE(losses.Loss):
    def call(self,y_true,y_pred):
        err_percent = (y_true - y_pred)**2/(tf.maximum(y_true**2,1e-7))
        mean_err_percent = tf.reduce_mean(err_percent)
        return mean_err_percent
 
    def get_config(self):
        config = super(MSPE, self).get_config()
        return config
 
import datetime
 
optimizer = tf.keras.optimizers.Adam(learning_rate=0.01)
model.compile(optimizer=optimizer,loss=MSPE(name = "MSPE"))
 
logdir = "./data/keras_model/" + datetime.datetime.now().strftime("%Y%m%d-%H%M%S")
 
tb_callback = tf.keras.callbacks.TensorBoard(logdir, histogram_freq=1)
# 如果loss在100個epoch後沒有提升，學習率減半。
lr_callback = tf.keras.callbacks.ReduceLROnPlateau(monitor="loss",factor = 0.5, patience = 100)
# 當loss在200個epoch後沒有提升，則提前終止訓練。
stop_callback = tf.keras.callbacks.EarlyStopping(monitor = "loss", patience= 200)
callbacks_list = [tb_callback,lr_callback,stop_callback]
 
history = model.fit(ds_train,epochs=500,callbacks = callbacks_list)

部分結果：

......
Epoch 491/500
1/1 [==============================] - 0s 11ms/step - loss: 0.2643 - lr: 0.0050
Epoch 492/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2625 - lr: 0.0050
Epoch 493/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2628 - lr: 0.0050
Epoch 494/500
1/1 [==============================] - 0s 11ms/step - loss: 0.2633 - lr: 0.0050
Epoch 495/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2619 - lr: 0.0050
Epoch 496/500
1/1 [==============================] - 0s 11ms/step - loss: 0.2627 - lr: 0.0050
Epoch 497/500
1/1 [==============================] - 0s 11ms/step - loss: 0.2622 - lr: 0.0050
Epoch 498/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2618 - lr: 0.0050
Epoch 499/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2624 - lr: 0.0050
Epoch 500/500
1/1 [==============================] - 0s 12ms/step - loss: 0.2616 - lr: 0.0050

四，評估模型

評估模型一般要設定驗證集或者測試集，由於此例資料較少，我們僅僅視覺化損失函式在訓練集上的迭代情況。

%matplotlib inline
%config InlineBackend.figure_format = 'svg'
 
import matplotlib.pyplot as plt
 
def plot_metric(history, metric):
    train_metrics = history.history[metric]
    epochs = range(1, len(train_metrics) + 1)
    plt.plot(epochs, train_metrics, 'bo--')
    plt.title('Training '+ metric)
    plt.xlabel("Epochs")
    plt.ylabel(metric)
    plt.legend(["train_"+metric])
    plt.show()
 
plot_metric(history,"loss")

五，使用模型

此處我們使用模型預測疫情結束時間，即 新增確診病例為0 的時間。

# 使用dfresult記錄現有資料以及此後預測的疫情資料
dfresult = dfdiff[["confirmed_num","cured_num","dead_num"]].copy()
dfresult.tail()

# 預測此後100天的新增走勢,將其結果新增到dfresult中
for i in range(100):
    arr_predict = model.predict(tf.constant(tf.expand_dims(dfresult.values[-38:,:],axis = 0)))
 
    dfpredict = pd.DataFrame(tf.cast(tf.floor(arr_predict),tf.float32).numpy(),
                columns = dfresult.columns)
    dfresult = dfresult.append(dfpredict,ignore_index=True)
dfresult.query("confirmed_num==0").head()

# 第55天開始新增確診降為0，第45天對應3月10日，也就是10天后，即預計3月20日新增確診降為0
# 注：該預測偏樂觀
dfresult.query("cured_num==0").head()

# 第164天開始新增治癒降為0，第45天對應3月10日，也就是大概4個月後，即7月10日左右全部治癒。
# 注: 該預測偏悲觀，並且存在問題，如果將每天新增治癒人數加起來，將超過累計確診人數。
dfresult.query("dead_num==0").head()
# 第60天開始，新增死亡降為0，第45天對應3月10日，也就是大概15天后，即20200325
# 該預測較為合理

六，儲存模型

推薦使用TensorFlow原生方式儲存模型。

model.save('./data/tf_model_savedmodel', save_format="tf")
print('export saved model.')
model_loaded = tf.keras.models.load_model('./data/tf_model_savedmodel',compile=False)
optimizer = tf.keras.optimizers.Adam(learning_rate=0.001)
model_loaded.compile(optimizer=optimizer,loss=MSPE(name = "MSPE"))
model_loaded.predict(ds_train)

參考：

開源電子書地址：https://lyhue1991.github.io/eat_tensorflow2_in_30_days/

GitHub 專案地址：https://github.com/lyhue1991/eat_tensorflow2_in_30_